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siRNAを使った実験の再現性 トピック削除
No.403-TOPIC - 2007/10/26 (金) 08:33:05 - 再現性
最近、場所を変わったら、siRNAの実験がうまく行かなくなりました。見た目には、ウエスタンで90%(定量的には70−80%)阻害が普通だったのですが、見た目50%で、、、実質的には話になりません。(もしくは阻害のデータがばらつきます。)

OptiMem, Oligofectamine, HeLaの系を使用しています。Oligofectamine, HeLaは違った2つのロットを使って試しましたが、ダメです。OptiMemのロットということはありうると考えていますが、経験のある方いますか?

また何か、アドバイスをいただけたら、幸いです。
 
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一応、RNAですし 削除/引用
No.403-6 - 2007/10/26 (金) 14:20:56 - そば
siRNAは持ち越した試薬ですか?
もしそうなのであれば、siRNAの変性が一番疑わしいと思いますが・・・。

手元にアニーリング前や希釈前のsiRNAが残っているなら、そこから調整し直してみてはいかかでしょうか。

(無題) 削除/引用
No.403-5 - 2007/10/26 (金) 11:44:55 - おお
細胞の培養でもう一つ考えられるとしたら、血清のロットという可能せいもあるかもしれませんね。ウエスタンは定量せいと書きましたが、フィルムで焼くと2倍が5倍に見えたり5倍が2倍にみえたりと言うことは大いにあり得るので、研究室が変わってウエスタンの器具などの違いとかで見え方が変わってないかなと思ったわけです。KDによっておこる効果という視点で依然とあまり変わらないようであれば、ウエスタンの見えの問題かもと思ったわけですが、、、、siRNAは効果が現れるまで時間がかかるので1日培養を伸ばしてみるのはどうでしょうか.

(無題) 削除/引用
No.403-4 - 2007/10/26 (金) 09:28:14 - 再現性
おおさん、通りすがりさん、ありがとうございます(^^。

HeLaは実は前のところからのを試してダメでした。定量性はあまり気にする必要がないほど、前は強い阻害がかかっていました。(実際に定量している論文もあまりありませんし、細かい阻害程度によって結果が違うような系を組むつもりはありません)よって、ある程度自信はあるのに、、、という感じです。

OptiMemのロットで、トランスフェクションの効率が違ったという話を聞いたので、お伺いした次第です。

(無題) 削除/引用
No.403-3 - 2007/10/26 (金) 09:18:23 - 通りすがり
自分もかなり近い経験をしたことがあります、その場合はおおさんのおっしゃっておられるようにHeLaの違いが原因で、まさに前のラボから試しに送ってもらって比較したところ全く異なっていて(同様に現在のラボのが効率が悪い)
HeLaは頻用されてはいますが、結構注意が必要な細胞だと思います。

OPTI-MEMとかoligofectamineはそれほどlotの違いを経験したことはないです、
In vitrogeは値段は高いですがlotなどは比較的
安定しているメーカーという印象が強いのでちょっと考えにくいです。

(無題) 削除/引用
No.403-2 - 2007/10/26 (金) 08:41:46 - おお
ウエスタンの定量性は疑う余地があると思いますがどうでしょうか。あと細胞はHeLaといっても研究室ごとに違うと思ってもいいと思います。前の研究室の細胞を送ってもらうのもてかもしれません。

siRNAを使った実験の再現性 削除/引用
No.403-1 - 2007/10/26 (金) 08:33:05 - 再現性
最近、場所を変わったら、siRNAの実験がうまく行かなくなりました。見た目には、ウエスタンで90%(定量的には70−80%)阻害が普通だったのですが、見た目50%で、、、実質的には話になりません。(もしくは阻害のデータがばらつきます。)

OptiMem, Oligofectamine, HeLaの系を使用しています。Oligofectamine, HeLaは違った2つのロットを使って試しましたが、ダメです。OptiMemのロットということはありうると考えていますが、経験のある方いますか?

また何か、アドバイスをいただけたら、幸いです。

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