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RNAlater処理サンプルの組織染色について トピック削除
No.564-TOPIC - 2007/11/27 (火) 11:53:37 - しんた
消化器官からのRNA抽出のためにRNAlaterを試してみたところ、バルクの状態からは質の高いRNAを得ることができました。しかし、できればマイクロダイセクションを実施したいので一度PBSで洗った後、OCTコンパウンドに包埋して切片を作製したのですが、組織を判別できないほど形態が変形していました。
先々同サンプルで組織染色も考えていたので、組織の変形は非常に困っています。
組織の変形を防げるようなRNAlater処理プロトコルをご存知の方がいらっしゃいましたら、ご意見いただきたく思います。
また、別の試薬でRNAno分解を妨げて、かつ組織染色(できればフローズンで)のできるようなものを紹介していただけると幸いです。
よろしくお願いいたします。chromosome
 
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未染色 削除/引用
No.564-5 - 2008/01/31 (木) 17:27:22 - かわ
レーザーマイクロキャプチャーで発現解析をしていたことがあります。染色してもOKというものはないように思います。なぜなら内因性のRNaseによってRNAが染色中に分解するのと、RNAは可溶性なので固定サンプルでないと染色操作中に抜け出ていくからだと思います。

私は凍結切片で、未染色のままやるのがベストだと思っています。これだとRNAの分解は最小限です。PFAで固定してやるとProKを使わないとRNAの抽出が極めて効率悪くなります。理由はRNAとタンパクがクロスリンクされてしまうからです。

(無題) 削除/引用
No.564-4 - 2007/12/02 (日) 23:57:31 - しんた
皆様、ご意見ありがとうございました。

塩による影響であることは理解できました。
マイクロダイセクションは困難なほど萎縮しているのですが、
防ぎようはないのでしょうか?

組織さんのおっしゃるとおり、別々にサンプリングすれば
問題ないのですが、当方の環境の問題もあって、
サンプリングが容易なRNAlaterを採用いたしました。

RNAlater以外の試薬でもよい方法があればよいのですが・・・。

(無題) 削除/引用
No.564-3 - 2007/11/27 (火) 19:37:29 - a
特許には
40 ml 0.5 M EDTA, 25 ml 1M Sodium Citrate, 700 gm Ammonium Sulfate and 935 ml of sterile distilled water, stir on a hot plate stirrer on low heat until the Ammonium Sulfate is completely dissolved. Allow to cool, adjust the pH of the solution to pH5.2 using 1M H.sub.2 SO.sub.4.
と記載されています

浸透圧で縮んでるんじゃないでしょうか?

(無題) 削除/引用
No.564-2 - 2007/11/27 (火) 15:52:28 - 組織
染色しても全く組織構造がわかりませんか?
駄目ならサンプルをRNA用と組織用に分けるのが一番簡単だと思いますが、プロトコル的には可能ですか?
フローズンだと未固定凍結切片が一般的だと思います。

RNAlater処理サンプルの組織染色について 削除/引用
No.564-1 - 2007/11/27 (火) 11:53:37 - しんた
消化器官からのRNA抽出のためにRNAlaterを試してみたところ、バルクの状態からは質の高いRNAを得ることができました。しかし、できればマイクロダイセクションを実施したいので一度PBSで洗った後、OCTコンパウンドに包埋して切片を作製したのですが、組織を判別できないほど形態が変形していました。
先々同サンプルで組織染色も考えていたので、組織の変形は非常に困っています。
組織の変形を防げるようなRNAlater処理プロトコルをご存知の方がいらっしゃいましたら、ご意見いただきたく思います。
また、別の試薬でRNAno分解を妨げて、かつ組織染色(できればフローズンで)のできるようなものを紹介していただけると幸いです。
よろしくお願いいたします。chromosome

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