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(無題) 削除/引用 No.453-8 - 2007/11/10 (土) 01:13:50 - ちか 解決しました。

(無題) 削除/引用 No.453-7 - 2007/11/10 (土) 01:12:49 - ちか atsさん 返信ありがとうございます。 紹介していただいた論文を参照させていただきました。 完全長ゲノム？から変異部位を考え塩基配列を一応ではありますが 考えることが出来ました。 今後も色々と勉強していきたいと思います。

(無題) 削除/引用 No.453-6 - 2007/11/08 (木) 15:13:59 - ats BLASTはある配列に相同性を有する配列を検索するツ−ルですので、今回の目的には合いませんね。 このフォ−ラムのトップペ−ジの中にいろいろなサイトが紹介されていますので、今後の研究にも有用ですので、眺めてください。 tsA58は、SV40のlarge T antigenですね。皆が知っているわけではないので、質問にはできるだけ詳しい情報を載せてください。余分な手間が省けます。 さて、遺伝子デ−タベ−スではHitしないので、論文を検索すると以下がHitしました。 http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?artid=248798 A438Vの変異を有するそうです。 コドンから考えると、GCn>GTnの変異でしょう。

(無題) 削除/引用 No.453-5 - 2007/11/07 (水) 12:17:58 - ちか おお さん 返信ありがとうございます。 色々と論文なども調べているのですが、着眼点がずれている気がしてきました･･･ といいますのも、ものすごく一般的に使用されている温度感受性変異体？tsA58の塩基配列を知りたいのです。 NCBIで色々と検索してみても、違うものが得られているような気がしていて･･･ お恥ずかしい話ですが、BLASTなどの使い方もあまり理解できていないほど遺伝子操作初心者なもので。 自分でなんとか解決したいと、質問させていただき、また返信を頂けたのですが、ますますどうすればよいのか分からなくなってきてしまいました。 大変失礼な話で恐縮ですが、今後どのように調べていけばいいのでしょうか･･･

(無題) 削除/引用 No.453-4 - 2007/11/07 (水) 10:12:40 - おお 私はウイルスは本業でありませんが、多分pubmedとかで検索するか、そのウイルスまたは類縁のウイルスに関して書いてある本、レビュウなどを読まれる方がいいと思います。 たいていの場合は、ウイルス感染初期に実際に発現するタンパクや、遺伝子を見つけてから、ゲノムの位置を決めていると思います。ですから配列からどこという決め方はよっぽど研究が進んでないと分からないかもしれません。 もしORFとか分かっているならそのタンパクの配列を検索して、どのようにキャラクタライズされているかという見方はできるかもしれません。

(無題) 削除/引用 No.453-3 - 2007/11/07 (水) 01:48:01 - ちか ヰルスさん 返信ありがとうございます。 はい、ウィルスのことです。 加えて質問させて頂きたいのですが、既に完全長ゲノムの解読が済んでいるウィルスのERというのは、どこかデータベースなどで調べられるのでしょうか？ 完全長ゲノムの塩基配列は手に入れたのですが、ERの位置が分からないもので困ってしまいました･･･

(無題) 削除/引用 No.453-2 - 2007/11/06 (火) 19:41:09 - ヰルス ウイルスの話でしょうか？だったら、ウイルスゲノム上で、感染後、ウイルスタンパク質の合成前に転写される領域のことではないでしょうか。 全く新規のウイルスの場合、配列情報だけからどこが初期遺伝子領域であるかを特定するのは、原理的にはできないでしょう。類縁のウイルスが知られているようでしたら、その情報から類推することは可能だと思います。

初期遺伝子領域（ER） 削除/引用 No.453-1 - 2007/11/06 (火) 19:34:41 - ちか 初心者の質問ですみません。 初期遺伝子領域（early region）とは具体的にどういった領域のことを差すのでしょうか。 また全塩基配列からどのようにすればERを特定できるのでしょうか。。。

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