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勉強になります。 削除/引用 No.675-9 - 2008/02/22 (金) 17:06:52 - きりん これまで、ポジコンについてあまり深く考えたことがなかったんで 皆様のご意見は大変勉強になります。 IRONさんが一番最初におっしゃったように、 ＞ポジティブコントロールとは，確実に変化が現れることが分かっているもので，＞実験系がうまく機能しているか，ちゃんと機能しているのか？ということに関す＞る判断材料だと思います． 私もそう思います。また、 ＞ポジティブコントロールが，いつものバンドの80％くらいの濃さだったとした ＞ら？もしそれが60％ぐらいだったら？40%くらいでは・・ このようにポジコンの値が実験ごとに不安定だった時、その実験系に何か問題点があるか、得られたデータに信憑性があるかをきちんと評価するのは、あなた次第！しかし、実験とは決して主観的ではあってはいけないと思います。ですから、結果にはなるべく定量性を求め、複数試験して標準誤差等を表示したり、得られた結果の解釈を有意差検定に委ねたりするのだと思います。 また、サンプルをブラインド下で試験するのも場合によっては必要なのかもしれません。

(無題) 削除/引用 No.675-8 - 2008/02/21 (木) 02:04:58 - Caspase >[Re:6] IRONさんは書きました : > 確かに皆さんの仰ることは，よくわかります．測定系，評価系の妥当性をポジティブコントロール，ネガティブコントロールを用いて担保するという考え方と，反応の最大値，最小値をポジコン，ネガコンから求め，それらと比較するという考え方． このご指摘が私のコメントを元にされているのであればそれは誤解です。 測定サンプルは当然未知のものであるはずなのでポジコンの測定値を超える、或いは同程度のこともあるかと思います。この場合は測定サンプルの値が測定系の検出限界を超えている可能性が否定できない、つまり測定サンプルの実際の値が適正に評価されていない可能性があるので、測定サンプルの値がネガコンとポジコンの値に位置するようにデザインした方が、それぞれのコントロールから得られる情報が系の精度のほかに、測定サンプルの値の信頼性に関する情報も得られるので"理想的"ではないか？という意味です。 繰り返しますが、ネガコン、ポジコンをそれぞれ最小値、最大値とするという意味ではありませんし、勿論ポジコン、ネガコンが系の妥当性を評価する点も否定していません。

(無題) 削除/引用 No.675-7 - 2008/02/20 (水) 20:32:01 - 標準 >[Re:6] IRONさんは書きました : > 確かに皆さんの仰ることは，よくわかります．測定系，評価系の妥当性をポジティブコントロール，ネガティブコントロールを用いて担保するという考え方と，反応の最大値，最小値をポジコン，ネガコンから求め，それらと比較するという考え方．それでは，例えば「ある遺伝子Aの発現に対するサイトカインXの作用」を検討する際に，遺伝子Aを100倍にするサイトカインYと，Aを200倍にするサイトカインZ（分かっている範囲では最大のactivatorとする）とでは，Zのみがポジコンとなり，Yはポジコンとならないのでしょうか？　前者の考え方では，OKだと思いますが，後者では駄目だと思うのです．細かい話で申し訳ありません，皆さんの考えを聞かせてください． 前者の考え方が一般的で、後者のは一般的ではありません。 その例だと、普通はバックグラウンド（ネガコン）から何倍上がっているかがデータとして表示されるのが普通です。Yはポジコンというよりは系の標準といえるでしょうが、それに対して何％というのは、どちらかというとあまり一般的ではないでしょう。

(無題) 削除/引用 No.675-6 - 2008/02/20 (水) 19:00:49 - IRON 確かに皆さんの仰ることは，よくわかります．測定系，評価系の妥当性をポジティブコントロール，ネガティブコントロールを用いて担保するという考え方と，反応の最大値，最小値をポジコン，ネガコンから求め，それらと比較するという考え方．それでは，例えば「ある遺伝子Aの発現に対するサイトカインXの作用」を検討する際に，遺伝子Aを100倍にするサイトカインYと，Aを200倍にするサイトカインZ（分かっている範囲では最大のactivatorとする）とでは，Zのみがポジコンとなり，Yはポジコンとならないのでしょうか？　前者の考え方では，OKだと思いますが，後者では駄目だと思うのです．細かい話で申し訳ありません，皆さんの考えを聞かせてください．

(無題) 削除/引用 No.675-5 - 2008/02/14 (木) 23:28:15 - qq Caspaseに賛同です。実験系を真似することにやっ気になると、何がポジコンかわからなくなりますが、実験系を作るつもりで考えると、おのづと必要なポジコンが出てくるのではないでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.675-4 - 2008/02/14 (木) 17:57:55 - かわ ネガコンはpseudo positiveを、ポジコンはpsuedo negativeを検出するためのものだと思っていました。定性的実験ではおおよそネガでなければ良いのではないでしょうか？もちろん再現性が高い実験では定量値をもってベリファイすべきでしょうが。

(無題) 削除/引用 No.675-3 - 2008/02/14 (木) 14:25:13 - Caspase 確かにポジコンはアッセイが上手くいっていることの証明の意味合いもあるかと思いますが、行ったアッセイがポジコンおよびネガコンをこのくらい検出できる条件下で目的のサンプルがその値を示した。という判断材料として用いる意味合いもあるかと思います。ですからポジコンとネガコンは必ず興味のあるサンプルを測定するのと同時に行い、正確には測定サンプルがポジコンとネガコンの間の測定値を示すような実験系が理想的なように思います。

(無題) 削除/引用 No.675-2 - 2008/02/14 (木) 13:08:01 - k 答えは実験系や目的によって変わるので一概には言えないと思います。各論的に妥当性を示せばそれでいいのでは？　例に出されているウエスタンであっても目的のバンドがただ単に出るということがポジコンである場合もあれば、バンドの濃淡で半定量的に調べたい時はバンドの濃さも気にする必要が出てくるでしょう。サンプル群で何を調べていて何をコントロールとすれば誰もが納得できる結果となるか、判断することも研究の一部だと思います。

ポジティブコントロールとは？ 削除/引用 No.675-1 - 2008/02/13 (水) 22:10:13 - IRON ポジティブコントロールとは，確実に変化が現れることが分かっているもので，実験系がうまく機能しているか，ちゃんと機能しているのか？ということに関する判断材料だと思います．ただし，その「ちゃんと」とか「うまく」というものをどのように判断したらよいのか，逆にどこからどこまでが「ＯＫ」で，どこからどこまでが「Ｘ」なのでしょうか？例えば，western blotを行う際に，特定のバンドが出ると分かっているlysateをポジティブコントロールとして用いた場合，いつものバンドの80％くらいの濃さだったとしたら？もしそれが60％ぐらいだったら？40%くらいでは・・・最終的には主観で判断するしかないと思いますが，それでは客観的な“コントロール”にはなりえないのではないかと思います．皆さんはどうお考えですか？

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