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ゲル抽出キットでバンドサイズが変化 トピック削除
No.538-TOPIC - 2007/11/21 (水) 14:41:15 - ゆう
こんにちは。
私は現在、約800kbのPCR産物をアガロースゲルから切り出し、QIAquick Gel Extraction Kit(キアゲン社)キットを用いて抽出・精製を行っています。
しかし、抽出・精製後のサンプルを電気泳動すると、約1000〜1100kbのバンドが現れてしまいます。
プロトコルに忠実に従うとともに、EQバッファーによる洗浄回数を増やしたり、電気泳動バッファーなどを毎回新しく変えてみたりしているのですが、一向に改善されません。
切り出し前のバンドサイズは正常で、マーカーも抽出・精製前後で同一のものを使用しています。
自分としても原因がわからないので、お分かりになる方がいらっしゃいましたら、回答お願いします。
 
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ryuさんへ 解決済み 削除/引用
No.538-4 - 2007/11/21 (水) 19:05:00 - ゆう
回答ありがとうございます。
早速、ゲルに用いたものと同じバッファーで希釈して電気泳動したところ、
約800bpのバンドがうまく得られました。
バッファーの違いによる電気泳動への影響を改めて理解できました。
キットの操作の手違いではなかったということなので、安心しました。
ありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.538-2 - 2007/11/21 (水) 16:28:05 - ryu
以前にたような経験あります。
私には理由はわかりませんが、以下のようにしたら解決した経験あります。
精製したDNAを泳動する際にメスアップする溶液をTEではなく1xTAE(gelの組成と同じ)にして泳動してみる。
お試しください。
もっと優秀な方が理由を教えてくれるかも、、、。

ゲル抽出キットでバンドサイズが変化 削除/引用
No.538-1 - 2007/11/21 (水) 14:41:15 - ゆう
こんにちは。
私は現在、約800kbのPCR産物をアガロースゲルから切り出し、QIAquick Gel Extraction Kit(キアゲン社)キットを用いて抽出・精製を行っています。
しかし、抽出・精製後のサンプルを電気泳動すると、約1000〜1100kbのバンドが現れてしまいます。
プロトコルに忠実に従うとともに、EQバッファーによる洗浄回数を増やしたり、電気泳動バッファーなどを毎回新しく変えてみたりしているのですが、一向に改善されません。
切り出し前のバンドサイズは正常で、マーカーも抽出・精製前後で同一のものを使用しています。
自分としても原因がわからないので、お分かりになる方がいらっしゃいましたら、回答お願いします。

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