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リアルタイムPCRについて トピック削除
No.2387-TOPIC - 2008/11/24 (月) 15:19:29 - ぺ
はじめて投稿します。

現在、リアルタイムPCRの実験で悩んでいます。
方法はSYBER Greenを用いた相対定量法でOne-Step(invitrogen:EXPRESS One-Step SYBER GreenER kits)で行っています。

予備的な実験として、適当なRNAを用意して1pg、10pg、100pgの量でリアルタイムPCRを行ったところ、1pgをキャリブレーターとして解析すると相対値が、たとえば、1、0.02、0.009、というような結果となります。同一のRNAを量を変えてアプライしているだけなので、すべて相対値が1付近になると思うのですが、そうはならないものなのでしょうか?

この結果に問題がある場合、考えられる原因はなんでしょうか?
一応、今後、リニアな検量線が描けるか・解離曲線のチェックを行うつもりです。
アドバイス頂けたら幸いです。
 
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(無題) 削除/引用
No.2387-3 - 2008/11/25 (火) 10:09:54 - ぺ
>[Re:2] ザンギさんは書きました :
> 1pgって、えらく少ないですね。
> ポリAでしょうか?

 ザンギさん、アドバイスありがとうございます。

使用しているキットは1pg〜1μgのRNAでリアルタイムができるということなので。あと、サンプル自体が微量であるため10pg〜100pgの間でリアルタイムをかけたいと思っているので、今回、そのようなRNA量でかけました。

> 反応系中のターゲットの分子数が1桁になると、そんな風になります。
 なるほど、そういうことがあるのですね。それならば、キャリブレーターとして1pgをアプライしたサンプルを用いることや、本番で少なすぎるRNA量でリアルタイムをかけることは避けるべきですね。

(無題) 削除/引用
No.2387-2 - 2008/11/25 (火) 00:49:35 - ザンギ
1pgって、えらく少ないですね。
ポリAでしょうか?

反応系中のターゲットの分子数が1桁になると、そんな風になります。

リアルタイムPCRについて 削除/引用
No.2387-1 - 2008/11/24 (月) 15:19:29 - ぺ
はじめて投稿します。

現在、リアルタイムPCRの実験で悩んでいます。
方法はSYBER Greenを用いた相対定量法でOne-Step(invitrogen:EXPRESS One-Step SYBER GreenER kits)で行っています。

予備的な実験として、適当なRNAを用意して1pg、10pg、100pgの量でリアルタイムPCRを行ったところ、1pgをキャリブレーターとして解析すると相対値が、たとえば、1、0.02、0.009、というような結果となります。同一のRNAを量を変えてアプライしているだけなので、すべて相対値が1付近になると思うのですが、そうはならないものなのでしょうか?

この結果に問題がある場合、考えられる原因はなんでしょうか?
一応、今後、リニアな検量線が描けるか・解離曲線のチェックを行うつもりです。
アドバイス頂けたら幸いです。

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