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fingerprinting時の電気泳動 トピック削除
No.553-TOPIC - 2007/11/23 (金) 15:27:38 - 初心者です。
大学の学部で主にPCR実験を行っている学生です。

今回、バクテリアのfingerprintingを行うために、ERICprimerを使用してPCRをしました。

しかし電気泳動するとバンドが重なってしまい解析できませんでした。

一番大きなバンドが3kbp位、一番小さなバンドが200bp位です。5、6本のバンドが出ます。

泳動条件は2%TBEアガロースゲルでミューピットで泳動しています。
泳動時間は100Vで30分と60分を試しましたがあまり泳動像は変わりませんでした。

どうやったらバンドをきれいに分離してみることができるでしょうか?

基本的な質問なのでしょうが、まわりに相談できる相手がいないので教えてください。よろしくお願いします。
 
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回答ありがとうございます。 削除/引用
No.553-3 - 2007/11/26 (月) 16:09:11 - 初心者です。
普段TBEしか使ってなかったのでTAEを試すのを思いつきませんでした。

もう少し試行錯誤してみます。

(無題) 削除/引用
No.553-2 - 2007/11/24 (土) 16:26:25 - a
2%TBEアガロースですか。短いものは良く分離しますが、長いものは分離が悪いと思います。
3000〜200bpのPCR産物(計5、6本)だと、1.5%TAEアガロースとかはどうですか?
とりあえず、分子量マーカーを使用して適した条件を探すしかないと思いますが。

アガロースでだめならアクリルアミドゲルを使用するとかあります。

fingerprinting時の電気泳動 削除/引用
No.553-1 - 2007/11/23 (金) 15:27:38 - 初心者です。
大学の学部で主にPCR実験を行っている学生です。

今回、バクテリアのfingerprintingを行うために、ERICprimerを使用してPCRをしました。

しかし電気泳動するとバンドが重なってしまい解析できませんでした。

一番大きなバンドが3kbp位、一番小さなバンドが200bp位です。5、6本のバンドが出ます。

泳動条件は2%TBEアガロースゲルでミューピットで泳動しています。
泳動時間は100Vで30分と60分を試しましたがあまり泳動像は変わりませんでした。

どうやったらバンドをきれいに分離してみることができるでしょうか?

基本的な質問なのでしょうが、まわりに相談できる相手がいないので教えてください。よろしくお願いします。

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