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マウス129/Svの遺伝子情報を入手するには？ トピック削除
No.257-TOPIC - 2007/09/28 (金) 19:32:58 - ねずみ子
ノックアウトマウスのコンストラクトを作るために、129/SvのBACを用いてPCRクローニングを行っています。とれたクローンをシークエンスし、NCBIからダウンロードしたC57BL/6Jの目的遺伝子の配列と比較してみたところ、普段のPCRではありえないほどのたくさんの変異がみられました(約1/100bp)。今回使用した酵素はKOD Plusですが、以前にもっとfidelityが低いとされる酵素でもここまで多くの変異をみたことはありません。しかも、とれたクローンすべてに共通しておりますので、もしかしたら129/SvとC57BL/6Jの種間の違いかとも思っております。そこで129/Svの配列を入手したいのですが、具体的に方法(NCBIなどのデータベースでの検索方法）をご存知の方は教えてください。
　
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(無題) 削除/引用
No.257-2 - 2007/09/28 (金) 20:47:52 - Ｔ
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/MouseSNP.cgi
でマウス系統間の遺伝子多型を検索することができます。

マウス129/Svの遺伝子情報を入手するには？ 削除/引用
No.257-1 - 2007/09/28 (金) 19:32:58 - ねずみ子
ノックアウトマウスのコンストラクトを作るために、129/SvのBACを用いてPCRクローニングを行っています。とれたクローンをシークエンスし、NCBIからダウンロードしたC57BL/6Jの目的遺伝子の配列と比較してみたところ、普段のPCRではありえないほどのたくさんの変異がみられました(約1/100bp)。今回使用した酵素はKOD Plusですが、以前にもっとfidelityが低いとされる酵素でもここまで多くの変異をみたことはありません。しかも、とれたクローンすべてに共通しておりますので、もしかしたら129/SvとC57BL/6Jの種間の違いかとも思っております。そこで129/Svの配列を入手したいのですが、具体的に方法(NCBIなどのデータベースでの検索方法）をご存知の方は教えてください。
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