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pri-miRNAとDrosha トピック削除
No.2545-TOPIC - 2008/12/22 (月) 16:35:37 - スギ
こんにちは。
現在、新規miRNAを検索しております。
あるウイルスについてその中にmiRNA様のものがないか検討しています。
そこで、疑問に思ったことがあります。
一般的に、PolUで転写されたmiRNA前駆体(mRMA様のもの)の2次構造をDroshaが認識して切断すると説明されています。
Droshaが認識するその2次構造に何か特徴はないのでしょうか。
言い方を変えれば、最終的にmiRNAとなるものの2次構造には何か特徴があるのでしょうか。
それとも、構造からの予測は困難なのでしょうか。
ご存知の方がいらしたら、ご教授願います。
 
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(無題) 削除/引用
No.2545-3 - 2008/12/27 (土) 20:42:48 - スギ
ありがとうございます。
本があるようなら探してみます。

(無題) 削除/引用
No.2545-2 - 2008/12/25 (木) 11:28:17 - 通りすがり
昔の一般論しか知りませんが、誰もレスされていないようなので一応…

miRNAの直接の前駆体であるpre-miRNAの2次構造は、ミスマッチを含む20残基対以上のステムと、それをつなぐループからなっていると思います。
mfoldなどのプログラムを用いれば配列情報などから高次構造を推定し、miRNAの当たりをつけることは可能ですが、RNAは一般に様々な高次構造を取り得るので、ミスマッチを含むステムループ構造を取り得るからといってmiRNAだと決定することはできません。
RNAウイルスのゲノムは高次構造を取り得ると思いますので、転写産物ベースでの解析が可能ならその方がよいかもしれません。

最近ではmiRNAの解析についての日本語の書籍もいくつか出ているようですので、参考にされた方がよいと思います。

pri-miRNAとDrosha 削除/引用
No.2545-1 - 2008/12/22 (月) 16:35:37 - スギ
こんにちは。
現在、新規miRNAを検索しております。
あるウイルスについてその中にmiRNA様のものがないか検討しています。
そこで、疑問に思ったことがあります。
一般的に、PolUで転写されたmiRNA前駆体(mRMA様のもの)の2次構造をDroshaが認識して切断すると説明されています。
Droshaが認識するその2次構造に何か特徴はないのでしょうか。
言い方を変えれば、最終的にmiRNAとなるものの2次構造には何か特徴があるのでしょうか。
それとも、構造からの予測は困難なのでしょうか。
ご存知の方がいらしたら、ご教授願います。

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