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deletion mutant作成 トピック削除
No.480-TOPIC - 2007/11/13 (火) 12:43:48 - ねこ
プラスミドAに、目的の遺伝子Bを乗せました(total 7kbp)
遺伝子Bのうち300bp程度を欠損し、deletion mutantを作成したいと
思っております。

InversePCR法で作ろうと思ったのですが、
増幅する断片が長く、変異が入るのを恐れて
違う方法でmutantを作成するということになりました。

欠損させたい領域の近辺に適切な制限酵素サイトもないので、
カセットを作成して欠損…というのも難しそうです。

こういった場合、他にどんな作成方法があるのでしょうか?

よろしくおねがいいたします。
 
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No.480-6 - 2007/11/25 (日) 20:06:49 - f
QuikChangeでもできるのではないかと思います。
http://www.stratagene.com/lit/faq/faq.aspx?fqid=119

上記のリンクで100bpのdeletionの文献が紹介されています。100bpでいけるなら、300bpも試す価値アリではないでしょうか。

(無題) 削除/引用
No.480-5 - 2007/11/14 (水) 19:21:39 - AP
私もinverse PCRなど、PCRベースでやるのが一番いいと思います。

全長7 kbなら取り込みエラーで、まともな配列が全く取れないというほど長いことはないと思いますし、そのうちインサートが占めるのは一部分なので、その範囲にmutationが入らなかったクローンをとるののはもっと易しいと思います。
ベクター領域にmutationが起こったとしても、最悪、殖えなくなるだけで、実害はないのではないでしょうか。

(無題) 削除/引用
No.480-4 - 2007/11/14 (水) 18:16:22 - a
epicentreにin vitroでトランスポゾンを飛ばしてdeletionを作製するkitがあったと思います。
http://www.epibio.com

参考までに。

(無題) 削除/引用
No.480-3 - 2007/11/13 (火) 14:09:16 - T
全く PCR を使わずにということなら、昔懐かし Kunkel 法で欠失したい箇所の前後にユニークな制限酵素サイトを入れ、その酵素を使って組み換えるなどでしょう。

トータル 7kb ということは、インサート部分は 4-5kb でしょうか。その程度なら普通に inverse PCR で変異を入れ、プライマーを幾つか作って一気に全長のシークエンスを確認してしまった方がいいような気もします。

deletion mutant作成 削除/引用
No.480-1 - 2007/11/13 (火) 12:43:48 - ねこ
プラスミドAに、目的の遺伝子Bを乗せました(total 7kbp)
遺伝子Bのうち300bp程度を欠損し、deletion mutantを作成したいと
思っております。

InversePCR法で作ろうと思ったのですが、
増幅する断片が長く、変異が入るのを恐れて
違う方法でmutantを作成するということになりました。

欠損させたい領域の近辺に適切な制限酵素サイトもないので、
カセットを作成して欠損…というのも難しそうです。

こういった場合、他にどんな作成方法があるのでしょうか?

よろしくおねがいいたします。

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