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(無題) 削除/引用 No.320-7 - 2007/10/11 (木) 20:26:40 - AP 書き忘れましたが、キャリアとしてpoly dI-dCもよく使われます。 高価ですが、精密な実験をするときsperm DNAだとなにが入っているのかわからないので気持ち悪い、なんて場合に選ばれます。 もしGel shift assayなんかやっている研究室ならあるはずですので、転用できると思います。

(無題) 削除/引用 No.320-6 - 2007/10/11 (木) 13:54:11 - AP 別トピでキャリアのことを書いているついでに、 この質問の場合、EtOH沈殿のためのキャリアというより、DNA抽出中の吸着ロスを防ぐためのものでしょうから、EtOH沈殿以外の場面でも化学的性質と挙動が同じ、核酸のキャリアを使うべきでしょう。 むかしはHerring sperm DNA（ニシン精子DNA）が多かったように思いますが最近はSalmon sperm DNAしか見ませんね（むかしとちがってニシンがばかすか獲れないからか。あと代表的なのはCalf thymus DNA （ウシ胸腺DNA）があります。 普通は、きめの粗い綿のような乾燥品、常温または4℃保存品として売られていて、ちぎって計量して使います。安価な試薬ですし（たぶんあまり食用にされない部分の産業廃棄物が原料だから）一ビン買うとまあ数年単位でもちます（ひょっとすると大昔にだれかが買った物が試薬棚のどこかに眠っているかも、、、、）。 yeast やE. coliのtRNAもキャリア用に売っていますが、上記のものよりかなり高価ですしフリーザーで保存しなければなりません。 代用できるものというと、ひょっとすると何かのキットについてきているかもしれません。たとえば、DIG labeling kitにスポットテスト用のdilution液がついていますが、これはキャリアDNA入りのバッファーです。

(無題) 削除/引用 No.320-5 - 2007/10/11 (木) 13:34:22 - Ｔ > アクリルアミドをキャリアにする方法 原報は Gaillard, C, Strauss, F, Ethanol precipitation of DNA with linear polyacrylamide as carrier., Nucleic Acids Res, 18, 2, 1990 です。

(無題) 削除/引用 No.320-4 - 2007/10/11 (木) 13:14:40 - カナマイシン あ、根本的な話ですが、一般的にメジャーなキャリアは ・サケ精子DNA ・酵母tRNA ・グリコーゲン 辺りだと思います。値段の上下関係はちょっとわからないです。

(無題) 削除/引用 No.320-3 - 2007/10/11 (木) 13:12:42 - カナマイシン 古いフォーラムの方で何回か話題にあがっていて、すごいな、と思ったのが、 アクリルアミドをキャリアにする方法です。 http://www.kenkyuu.net/cgi-biotech/biotechforum.cgi?mode=view;start=4;Code=919 で紹介されている http://www.pangloss.com/seidel/Protocols/arrayprotocols.html#lacryl にある linear acrylamide というのがそれだと思います。 確か古いフォーラムの他のトピックでは原著にあたる論文が挙げられていたと 思うのですが･･･今探したら見つからなくなってしまいました。 とにかく、 ・tRNAと違ってヌクレオチドが入らない。 ・グリコーゲンよりも更に短いヌクレオチドに強い。 といった内容だったと思います。保証はできませんが･･･ でもコスト的にも質的にも、悪い噂は聞いたことがありません。 実験書でも紹介されていました。

(無題) 削除/引用 No.320-2 - 2007/10/11 (木) 10:53:12 - 通りすがり yeast tRNAとかなら、買ってもそんなに高くなかった気がしますが どうでしょう。 しかしおっしゃるように >それともダウンストリームの実験で交差しないDNAであれば何でも良いのでしょ >うか？ であれば基本的に大丈夫なはずです。 たとえば哺乳類の細胞で実験してる場合に、 ハエのS2細胞とか大腸菌のゲノムを抽出してsonicationして 自作で使ってる人知ってますが特に問題がでたとは聞いてませんね。

キャリアDNAのことですが 削除/引用 No.320-1 - 2007/10/11 (木) 10:38:31 - きりん 大学でDNA、mRNAなど実験しているものです。 現在Q社のカラムを使用して、DNAの抽出を行っているのですが、プロトコールにDNAコピー数が少ない場合はキャリアDNAを使用した方が良いと書いてありました。 私はいま非常に少ない細胞からDNAを抽出する実験をしていてますので、キャリアDNAを使ってみようと考えています。 キャリアDNAの種類にはサケの精子くらいしかないのでしょうか？ それともダウンストリームの実験で交差しないDNAであれば何でも良いのでしょうか？ 現在、私の研究室にサケ精子などはないので代用できるものを探しています。 基礎的な質問ですが、どうかよろしくお願いします。

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