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大腸菌を利用したタンパク合成
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No.438-TOPIC - 2007/11/02 (金) 10:18:21 -
NX
大腸菌を利用してEGFPのタンパクを合成したとき、EGFPのcDNAを組み込んだプラスミドを使うと成功するけど、クラゲの染色体DNAから切り取ったEGFP遺伝子をプラスミドに組み込んだ場合必ず失敗してしまうのはなぜでしょうか?
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(無題)
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No.438-14 - 2007/11/04 (日) 23:26:39 - T
現実的ではないですが、理論的に不可能というわけでもないですよ。「実験事実」ではなく「高い確率で予想される」に修正します。
要は「染色体から切り出した遺伝子配列」⊃「cDNA配列」では?と言いたかっただけです。
(無題)
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No.438-13 - 2007/11/04 (日) 22:46:45 - う〜んと
物質としてのエクソン部分だけをインビトロで切り出す手段って現実的には無いので、実験事実には成りえないと思いますが。
もし、エクソン部分の配列だけを取り出して...という解釈ならそれはcDNA配列に等しいので、解釈上ゲノム遺伝子にはなりませんよね。
(無題)
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No.438-12 - 2007/11/03 (土) 14:47:59 - T
> 学生実習レポートの課題問題の匂いがしませんか。
でしょうね。でも問題としてはあまり適切でないかも。
実験事実としては、クラゲ染色体DNA からでもエクソン部分だけを選択的に切り取って繋いでプラスミドに組み込めば、発現は成功するわけですから。
(無題)
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No.438-11 - 2007/11/03 (土) 14:38:35 - えええ
学生実習レポートの課題問題の匂いがしませんか。
(無題)
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No.438-10 - 2007/11/03 (土) 14:12:55 -
ats
>[Re:9] Tさんは書きました :
> そもそもの問題の答えは、「イントロンがあるから」でしょう。
そうですね。訂正ありがとうございます。(疲れているのかなとぼやいてみたり、...)
「クラゲのゲノムDNA」を見落としてcDNAと勘違いしていました。
(無題)
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No.438-9 - 2007/11/03 (土) 12:18:09 - T
> クラゲのコドン使用率(選び方)がかなり偏っていて、大腸菌・動物細胞では翻訳効率が悪いからです。
そうではないと思いますよ。実際、M. Chalfie の歴史的な論文ではクラゲ由来の GFP を大腸菌および C. elegens で発現して蛍光を見ています。効率は悪いでしょうが発現しないわけではありません。
そもそもの問題の答えは、「イントロンがあるから」でしょう。
(無題)
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No.438-8 - 2007/11/03 (土) 11:47:39 -
ats
クラゲのコドン使用率(選び方)がかなり偏っていて、大腸菌・動物細胞では翻訳効率が悪いからです。最近市販されている各種GFPのほとんどは、コドンが動物細胞用に至適化されていると思います。
(無題)
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No.438-7 - 2007/11/02 (金) 15:29:06 - K
Enhanced の E らしいですよ。なにがEnhanceされてるんでしょう?
発色団の安定性や発色時間?
(無題)
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No.438-6 - 2007/11/02 (金) 14:14:31 - ??
EGFPの"E"ってなんだろう??
(無題)
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No.438-5 - 2007/11/02 (金) 12:51:30 - 通りがかり
そもそも、クラゲにEGFP遺伝子があるのか、などと横道にそらしてみたり。
(無題)
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No.438-4 - 2007/11/02 (金) 12:28:51 - う〜んと
クラゲが真核生物であるということがヒントですね。(笑)
(無題)
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No.438-2 - 2007/11/02 (金) 10:21:29 -
aa
この質問にはきっと答えてはいけないでしょうね。
大腸菌を利用したタンパク合成
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No.438-1 - 2007/11/02 (金) 10:18:21 -
NX
大腸菌を利用してEGFPのタンパクを合成したとき、EGFPのcDNAを組み込んだプラスミドを使うと成功するけど、クラゲの染色体DNAから切り取ったEGFP遺伝子をプラスミドに組み込んだ場合必ず失敗してしまうのはなぜでしょうか?
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