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ザンギさん、カナマイシンさん、atsさんへ 削除/引用 No.2424-7 - 2008/12/02 (火) 11:04:50 - 佐山あやこ ザンギさん ＞共生バクテリアがいるとか？ なるほど、その可能性も考えられますね。 カナマイシンさん ＞ノンスペバンドじゃないんですかね？ ＞たとえば27Fは20 塩基のプライマーですが、 「それが全部鋳型とマッチしないと増えない」わけではないです。 3'側の10 塩基弱くらいがマッチすれば増えるときは増えるんじゃないですかね ＞なんにせよ興味が持たれるのであればシーケンスしちゃうのが吉ではないかな、と思います。 ノンスペではないと思います。バンドの位置は1600pb近くでしたので。 おっしゃる通り、シークエンスしようと思います。 atsさん ＞DNAを抽出したFungiは、寒天培地から書き取ったものでしょうか。 そこに、バクテリアがコンタミしていた可能性はありませんか？ また、バクテリア由来のPCR産物の（ラボ空気・ピペットマンなど）のコンタミではありませんか？ Fungiは寒天培地から書き取ったものです。 また、自分のラボではバクテリアも扱っておりますので、コンタミの可能性は十分にあると思います。

コンタミ？ 削除/引用 No.2424-6 - 2008/12/02 (火) 10:49:24 - ats DNAを抽出したFungiは、寒天培地から書き取ったものでしょうか。 そこに、バクテリアがコンタミしていた可能性はありませんか？ また、バクテリア由来のPCR産物の（ラボ空気・ピペットマンなど）のコンタミではありませんか？

(無題) 削除/引用 No.2424-5 - 2008/12/02 (火) 10:34:15 - カナマイシン 言葉足らずなので補足ですが、 たとえば27Fは20 塩基のプライマーですが、 「それが全部鋳型とマッチしないと増えない」わけではないです。 3'側の10 塩基弱くらいがマッチすれば増えるときは増えるんじゃないですかね （cDNA合成にはランダムヘキサマー使いますしね…もっともPCR増幅とは 　状況が大きく異なりますけど）。 パーフェクトマッチの鋳型が存在すれば、そっちが優先的に増えるわけです。 個人的にはいまだにちょっと不思議ではあるんですけど。

(無題) 削除/引用 No.2424-4 - 2008/12/02 (火) 10:26:23 - カナマイシン ノンスペバンドじゃないんですかね？ たとえばゲノムを鋳型にPCRをするときなど、 プライマーにマッチする配列がゲノムに存在するとキレイなシングルバンドが増えるのに、 それが無いとノンスペバンド（しかもこれも往々にキレイだったりする）ががっつり増える、 なんて経験はよくしております。 なんにせよ興味が持たれるのであればシーケンスしちゃうのが吉ではないかな、と思います。

(無題) 削除/引用 No.2424-3 - 2008/12/01 (月) 23:08:05 - ザンギ rRNAかなんかでしょうかね？ 共生バクテリアがいるとか？

27Ｆと1492ＲのprimerでＦｕｎｇｉのＤＮＡは増幅されるのか？ 削除/引用 No.2424-2 - 2008/12/01 (月) 22:13:53 - 佐山あやこ FungiのＤＮＡを抽出し、27Fと1492RでＰＣＲにかけ、 エチブロで染めたところ、見事にバンドを確認することができました。 しかしながら、27Fと1492Rはbacteria universal のはずです。 このような現象は起こりうるのでしょうか？

27Ｆと1492ＲのprimerでＦｕｎｇｉのＤＮＡは増幅されるのか？ 削除/引用 No.2424-1 - 2008/12/01 (月) 21:13:37 - 佐山あやこ FungiのＤＮＡを抽出し、27Fと1492RでＰＣＲにかけ、 エチブロで染めたところ、見事にバンドを確認することができました。 しかしながら、27Fと1492Rはbacteria universal のはずです。 このような現象は起こりうるのでしょうか？

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