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(無題) 削除/引用 No.395-3 - 2007/10/26 (金) 15:34:49 - とり たいそんさん 書き込みありがとうございました。やはりそんな感じなんですね。 僕も２倍くらいのものは、おっしゃるとおり、差がほとんど出ません。 イントロンだったところも確かにありました。

(無題) 削除/引用 No.395-2 - 2007/10/26 (金) 12:25:04 - たいそん 同じような経験があります。ある遺伝子に対して複数のプローブがチップに載っている場合が多いようですが、その複数のうち１つだけに変動がみられなくて、おかしいなと思いBLASTで調べたらゲノム（イントロン？）の配列だったことがあります。また2倍程度の発現差ではRTPCRで確認がとれなかったこともしばしばでした。 プライマー設計に関しては、splicing variantが無いことがわかっている遺伝子ならば、どこでも同じ結果がでると思います。もちろん長ーーいmRNAの場合は、3'側にしたほうがいいかなと思います。個人的にはATGからStopまでの間に設計するのが好きです。

affymetrixマイクロアレイ結果の確認QPCR 削除/引用 No.395-1 - 2007/10/25 (木) 20:01:52 - とり affymetrixマイクロアレイ結果で得られた発現変化のあった遺伝子を SYBR QPCRで変化を確認するため、プライマー設計をしています。 始めにプローブの配列をwebから取ってきてblastにかけて、プローブに 書かれている遺伝子と一致するかを確認するのですが、そのときに 本来annotationとして載っている遺伝子が引っかかってこなかったり、 ゲノムの配列しか出てこなかったりします。 このような遺伝子（probe）はどのように考えて確認していくべきなので しょうか？ また、probe以外のところにプライマーを設計するのがいいと思われますか？ それともprobe上の方が良いと思われますか？ ご経験のある方いらっしゃいましたら、ご意見いただければ大変 助かります。よろしくお願いします。

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