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ChIPは難しいですよね 削除/引用 No.299-2 - 2007/10/08 (月) 11:48:22 - taka うちのラボでもChIP行ってますが、固定後蛋白を効率よくIPできる抗体かどうかが一番のポイントではないでしょうか。勿論、蛋白・細胞種により固定時間やsonicationの条件など検討しないといけないポイントは多々あるのですが。DNAの断片化は500-1000bpくらいが中心となっていますか？抗体の量は少なすぎませんか？標的蛋白自体はマトモにIPされていますか？市販ChIPキットに添付されているポジコン抗体で上手くいっているなら、手技的な問題は少ないと言えるでしょう。 inhibitorの添加についてはよく分かりませんが、ホルムアルデヒドで固定しているのでプロテアソームは機能しないのでは？でも、プロテアーゼインヒビターは抽出bufferに入れるので、絶対無力化されているという自信はありません。

ChiPにおいて… 削除/引用 No.299-1 - 2007/10/07 (日) 22:26:10 - pon とある転写因子の抗体を用いてChIPを行なっています。 が、結果がイマイチで色々と原因を考えている所です。 この転写因子は、核内においてプロテアソームによる分解を受ける事が 先行研究により明らかになっています。 このような転写因子を解析する際には、抗体と反応させる時などに プロテアソーム阻害剤をいれるものなのでしょうか？

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