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(無題) 削除/引用 No.2571-14 - 2009/01/01 (木) 13:00:55 - ザンギ ちょっと頭の体操のつもりで作ったものですので、お気になさらずに。 IF関数の判別式にEXACTを使うのを今回はじめて知りました。 TRIMを意味なく使ったりしてますが．．．ま、敲き台として使っていただければ。

(無題) 削除/引用 No.2571-13 - 2008/12/31 (水) 17:25:09 - おお 関数を確認したので作れそうかなとおもっていたら、、、、 その前にテンプレートが丁寧にやって来た、、、、、 ほんとにありがとうございました。グーグルはいま何でもできてしまうのですね。 ぐぐるっていうのは表計算することも含まれるようになって、、、、、ないか。

エクセルで 削除/引用 No.2571-12 - 2008/12/30 (火) 20:56:57 - ザンギ 関数の使い方を文章で説明するのがとても大変なので、 GoogleDocsでこんなの作ってみました。 エクセルでもほとんど同じだと思います。 http://spreadsheets.google.com/ccc?key=poZjpp14HhfIXBDfjTt4DAw

(無題) 削除/引用 No.2571-11 - 2008/12/28 (日) 05:40:04 - おお >[Re:9] APさんは書きました : > Sepool > ttp://www.biossc.de/seqool/index.html > Windows。学術用途はFreeだけれど登録が必要。 > > Artemis > ttp://www.sanger.ac.uk/Software/Artemis/ > Windows, MacOSX　他（Java）。Free. > ありがとうございます。一度チェックしてみます。

(無題) 削除/引用 No.2571-10 - 2008/12/28 (日) 05:37:46 - おお >[Re:8] ザンギさんは書きました : > エクセル等表計算ソフトのＭＩＤ関数を使って配列をスプレッドシートに展開して、ＩＦ関数、ＳＵＭ関数を使えば出来そうな気がしますね。 たしかにエクセルでできそうなんですよね。でも、 関数に精通してないとイメージもわかないし、 どれ程てまがかかる(かからない)かも分からない んですよね、、、、 示された関数チェックしてみたいと思います。

(無題) 削除/引用 No.2571-9 - 2008/12/27 (土) 22:57:30 - AP Sepool ttp://www.biossc.de/seqool/index.html Windows。学術用途はFreeだけれど登録が必要。 Artemis ttp://www.sanger.ac.uk/Software/Artemis/ Windows, MacOSX　他（Java）。Free. Sepoolのほうが使いやすいしオプションの自由度も高そうです。 Artemisは、おそらくパラメータをいじるときはスクリプトモジュールを書き換えなければならないようですが、一通りの塩基、塩基種のcontentをプロットするモジュールは入っているようです。 いつも世話になっているこのサイトで見つけました。 ttp://molbiol-tools.ca/molecular_biology_freeware.htm

エクセルでも 削除/引用 No.2571-8 - 2008/12/27 (土) 18:41:19 - ザンギ 分子生物学用のパッケージソフトにもあったと思いますが、エクセル等表計算ソフトのＭＩＤ関数を使って配列をスプレッドシートに展開して、ＩＦ関数、ＳＵＭ関数を使えば出来そうな気がしますね。 エクセル等ソフトの仕様で数万塩基までに制限があるかもしれませんが、考えてみるのも楽しいと思います。

(無題) 削除/引用 No.2571-7 - 2008/12/27 (土) 18:23:28 - おお >[Re:6] APさんは書きました : > GenetyxのGC contentの分析ではGC以外の塩基も指定できて、どの塩基の含有率も分析とplotをしてくれますけれど。類似の遺伝子解析ソフトのパッケージにもあるのではないかと思います。 残念ながら全くその手のソフトを持ってません。 安いソフト探してみます、、、、、、

(無題) 削除/引用 No.2571-6 - 2008/12/27 (土) 16:25:35 - AP GenetyxのGC contentの分析ではGC以外の塩基も指定できて、どの塩基の含有率も分析とplotをしてくれますけれど。類似の遺伝子解析ソフトのパッケージにもあるのではないかと思います。

(無題) 削除/引用 No.2571-5 - 2008/12/27 (土) 15:59:33 - おお >[Re:2] kentalowさんは書きました : > WebLogo: http://weblogo.threeplusone.com/ > > 目的と異なっていたらすみません。 > ご参考までに。。。 う、うん、ちょっと違うかも。１度もうちょっと詳しくみてみます。 違ってても、これは違う時に使えそうです。 ありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.2571-4 - 2008/12/27 (土) 15:35:26 - おお >[Re:3] ザンギさんは書きました : > たとえば５塩基のwindow sizeの中でGかいくつあるかというようなことでしょうか？ はい、そんな感じです。プリンがなんことか、、、

(無題) 削除/引用 No.2571-3 - 2008/12/27 (土) 15:23:58 - ザンギ たとえば５塩基のwindow sizeの中でGかいくつあるかというようなことでしょうか？

WebLogo 削除/引用 No.2571-2 - 2008/12/27 (土) 13:31:35 - kentalow 特定塩基の偏りをグラフィカルに表すのにWebLogoというものをよく見かけます。 WebLogo: http://weblogo.threeplusone.com/ 目的と異なっていたらすみません。 ご参考までに。。。

特定塩基の偏りをスコアリング 削除/引用 No.2571-1 - 2008/12/27 (土) 07:25:20 - おお えっと一本鎖核酸の配列で、ある特定塩基の偏りをスコアリングして、 プロットしたいと思うのですが、そのへんをコンピュータープログラミングが できない人でもできる方法論があれば教えてほしいのですが、 やりたいことはタンパクでいうハイドロパシープロットのようなものです。

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