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(無題) 削除/引用 No.2526-13 - 2008/12/20 (土) 14:49:17 - tensya みなさん、ありがとうございます。 また勉強させていただきます。 先ほども書きましたが、DNAと転写因子というよりは、「クロマチン構造と転写因子」はどうかなと思いまず、電荷を考えました。 ヒストンはアセチル化すると負に帯電することで、負に帯電しているDNAとはなれ、クロマチン構造は緩みます。 ということは、クロマチン内部は負に帯電していると考えます、 とすると、より負に帯電している転写因子はクロマチン構造内部には入っていけないのでは？と思いました 皆様が言われるようにたくさんの要因があるので、わからないとは思いますが・・・

(無題) 削除/引用 No.2526-12 - 2008/12/20 (土) 14:17:29 - 名無し 専門外ゆえごく表面的なことしか知りませんが、転写因子は、リン酸化、アセチル化、メチル化、ubiquitinやSUMOのような低分子量蛋白質分子の結合などの翻訳後修飾を受けた結果、表面の荷電状態、高次構造や、他の蛋白質との相互作用の変化などが変化してDNAへの結合状態や親和性が可逆的に調節されることがしばしばあるとおもいます。最近の論文を見ると上記蛋白質のproteomicsではターゲットとして転写関連因子が多数同定されていますしそういった研究は最近、盛んではないでしょうか。

(無題) 削除/引用 No.2526-11 - 2008/12/20 (土) 14:13:26 - おお >[Re:9] tensyaさんは書きました : > ありがとうございます。 > > 私の得た結果が > �@転写因子Aは、DNA結合領域に結合する > �A転写因子Bは、ある遺伝子promoter上へは、入っていって、転写因子Aの結合を阻害する。しかし、別の遺伝子promoterには近づくことができず、転写因子Aの結合を阻害できない > �Bただし、両遺伝子promoter上には、転写因子Bの結合領域は存在しない。 > �Cつまり転写因子BはDNA結合せずに、転写因子Aの結合を弱める なるほど。まずすべてがどこまで立証されているかという点で、 その条件で仮説を立てることにどこまで意味があるかという のがぶれますが、、、、、、 BはターゲットのDNAには直接ついてないということですね。 いろんな可能性を考えることは(ファンタジーとして) できますが、、、 たとえばその他のDNA結合因子(C)がプロモーターのDNA配列を 認識して、その結合因子がBと結合できるとかんがえると、 Cの結合に依存してBはプロモーターを制御できるという ことも考えられます。

(無題) 削除/引用 No.2526-10 - 2008/12/20 (土) 14:00:00 - おお 一度回答を書きましたが、それに反応してないので どうも、疑問に答えてないのかなと、、、、 えっと電荷はある意味一因となり得ますが、正の電荷が 強いほど(特異的に)つきやすいというものでもありません。 たんぱく質と核酸の結合はたんぱく質同士の結合 と同じような作用で結合しています。疎水的結合 水素結合、π電子相互作用、電荷による相互作用 などです。 そしてこの相互作用を担う分子が空間的にうまく 配置されることが、必要となってきます。 タンパクと核酸の結合をしめした、構造解析は たくさんなされているのでそういうのを見てみれば いいかと思います。いかに巧妙なアミノ酸の配置 が必要か分かると思います。

(無題) 削除/引用 No.2526-9 - 2008/12/20 (土) 13:57:30 - tensya ありがとうございます。 私の得た結果が �@転写因子Aは、DNA結合領域に結合する �A転写因子Bは、ある遺伝子promoter上へは、入っていって、転写因子Aの結合を阻害する。しかし、別の遺伝子promoterには近づくことができず、転写因子Aの結合を阻害できない �Bただし、両遺伝子promoter上には、転写因子Bの結合領域は存在しない。 �Cつまり転写因子BはDNA結合せずに、転写因子Aの結合を弱める のです。 質問が悪かったのですが、DNAへの結合の違いというか、転写因子によってクロマチン構造内に入り込める・こめないというものを規定するものは何かないかと思っております。

(無題) 削除/引用 No.2526-8 - 2008/12/20 (土) 13:08:49 - 親和性のこと? 親和性のことをおっしゃっているのでしょうか。 転写因子関連の論文では普通に議論されている問題ではないですか？ たとえば教科書で言えば、Mark Ptashneの Genetic Switchとか。 ファージ時代からの古くからの問題だと思いますが。 そういう質問ではないのかな？ >[Re:5] tensyaさんは書きました : > 転写因子の分子量とか、電荷とか関係しませんかね？DNAは負に帯電しているので、より負に帯電している転写因子は近づきにくいとか・・・ > > そんな論文みたことないですけど。 > > 御意見いただいた立体構造も、そうですよね。ただ、どういった立体構造だとDNAに近づきやすい・にくいとかって分かっているものなのでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.2526-7 - 2008/12/19 (金) 13:51:38 - AP >そうですね、DNA sideではなく、転写因子側になんらかの選択性があるのではないかと・・・ 当然あるでしょう。いろいろな転写因子とターゲット配列で結合係数、解離係数の調査の報告は少なくないはずですよ。生物界であまたある転写因子とターゲット配列の結合係数が、すべて等しくなるようにできているとしたら、奇跡に近いことではないでしょうか。 結合係数が低い転写因子でも、細胞内の存在量が高ければ、平衡状態はDNA結合に結合した状態が優位になるでしょうし、結合係数が高くても細胞内の存在量が低ければ強い転写促進は起こらないかもしれません。in vitroの結合実験は過剰量のタンパク質を使い、結合係数に関係なく(特異的に）付くか付かないかだけをみているのが普通なので、その辺のこと忘れてしまうかもしれませんが。

(無題) 削除/引用 No.2526-6 - 2008/12/19 (金) 13:13:55 - R DNAへの結合は塩基性のアミノ酸が大きく関わってきます。 立体構造については螺旋の溝にはまりやすいとか、ほかのリクルーターに会合しやすいとかですかね。

(無題) 削除/引用 No.2526-5 - 2008/12/19 (金) 12:11:44 - tensya Rさん＞DNA結合モチーフの違い、またはその保存性の違い。 といったこととは違うことを期待されているのですよね。 そうですね、DNA sideではなく、転写因子側になんらかの選択性があるのではないかと・・・ 転写因子の分子量とか、電荷とか関係しませんかね？DNAは負に帯電しているので、より負に帯電している転写因子は近づきにくいとか・・・ そんな論文みたことないですけど。 御意見いただいた立体構造も、そうですよね。ただ、どういった立体構造だとDNAに近づきやすい・にくいとかって分かっているものなのでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.2526-4 - 2008/12/19 (金) 10:25:10 - おお 転写因子の修飾とか局所的にコントロールされていれば つきにくかったりつき安かったりします。あとはDNAの配列 でコンセンサスにある程度可変な部分があると思いますが そういうところがアフィニティーの微妙な違いに関係している 可能性もあります。 あとはその周りの配列が他の転写因子に認識されたりとか で転写因子同市が相互作用しているためにより強く DNAに結合できる場合もあるのかなぁとおもいます。

(無題) 削除/引用 No.2526-3 - 2008/12/19 (金) 10:08:00 - R DNA結合モチーフの違い、またはその保存性の違い。 といったこととは違うことを期待されているのですよね。

(無題) 削除/引用 No.2526-2 - 2008/12/19 (金) 10:07:05 - けい >DNAへ「近づきやすい・近づきにくい」因子があるのでは？ DNAへ「近づきやすい・近づきにくい」原因の一つは、転写因子側の立体構造だと思います。

転写因子ごとのDNA結合の強さの違い（御意見お聞かせください） 削除/引用 No.2526-1 - 2008/12/19 (金) 08:28:13 - tensya 転写因子の研究を行っています。 DNA promoter上に転写因子がつくことで、転写が行われます。 転写因子にはたくさんありますが、今思っているのは、転写因子によって、それぞれDNAにつきやすい・つきにくいがあるのでは？と思っています。 ヒストンのアセチル化やDNAのメチル化の研究により、DNAsideの転写因子の受け入れやすさは、話されてきていますが、逆に転写因子sideにもなんらかなの、DNAへ「近づきやすい・近づきにくい」因子があるのでは？と思っています。 みなさん、どう思われますか？もし、そういった因子があるとしたら何なんでしょうかね？ もし、何か情報や意見をお持ちのかたがおられましたら、お願いいたします。

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