全12件 ( 1 〜 12 )　 前 | 次 　1/ 1. /1

(無題) 削除/引用 No.2715-12 - 2009/01/26 (月) 13:49:56 - うぱりん ザンギさん、理解が遅い私のためにここまで教えて頂きまして、本当にありがとうございました。 > それにDBが１配列では、BLASTでは統計学的な有意性を計算してく > れません。 エクセルでFINDを使えば良いことは知っていたのですが、ご指摘のように、BLASTで統計的な優位性を出せると思っていました。それができないのであれば、自前でサーバーを構築してまでBLASTにこだわる意味がありません。 つまり、統計的な一致をみたいなら、BLASTの本家のデータベースに自前の１配列を加えた状態で検索するしか無い、ということになりますね。 別の手法でウェスタンの結果と絡めていくことにします。 本当にありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.2715-11 - 2009/01/25 (日) 19:32:45 - ザンギ >EXACT関数（あるいは他のテキストを処理する関数）でできると思います。 EXACTではなくてFINDですね。

(無題) 削除/引用 No.2715-10 - 2009/01/25 (日) 09:06:43 - ザンギ もう一度読み返してみると．．．． あるタンパク質の全長配列があって、MSで取得したペプチド断片の配列 がヒットするかどうかを確認したいってことですね。 １００％マッチだけを見つけ出せばいいのであれば、エクセルの EXACT関数（あるいは他のテキストを処理する関数）でできると思います。 手許のPCにエクセルが無いので、今は確認できませんが（汗）

(無題) 削除/引用 No.2715-9 - 2009/01/25 (日) 08:59:46 - ザンギ 貴方の思考パターンがどうであれ、計算機に作業させるのに DB:800, Query:1 と DB:1, Query:800 は同じことです。 どちらの手続きが簡単かを考えれば、当然前者です。 それにDBが１配列では、BLASTでは統計学的な有意性を計算してく れません。 FASTA形式に変換するのは、Terapadのような改行コードの扱え るエディタで置換作業をすれば簡単にできます

(無題) 削除/引用 No.2715-8 - 2009/01/24 (土) 10:59:09 - うぱりん ザンギさん、はぐれさん、ありがとうございました。 >[Re:5] ザンギさんは書きました : > あぁ、なんか勘違いをしたみたい。 > > Queryは１配列で相手が８００配列ってことですか？ 分かりにくくてすみません。問い合わせ配列が800で、データベースにしたい配列が一つです。 具体的に説明しますと、ウェスタンブロットで陽性だったスポットを切り出してトリプシン処理し、LC-MSMSでペプチド断片を見たところ、いいスコアで取れたものが830個ほどありました。ウェスタンで用いた抗体が認識するタンパク質がデータベースに無いものですので、ウェスタンで認識されたタンパク質の配列がデータベースに相当します。得られた830個のペプチドの中に、ウェスタンにより認識されたタンパク質のペプチドが含まれていないか、調べたいのです。（当初は、他の種のホモログで相同性があれば良いなと思っていたのですが、見つかりませんでした） >[Re:6] はぐれさんは書きました : > DDBJのCLUSTALW(http://clustalw.ddbj.nig.ac.jp/top-j.html)で処理してみるとか。 リンクにとんで見てみました。 やはり、Bio editもそうですが、830個を一斉にやることは出来そうですけど（一つ一つのペプチド配列の前に、”＞タイトル”を付ける必要がありますが）、自前のデータベース（といっても配列は一つですが）を用いるためには、サーバーを立ち上げる必要があるということでしょうか？？ 他にもっと簡単な方法はないのでしょうか？？ 重ね重ね申し訳ありません。よろしくお願いします。

(無題) 削除/引用 No.2715-7 - 2009/01/24 (土) 07:56:10 - ザンギ CLUSTALですか。 やってみてもいいかもしれません。 DDBJもこんなサービス（失礼）をするくらいなら、個人専用の配列DBでBLAST検索サービスしてくれればいいのにと思いますね。 計算量はBLASTの方が少ないと思うし、需要もあると思う。 DDBJにリクエスト（or提案）してみたらどうでしょうか。 国際DBとしての存在感が薄いのが悩みのようなので（重ねて失礼）、対応してくれるかもしれませんよ。

(無題) 削除/引用 No.2715-6 - 2009/01/24 (土) 04:32:52 - はぐれ DDBJのCLUSTALW(http://clustalw.ddbj.nig.ac.jp/top-j.html)で処理してみるとか。

(無題) 削除/引用 No.2715-5 - 2009/01/23 (金) 22:26:29 - ザンギ あぁ、なんか勘違いをしたみたい。 Queryは１配列で相手が８００配列ってことですか？ BioEditで出来ますよ。

(無題) 削除/引用 No.2715-4 - 2009/01/23 (金) 22:23:13 - ザンギ Microsoft WindowsのPCが使えるんでしたら、BioEditというフリーソフトにBLASTが組み込まれてるので、システムの立ち上げ負担は殆どありませんよ。 やりたいことは手持ちの配列同士で相同性検索をしたいってことですよね？ BioEditで100を超えるような配列を一度に検索したことはありませんが、計算にちょっと時間がかかるかもしれませんね。 検索結果を眼で読んでいくことになりそうですが、そうするとその作業に相当時間がかかるので、一度に投げるQueryは100くらいでもいいんではないでしょうか？ 予算があるんでしたら、コマーシャルにインハウスのBLASTサーバ構築をしてくれる会社もあるでしょうし、ご希望の解析だけをやってくれる会社もあると思いますよ。

(無題) 削除/引用 No.2715-3 - 2009/01/23 (金) 20:27:58 - うぱりん ザンギさん、ありがとうございました。 今、少し検索してみたのですが、BLASTサーバ、チャレンジしてみたい気持ちはありますが、一から勉強する私には、時間的に厳しいところです。 また、仮に頑張ってBLASTサーバを作ったところで、830個も一斉に相同性検索できますでしょうか？？

(無題) 削除/引用 No.2715-2 - 2009/01/23 (金) 20:10:32 - ザンギ 自前でBLASTサーバーを立ててDBを構築すればいいです。 ネットでもどこかでやり方が出てたと思います。

自前のアミノ酸配列と大量ペプチドの相同性 削除/引用 No.2715-1 - 2009/01/23 (金) 19:57:55 - うぱりん 　データベースに載っていない生物のあるタンパクの配列を持っているのですが、手元にある830個程のペプチド断片（MSMSの結果）との相同性を見たいと思っています。 イメージとしては、BLASTの『protein-protein』のようなことを、データベースの変わりに自前の配列を検索対象にして、しかも830個を一個一個ではなく、一斉にするような感じです。 問題点を分けますと、 １、BLASTのデータベースに検索対象にしたい配列が無い。 ２、ペプチド１個ずつでは大変なので、一斉に行いたい。 です。どのようにするのが賢いやり方でしょうか？？

全12件 ( 1 〜 12 )　 前 | 次 　1/ 1. /1

パスワードを入力してチェックした記事を

チェックした記事を

---