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マイクロアレイのサンプル数 トピック削除
No.2534-TOPIC - 2008/12/20 (土) 18:31:26 - 初心者
マイクロアレイ初心者です。
今、遺伝子改変マウスと正常マウスのある組織での遺伝子発現変化を見るために
マイクロアレイを行おうとしています。
その場合のサンプル数(n)について教えてください。
nが多いほどいいとは思うのですがコストの問題がありますよね。
一般的な最低のnはいくらくらいなのでしょう?
さらに、複数のマウス(たとえば3匹)からの組織をプールしたサンプルを用いた場合、
改変マウス、正常マウス各々 1ずつのサンプルとしたほうがいいのか、
複数のプールドサンプルを用いるほうがいいのか、
御意見をお聞かせください。
 
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(無題) 削除/引用
No.2534-5 - 2008/12/21 (日) 07:37:42 - 手に入れろ♪尾崎のジャンボ♪
有意差を出すために n>3 が良いと思います。
最近のチップやアレイのデータは、有意差を出さないとレビュアーが納得しない傾向にあります(もちろん差がある重要な遺伝子の別の系での確認も必要)。
各々のアレイには、別個体からのサンプルを載せるべきです。
1匹からでは1枚分のサンプルが取れない場合は、プールするのがいいでしょう。
雌雄は混ぜないほうがよいです。

(無題) 削除/引用
No.2534-4 - 2008/12/21 (日) 06:22:04 - おお
この場合はプールするより、ここで見た方がいいのかと
わたしは思います(ただしnを大きくしたくないばあいは
プールにするかもしれませんね)。
例えば同じ系統のマウスで
若い時と、老齢のときで比べるというのであれば、
プールするのを選ぶかもしれません。

マイクロアレーは依頼するのでしょうか、それとも
あなたの研究室でするのでしょうか?
データーの安定性はスキル、環境やサンプルによって
大きく違ってきます。依頼するのであれば、依頼先
に相談するのがベターと思います。依頼先の感覚
を優先させた方がいいかと思えるからです。
研究室でやるのであれば、過去のデーターなどから、
起こりうるエラーを考えてnやサンプルの調製を
考えるのがいいかと思います。

あとは実験の方針によるかと思います、差があり
そうな遺伝子を見つけるだけが目的であれば、
極端な話n=1でもいいと思います。あとで、
RTPCRなどで検証して、そのここの遺伝子
について調べていくなら、一種のスクリーニング
ですから。遺伝子のクローニングでクローニング
の再現性をとることはあまりないのと同じ感覚です。

n=1で良いと思える時はなるべくn=2にしておく
と感覚的には思ってます。
この時は流石に1個体でづつの比較では個体差を吸収
できないと思いますので、プールになると思います。
デメリットは個体間で下がったり上がったりする、
挙動が一定しないものが、平均で出てくるため、
一見上がっているようにみえても、そうでない
マウスもいるといった可能性でしょうか。
それを避けるならとりあえず3個体(少なくとも2個体)づつで
比べてみるのがいいのかと思えます。
で、データーの精度が目的にかなっているか
考えて増やすかどうか考えてみればいいかと思います。

ただ、サンプリングでなやむかもしれませんね。
雄雌をそろえるとか、どの時期にするとか、、
これはいじった遺伝子の問題なので、一般か
できませんが、、。

マイクロアレー上のデーターでいろいろ解析する
可能性を考える時はもう少し慎重な方がいいかと思います。

(無題) 削除/引用
No.2534-3 - 2008/12/20 (土) 20:47:23 - 通りすがり
ちなみに統計学者はプールドサンプルは嫌がりますねぇ。
できるだけ個別にしろ、と。
参考までに。

>うんこ さん
こういうプラクティカルな質問はいいじゃないですか?
なかなかきちんと本に書いてませんし。

(無題) 削除/引用
No.2534-2 - 2008/12/20 (土) 19:44:22 - うんこ
>さらに、複数のマウス(たとえば3匹)からの組織をプールしたサンプルを用いた場合、
>改変マウス、正常マウス各々 1ずつのサンプルとしたほうがいいのか、
>複数のプールドサンプルを用いるほうがいいのか、


複数のプールドサンプルをする必要はないんじゃ…そのための『プールド』ですし。もう少し理解された方がいいですよ。


ですので、できるだけ多くのマウスからのサンプルをプーリングしてWTとKOマウスの1:1で比較すべき。で、差があるような遺伝子がひっかかったら個別のマウスでRT-PCRを行えばいいだけの話。

もう少し理解をし(ry

マイクロアレイのサンプル数 削除/引用
No.2534-1 - 2008/12/20 (土) 18:31:26 - 初心者
マイクロアレイ初心者です。
今、遺伝子改変マウスと正常マウスのある組織での遺伝子発現変化を見るために
マイクロアレイを行おうとしています。
その場合のサンプル数(n)について教えてください。
nが多いほどいいとは思うのですがコストの問題がありますよね。
一般的な最低のnはいくらくらいなのでしょう?
さらに、複数のマウス(たとえば3匹)からの組織をプールしたサンプルを用いた場合、
改変マウス、正常マウス各々 1ずつのサンプルとしたほうがいいのか、
複数のプールドサンプルを用いるほうがいいのか、
御意見をお聞かせください。

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