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PCRでスメアリング トピック削除
No.642-TOPIC - 2008/02/07 (木) 16:34:28 - hata
実験初心者です。
ゲノムDNAのPCRを行っていますが、スメアリングを生じてしまいます。アニーリング温度を55度、60度でtryしてみましたが、生じてしまいます。このようなときはどのような対応をとったらよろしいでしょうか?
また、プライマー設計でお勧めのサイトがあったら教えてください
 
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(無題) 削除/引用
No.642-5 - 2008/02/07 (木) 18:08:12 - ~
何のゲノムか分かりませんが、
30merくらいのプライマーで、シャトルPCRをやられてはいかがでしょうか。

55~60度でアニール出来るプライマーは、マウスやヒトのゲノムでは短いと思います。

(無題) 削除/引用
No.642-4 - 2008/02/07 (木) 17:47:33 - Geno
実験目的にもよると思いますが、
nested PCRで解決することがあります。
プライマーはPrimer3をよく使っています。

参考まで、

(無題) 削除/引用
No.642-3 - 2008/02/07 (木) 17:19:27 - ats
タ−ゲットはゲノムでしたね。失礼。

(無題) 削除/引用
No.642-2 - 2008/02/07 (木) 17:18:06 - ats
酵素名(メ−カ−名)は?
タ−ゲットは何?ゲノム、cDNA、plasmid?
タ−ゲット長・PCR反応液の液量・反応条件(鋳型量も)?
できる限り情報を記しましょう。

PCRでスメアリング 削除/引用
No.642-1 - 2008/02/07 (木) 16:34:28 - hata
実験初心者です。
ゲノムDNAのPCRを行っていますが、スメアリングを生じてしまいます。アニーリング温度を55度、60度でtryしてみましたが、生じてしまいます。このようなときはどのような対応をとったらよろしいでしょうか?
また、プライマー設計でお勧めのサイトがあったら教えてください

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