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(無題) 削除/引用 No.2589-8 - 2009/01/03 (土) 05:47:24 - おお >[Re:7] あべちゃんさんは書きました : > １つの意見として、 > 「ある蛋白質が結合するなら、配列はＡではない」 > という結論に至る。 > > 情報量が多ければ、答えは導かれるのでは。 > つまり、消去法なので、正攻法で結合する配列を導くよりも、実験による証明する量が増えるので、リーズナブルではないと思います。 正論ですね、たしかに情報量的にはおおいほうが、、 > ただし、私は今正月休みの酔っぱらいです。 明けましておめでとうございます。 > > あと、個人的に、｢無い事は証明できない」と考えています。ので、ある配列に蛋白質が結合しないという証拠自体、信じるに足る情報とみなす為にかなりの労力を要すると思います。 これは突詰めるとそうですが、結合するDNA配列があって、 ポイントミューテーションが1カ所あるとその結合が見れなく なるということを考えていますので、それ程難しい 問題でもないとおもってます。

(無題) 削除/引用 No.2589-7 - 2009/01/03 (土) 04:40:48 - あべちゃん １つの意見として、 ある命題「ＡであるならばＢである」が必ず正しいならば、その対偶に位置する「ＢでないならばＡではない」は必ず成立する。 よって、 「ある配列Ａならば、ある蛋白質は結合しない」という実験事実が正しならば、 「ある蛋白質が結合するなら、配列はＡではない」 という結論に至る。 情報量が多ければ、答えは導かれるのでは。 つまり、消去法なので、正攻法で結合する配列を導くよりも、実験による証明する量が増えるので、リーズナブルではないと思います。 ただし、私は今正月休みの酔っぱらいです。 あと、個人的に、｢無い事は証明できない」と考えています。ので、ある配列に蛋白質が結合しないという証拠自体、信じるに足る情報とみなす為にかなりの労力を要すると思います。 やっぱり、正攻法で、ランダムオリゴと目的蛋白質を結合させ、抗体で蛋白質核酸の複合体を落とし、きょうちんしてきた核酸の配列を調べる方が結果的に早く結論に至るのではと、思います。

(無題) 削除/引用 No.2589-6 - 2009/01/03 (土) 03:07:17 - おお >[Re:5] kokoさんは書きました : > 雑談目的ですか・・・？ いやそういう訳でも、、、 どうも昔から、この手のことが出来ないかと、、、 結合しないという配列のインフォメーションがそれなりに蓄積できるなら、 マトリクスを構築できないかと思うわけです、、、、 通常は結合する領域に変異を入れたり、ランダムな配列 から、結合する配列をピックアップして、マトリクスを 得るわけですが、、、、

(無題) 削除/引用 No.2589-5 - 2009/01/02 (金) 22:44:31 - koko 雑談目的ですか・・・？

(無題) 削除/引用 No.2589-4 - 2009/01/02 (金) 18:43:08 - おお >[Re:1] おおさんは書きました : あれ、ちょっと書き方まずかったかな、誤解があるかもしれません。 > で、このインフォメーションを利用して非常にラフでもいいので、このタンパクの結合 > モチーフを予測できないでしょうか。 ここを、 このインフォメーションを用いて、タンパクが認識する核酸のコンセンサス 配列を予測できないでしょうか と書き換えた方がいい見たいです。

(無題) 削除/引用 No.2589-3 - 2009/01/02 (金) 17:09:36 - yt 門外漢なので素朴な疑問です。 例えば制限酵素もあるＤＮＡ配列をかなり厳密に認識して特異的に結合するＤＮＡ結合蛋白な訳ですが、それらにはＤＮＡ結合モチーフというのがあって、その種類と言うのは限られていて（少なくとも制限酵素の種類よりはずっと少ない）、モチーフが同じなら認識するＤＮＡ配列もある程度類似していて、それによってある程度のグループ分けは出来たりするのでしょうか？ もしそうなら、ＤＮＡ配列から逆に推測することも不可能ではないような気はしますけどね。実際問題どうか分かりませんが。

(無題) 削除/引用 No.2589-2 - 2009/01/02 (金) 14:59:37 - おお いや、組み合わせをかんがえると可也無理っぽい、、、、、、

モチーフを予測 削除/引用 No.2589-1 - 2009/01/02 (金) 14:52:03 - おお 例えばあるDNAやRNA(ややこしいので1本鎖とします)の10ー20ベースぐらいの配列があるとします。 そのオリゴにあるたんぱく質が結合します。たんぱく質は既知ですがコンセンサスは決められていません。 ただし、核酸結合モチーフの性質上から4から7ベースクラいがカバーされていると予測できると します。 そのオリゴほとんど同じ1ベースしか違わないものがそのタンパクに結合しなかったとします。 というかそういう実験が報告されています。 で、このインフォメーションを利用して非常にラフでもいいので、このタンパクの結合 モチーフを予測できないでしょうか。 くっつかない配列が分かっているだけに、ある程度つかないだろうという配列を除外できるような きがするのですが、ちょと目で追ってとかしていると訳が分からなくなります。

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