ちょっと、情報が要領をえないではっきりしないところがあるので、勝手にケースわけして勝手に可能性を書いてみますが、
1. その挿入があったのは複数のクローンなのか単一のクローンのみか？
Tnの転移再挿入はランダムなので、形質転換後に起こったなら単一のクローンだけのはずで、そうでなくても全く同じ位置に挿入したものはないはず。このケースなら、別のクローンをとれば挿入のないものがとれるでしょう。また、Tnのソースは宿主・ベクター系に内在する物と考えられるので、どんな系統、ベクターを使っているのかの情報があれば、納得のいく説明ができるのではないかと思って尋ねたのです。
複数のクローンに同じ挿入がある（しらべたすべてがそうである）なら、用意したインサートがもともとTn挿入を持っていたと考えるほかないので、
2. インサートの由来はなにか？
大腸菌由来だったら、もともとそういう内在性のTn挿入をもった系統だったということで説明できる。
また、他の生物由来でもPrimary libraryから拾ったクローンからのサブクローニングなら、libraryのなかで既にTnの挿入が起こっていたのかも知れない（ここでも宿主ベクター系がわかれば、説明がつくかも）。この場合はlibraryから別のクローンをとれば、挿入のないのが取れるかもしれないが、amplify済みだと、同じものしか取れない可能性もある。
あるいは、transgenic生物からとった核酸であればベクター由来の配列がたまたまそこに挿入していたのかも知れない。
いずれにせよ、余計な配列が入ったartifactなので、それがじゃまだというなら、何らかの方法で取り直す必要がありますね。ただ、どの辺も問題がありそうか見当もつけずに同じことやっても、同じ結果になりかねないですから。 |
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