昔の一般論しか知りませんが、誰もレスされていないようなので一応…
miRNAの直接の前駆体であるpre-miRNAの2次構造は、ミスマッチを含む20残基対以上のステムと、それをつなぐループからなっていると思います。
mfoldなどのプログラムを用いれば配列情報などから高次構造を推定し、miRNAの当たりをつけることは可能ですが、RNAは一般に様々な高次構造を取り得るので、ミスマッチを含むステムループ構造を取り得るからといってmiRNAだと決定することはできません。
RNAウイルスのゲノムは高次構造を取り得ると思いますので、転写産物ベースでの解析が可能ならその方がよいかもしれません。
最近ではmiRNAの解析についての日本語の書籍もいくつか出ているようですので、参考にされた方がよいと思います。 |
|