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(無題) 削除/引用 No.340-9 - 2007/10/17 (水) 20:24:18 - プライマー NUPDさんへ ありがとうございます． 名前は同一でしたが今後の参考にさせていただきます． h-izさん，~さん， ありがとうございます． ご助言通りプライマーの作成をしたいと思います． ありがとうございました．

(無題) 削除/引用 No.340-8 - 2007/10/17 (水) 18:05:26 - ~ >マウス由来の配列をいくつか適当にBLAST（ラット）にコピペして確認しましたところ， >目的の遺伝子配列はラットでも保存されていることが確認できました． では，その遺伝子の配列を含むラットの配列があるのですよね。 配列が100%同じか分からないマウスの配列を使わずに，その配列を元に設計すればいいのでは。

(無題) 削除/引用 No.340-7 - 2007/10/17 (水) 14:35:30 - h-iz ヒトやマウスで配列の分かっている遺伝子のラットホモログを釣りたいんですよね？ ヒトやマウスの配列を参考にdegenerate primerを作成されれば宜しいかと思います。 状況がイマイチよく分からないので、的外れだったらごめんなさい。

(無題) 削除/引用 No.340-6 - 2007/10/17 (水) 14:31:23 - NUPD 種によって最初に出てくる名前が違う場合があるので その辺もよく確認された方がいいですよ。 blastをかけたときに synonymsも見てみてください。 思ってた遺伝子名と違うのが引っ掛かってきた場合 synonymsの欄にその名前があればいいはずです。 古い例えですけどCPP32で探してるのに caspase-3しか引っ掛かって来ないでよく見てみると synonymusのところに synonyms: Lice, Yama, CPP32, Apopain, とあって「別名か」ということが結構あります。 ちょっと例えが古すぎて申し訳ありません。 僕も学生の頃、ヒトとマウスで別名で登録されていたものを blastで検索しててはまりかけたことがあるので その辺も含めて検索は慎重にされたらいいと思います。 後は他の人の論文からコピペでblastにかけるとか primer bank, primer3なんかで探すことも可能です。 意外とはずれもありますけど…

(無題) 削除/引用 No.340-5 - 2007/10/17 (水) 13:31:43 - プライマー 勉強不足および不適切な説明で， 皆様にはご迷惑をおかけしました． 「増幅させたい遺伝子がマウス由来のものしかなく」 これは，~さんがおっしゃった， 「目的の遺伝子はマウスではクローニングされているが，ラットではまだされていない」という文章が近いのでしょうか． GenBankで目的の遺伝子を検索したところ，ヒトやマウスのものはあるのですが，ラット由来のものが見つからなかったということです（検索の仕方の問題かもしれませんが） マウス由来の配列をいくつか適当にBLAST（ラット）にコピペして確認しましたところ，目的の遺伝子配列はラットでも保存されていることが確認できました． また不十分な文章とは思いますが， ご説明させていただきました． ~さん，メタボさん　ありがとうございました． ぽすどくさん　申し訳ございませんでした．

(無題) 削除/引用 No.340-4 - 2007/10/17 (水) 12:59:58 - ~ ラットはゲノムプロジェクトは終わっていると思っていましたが， 読まれていない部分に遺伝子があるとか，異なる近交系の系統のラットを扱っているという意味でしょうか。 使用しているラットの系統のBACライブラリーなどで目的の遺伝子を含んでいるものは無いのですか？ >増幅させたい遺伝子がマウス由来のものしかなく、 どのような意味で書いているのか分かりませんが， １．目的の遺伝子がマウスにのみあり，ラットに存在しないのならば，増やしようがありません。 ２．目的の遺伝子はマウスではクローニングされているが，ラットではまだされていないのならば， 上記の方法でその遺伝子を含む配列を探してそこから設計するのが一般的かと思います。 ３．増幅させたいプライマーが報告されているのはマウス用のみという意味でしたら， ラボに転がっているのならば一回PCRをかけてみてもいいですが， 発注するようならば，少なくとも他の系統のラットの配列を元に設計した方が効率がいいと思います。 （たまたま系統間で異なる配列で，参考にした系統はと目的の系統が異なり，マウスと目的の系統の配列が一致しているという可能性は低いと思います。）

(無題) 削除/引用 No.340-3 - 2007/10/17 (水) 10:52:52 - メタボ その配列がラットでも保存されていれば当然使えますし、保存されていなければ（特にプライマーの3'側にミスマッチがあれば）当然使えません。

(無題) 削除/引用 No.340-2 - 2007/10/17 (水) 08:47:36 - ぽすどく 意味が分かりません。

マウス由来で作ったプライマーをラットで使用できるか 削除/引用 No.340-1 - 2007/10/16 (火) 22:02:52 - プライマー 新しくRT-PCRをはじめました。 プライマーの作成方法を一通り習いましたが、 増幅させたい遺伝子がマウス由来のものしかなく、 私はラットを使用しているので、どうすればよいか分からずにいます。 周りに相談できる人もおらず、困っています。 詳しい方がいらっしゃったら 出来るかどうかをどのように確認すればよいのか 教えていただけますでしょうか。 よろしくお願いいたします。

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