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in situ hybridizationで核にシグナル トピック削除
No.2350-TOPIC - 2008/11/17 (月) 20:44:48 - pou
いつも参考にさせていただいています。

組織切片でin situ hybridizationを行っています。
多くの遺伝子と同様、細胞質にシグナルが出ると予想していましたが、何度やっても核内に顆粒状の強いシグナルがあり、細胞質は染まりません。
CDS領域に設計したDIG標識RNAプローブを用いています。

Western blotの結果からタンパク質に翻訳されていると予想されており、non-coding RNAではないと考えています。
mRNAでも細胞質ではなく、核に局在することはあるのでしょうか?

どなたかご存じでしたら書き込みをお願い致します。
 
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(無題) 削除/引用
No.2350-5 - 2008/11/18 (火) 13:42:38 - あかね
おおさんのおっしゃっている事例はいくつかあります。
以下の論文が一例です。
mRNAが核内にスペックル状に局在し、刺激があると細胞質へ輸送され翻訳されます。
Cell Volume 123, Issue 2, 21 October 2005, Pages 249-263

東大の山本研のMeiRNAもその一例でしょうね。

まずはin situの結果が正しいかどうかの検討が先でしょうけどね。

(無題) 削除/引用
No.2350-4 - 2008/11/18 (火) 12:00:26 - おお
>[Re:3] マウスちゃんさんは書きました :
> CDSであることは確かですか?
> immature な mRNA は核で splicing されるので、splice out されるところをプローブにすると、核小体が染まったりします。

splice outされるイントロン領域にsnoRNAがのっていることがありますね。

コメントから考えると、
コーディングリージョンでも、スプライシングアイソウフォームがあり、
細胞やコンディションによっては、部分的にスプライスアウトされる
事をがあれば、核でシグナルが見られるかもしれませんね。

(無題) 削除/引用
No.2350-3 - 2008/11/18 (火) 07:19:07 - マウスちゃん
CDSであることは確かですか?
immature な mRNA は核で splicing されるので、splice out されるところをプローブにすると、核小体が染まったりします。

(無題) 削除/引用
No.2350-2 - 2008/11/18 (火) 01:30:15 - おお
TNFのpre-mRNAは、タンパクとして発現の必要がない時に、核に存在し
刺激とともにスプライシングされ細胞に移行する事がしさされています。
(そういう論文は一つだけなので、どこまで確証があるか分かりませんが)。

おそらく複数の違う場所のプローブの結果より総合的に判断するのが
いいかとおもいます。細胞質は全く染まらないのでしょうか?

in situ hybridizationで核にシグナル 削除/引用
No.2350-1 - 2008/11/17 (月) 20:44:48 - pou
いつも参考にさせていただいています。

組織切片でin situ hybridizationを行っています。
多くの遺伝子と同様、細胞質にシグナルが出ると予想していましたが、何度やっても核内に顆粒状の強いシグナルがあり、細胞質は染まりません。
CDS領域に設計したDIG標識RNAプローブを用いています。

Western blotの結果からタンパク質に翻訳されていると予想されており、non-coding RNAではないと考えています。
mRNAでも細胞質ではなく、核に局在することはあるのでしょうか?

どなたかご存じでしたら書き込みをお願い致します。

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