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Re:Harplot 削除/引用 No.2758-3 - 2009/01/31 (土) 13:06:11 - ringo トランスポゾンもBLASTで検索できるのですね。 本当、素人なもので知りませんでした。 Harplot (dot blot)という手法も全く知りませんでした。 さっそく試してみたいと思います。 本当に勉強になります。APさん、ありがとうございます。

Harplot 削除/引用 No.2758-2 - 2009/01/30 (金) 20:52:39 - AP 既知のものであればBLASTに放り込めばトランスポゾンが引っかかってくるはずですが。 手持ちの配列のなかから、direct repeatやinverted repeatをみつけるのには、Harplot (dot blot)という手法がよく使われます。ご存じかもしれません。 マトリックスの縦軸、横軸に比較したい二者の塩基配列をならべて、指定されたwindow枠（例えば10 nt）ごとに総当たりをして、指定された以上の塩基数（例えば8 nt）が一致したところにドットを打っていきます。 問題の配列を、縦軸と横軸の両方にいれてこれを行うと、当然、塩基の並び順にに沿って全長が一致しますから、対角線状にドットが並びます。しかし、direct repeatが含まれていれば、それとは別に、それと平行なドットの並びが現れます　（例えば縦軸の100-200 ntと横軸の800-900 ntが一致のように）。 inverted repeatを見つける場合は、一方の軸にそのままの配列、他方に逆向き相補配列を入れます。inverted repeat同士は、一方を逆向き相補配列にすると一致するので、線上のドットの並びが現れます。 Harpoltの機能は、Genetyxなどの市販のパッケージには含まれています。 探せばフリーウェアもいろいろあると思いますが、主要なOSすべてに対応している物で一つだけ紹介しておきます。 http://pbil.univ-lyon1.fr/software/seaview.html

IR配列について 削除/引用 No.2758-1 - 2009/01/29 (木) 16:47:55 - ringo こんにちは、いつもお世話になっています。 現在、研究で遺伝子解析をしているものです。 トランスポゾンの両端に位置するIR配列についてなんですが、このIR配列はどこかのサイトで検索することができるのでしょうか？ もし、検索サイトが無いようでしたら、IR配列はどのように決定すれば良いのでしょうか？ 素人の質問で申し訳ありません。 知っている方いらしたら、よろしくお願いします。

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