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シーケンスの並び替え
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No.2581-TOPIC - 2008/12/30 (火) 10:34:45 -
シーケンス
現在プロモーター解析を行っています。
サイトにて配列を入手しましたが、逆向き(5'→3'ですが、相補的な配列のため並び上は左が3’)の配列しか入手できませんでした。
この配列を左5'→右3'に並び替える方法をご存知の方はおられませんでしょうか?
解析には困らないのですが、primerなどの設計や、図などにする際には並び替えるほうがいいと思いますので。
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ありがとうございます
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No.2581-6 - 2008/12/31 (水) 16:49:03 -
シーケンス
皆様、ご回答ありがとうございます。
ExcelかWordで処理することしか考えていなかったので、こんなに身近に便利な機能があることに気がつきませんでした。
皆さんのアドバイスを参考にさせてもらいました。
ありがとうございます。
(無題)
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No.2581-5 - 2008/12/30 (火) 19:22:11 - ~
http://www-personal.umich.edu/%7Eino/blast.html
日本語の解説がついているので、ここが好みです。
(無題)
削除/引用
No.2581-4 - 2008/12/30 (火) 15:37:34 - 中年
Googleで「sequence reverse complement」と検索したら、トップにこれが来ました。
http://www.bioinformatics.org/sms/rev_comp.html
(無題)
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No.2581-3 - 2008/12/30 (火) 13:59:52 -
おお
WEB でどっかにあったんだよなぁ、、、、
ブックマークしといたはずだけど、壊れちゃったんだよね
コンピューター。
http://www.fr33.net/seqedit.php
あ、これ使えるんでないの?ググッたらでてきた、、、、
でおれもブックマークしとこ。
(無題)
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No.2581-2 - 2008/12/30 (火) 12:37:37 - AP
遺伝子解析ソフト、シークエンス編集ソフトの基本機能であり、もっとも機能の限られたソフトにも備えられています。
ラボで使用しているソフトがあるなら何か、あるいはあらたにソフトを入手したいなら、コンピュータの環境、予算(フリーがいいとか)、欲しい機能などをあげてくれたら、いろいろアドバイスあると思います。
シーケンスの並び替え
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No.2581-1 - 2008/12/30 (火) 10:34:45 -
シーケンス
現在プロモーター解析を行っています。
サイトにて配列を入手しましたが、逆向き(5'→3'ですが、相補的な配列のため並び上は左が3’)の配列しか入手できませんでした。
この配列を左5'→右3'に並び替える方法をご存知の方はおられませんでしょうか?
解析には困らないのですが、primerなどの設計や、図などにする際には並び替えるほうがいいと思いますので。
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