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形質転換のなぞ トピック削除
No.53-TOPIC - 2007/08/12 (日) 06:42:00 - あなぐま
pLenti6.2/V5/lacZというInvitrogenのベクター(11 kb) を大腸菌にトランスフォームしています。コロニーをとってきてLBで増やし、QiagenまたはPromegaのキットでプラスミドを精製しアガロースゲルで泳動してみてもなんのバンドも見られません。このベクターはampicillinとblasticidin両方の薬剤体制遺伝子を持っているので、どちらかの薬剤、または両方を使って培養していますが、大腸菌は増えるのに、プラスミドはとれないのです。どういうことなのでしょうか?

使った大腸菌はStbl2とStbl3です。どちらもうまくいきません。

ちなみに、pLenti6.2/EmGFPというよく似たベクターは問題なく増やすことができました。lacZにはなにかトリックがあるのではないかと疑ってしまいます。この三ヶ月ほどここで実験が滞ってしまっています。なにかよい助言をいただけますでしょうか。
 
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No.53-5 - 2007/08/12 (日) 14:17:34 - ~
>トランスフォームの効率が急に落ちるものなのでしょうか?
トランスフォームの効率ではなく、
大腸菌中のコピー数の話です。

pLenti6/V5-DESTをカラムで精製するときには、ローコピーのために菌体量を増やすとごみが混入するためか、
収量がとても低いときがありました。

そのため、カラム精製の始めに1mL程度でミニプレップしてプラスミド量を調べておくことにより、
(数百mL〜数Lを遠心して回収している間に泳動まで出来ると思います)
カラムのせいなのか、もともとのプラスミド量が少ないのかが分かります。

それで1mL当たりのプラスミド量が全然無いのであれば、
#2の方の書いているような対策をとることになると思います。

(無題) 削除/引用
No.53-4 - 2007/08/12 (日) 12:08:53 - あなぐま
お二方ともありがとうございます.ご教示いただいたInvitrogenのウェブではStble2よりStbl3の方がいいようですね.Stbl3にはendA活性があるので,プラスミドが得られないとどうしても不安になってStbl3を避けて,Stbl2を使っていました.
Invitrogenのテクニカルサポートに尋ねたときには,Stbl3にトランスフォームして,アンピシリンの濃度は50 ug/mlに下げ,30度で培養してみるといいかもしれないとの回答でした.これをStbl2でやってみて失敗したのですが,Stbl3でもトライしてみることにします.

コピー数の低さですが,GFPや自分のプロジェクトに使う蛋白のDNAが入った同じベクター(大きさは9kb程)では,問題なくプラスミドがとれます.lacZのベクターは11kbですが,このあたりの大きさになるとトランスフォームの効率が急に落ちるものなのでしょうか?

(無題) 削除/引用
No.53-3 - 2007/08/12 (日) 11:33:53 - ~
コピー数が少ないので、ロスっていませんか?
カラムにかける前に1mL位をアルカリSDS法で回収して、
収率を見てみてはいかがでしょうか。

(無題) 削除/引用
No.53-2 - 2007/08/12 (日) 11:18:25 - T
30℃で培養したり、液体培養でなくプレート上に生えたコロニーを掻き取って使用したりという対処法が有効な場合があります。
ただ、普通に培養しても Stbl3 なら一応大丈夫という報告はあるようですが。
http://www.invitrogen.co.jp/products/molecular_biology/c7373001.pdf

形質転換のなぞ 削除/引用
No.53-1 - 2007/08/12 (日) 06:42:00 - あなぐま
pLenti6.2/V5/lacZというInvitrogenのベクター(11 kb) を大腸菌にトランスフォームしています。コロニーをとってきてLBで増やし、QiagenまたはPromegaのキットでプラスミドを精製しアガロースゲルで泳動してみてもなんのバンドも見られません。このベクターはampicillinとblasticidin両方の薬剤体制遺伝子を持っているので、どちらかの薬剤、または両方を使って培養していますが、大腸菌は増えるのに、プラスミドはとれないのです。どういうことなのでしょうか?

使った大腸菌はStbl2とStbl3です。どちらもうまくいきません。

ちなみに、pLenti6.2/EmGFPというよく似たベクターは問題なく増やすことができました。lacZにはなにかトリックがあるのではないかと疑ってしまいます。この三ヶ月ほどここで実験が滞ってしまっています。なにかよい助言をいただけますでしょうか。

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