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(無題) 削除/引用 No.2393-7 - 2008/11/26 (水) 03:34:46 - おお SiRNA設計なら、SNPsのデーターベースとかも確認した方が いいかもしれません。

(無題) 削除/引用 No.2393-6 - 2008/11/26 (水) 03:15:38 - おお >[Re:5] DSCさんは書きました : > ザンギさんと内容が共通しているかもしれませんが、、 > > exonが7つのデータと8つのデータが存在するのは、splice variant（あるいは転写開始点やポリA付加部位の違いによるvariant）に相当するものではないのですか？　そのようなvariantなのであれば、実際に存在するのだから複数のデータが存在して当たり前ですよね。 得られたcDNAでコーディングリージョンはカバーしているが、 全長をカバーしていないものを参照にすると3'や5'が抜けている かもしれません。 あとはエクソンのプレディクション、mRNAのプレディクション などであれば、プレディクションのソース、方法によって 違ってくる可能性はあるとは思いますが、、

(無題) 削除/引用 No.2393-5 - 2008/11/25 (火) 21:53:28 - DSC ザンギさんと内容が共通しているかもしれませんが、、 exonが7つのデータと8つのデータが存在するのは、splice variant（あるいは転写開始点やポリA付加部位の違いによるvariant）に相当するものではないのですか？　そのようなvariantなのであれば、実際に存在するのだから複数のデータが存在して当たり前ですよね。genomicのデータ上で「exonが7つ」としているデータと「8つ」としているデータが存在するのであれば、一方ではsplice variantの存在が一部無視されたデータ（古いデータ？）であるのかもしれません。真核生物の多くの遺伝子からはsplice variantが生じることがわかっているのですから、せっかく存在する複数の配列データに従って特異的なプライマーあるいはsiRNAを設計すれば、あるvariantを特異的に増幅あるいはノックダウンできるでしょう。逆に、共通部分を標的にすれば、すべてのvariantを一括して増幅/KDできる可能性がありますね。

Unigene 削除/引用 No.2393-4 - 2008/11/25 (火) 18:31:39 - ats Unigeneは？ http://www.ncbi.nlm.nih.gov/unigene

(無題) 削除/引用 No.2393-3 - 2008/11/25 (火) 14:04:53 - genome そうなんですね。 だとするとprimer設計やSiRNA設計などは要注意ですよね〜

(無題) 削除/引用 No.2393-2 - 2008/11/25 (火) 13:26:54 - ザンギ cDNAの配列って、普遍的に一定ではないですよね。 トランスクリプトバリアントがありますし、個体によって多型があります。 DB間で統一しようという努力はあるようですけど、コンセンサスをとるための客観的な根拠は？ DBの配列が正解ということはないのではないでしょうか。

genom sequenceのサイト毎の違い 削除/引用 No.2393-1 - 2008/11/25 (火) 12:03:23 - genome いつも勉強させていただいております。 ある遺伝子のRT PCRのプライマーを設計しようと思いまして、ensemble（http://www.ensembl.org/index.html）でｃDNA sequenceを引きましたところ、こちらはexonが７つでした。ところが、同じ遺伝子をNCBIのCCDS datebaseと比べたところ、後者のほうは、exonがひとつ多く８こでした。 遺伝子配列（ｃDNA配列）は、サイトによりこのようにことなっているものなのでしょうか？　皆さんはどのサイトを使っておられますか？最新の情報を得ようとおもったらNCBIの方が、ensembleよりよいのでしょうか？

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