Bio Technical フォーラム

  • 書き込みがかなり増えてしまいサーバーの負荷が大きくなったので、新しいBioTechnicalフォーラムに移行してください。
  • 新しいトピックは新フォーラムでのみ立ち上げ可能です。レスは2009年2月15日までつけられますが、その後は、つけられません。

トピック一覧 | 研究留学ネットに戻る

最新のフォーラム | このフォーラム(readのみ) | ひとつ前のフォーラム(readのみ)

このスレッドをはてなブックマークに追加このスレッドをはてなブックマークに追加

環状ゲノムの解離 トピック削除
No.2337-TOPIC - 2008/11/16 (日) 05:50:39 - アマル
細菌由来の環状ゲノムを制限酵素で切ろうと思っています。
そこで疑問なのですが、もしゲノムを95度10分程度の処理で解離させて、再び室温に戻しそこに制限酵素を加えた場合キチンと切れるのでしょうか?
つまり、一度解離したDNAは再びもとの2本鎖に100%戻るのでしょうか?イメージとしては位置がずれたりして、非相補的な部分が生まれそうですが冷却条件にも依存するのでしょうか?
 
- このトピックにメッセージを投稿する -



10件 ( 1 〜 10 )  前 | 次  1/ 1. /1


ありがとうございました 解決済み 削除/引用
No.2337-10 - 2008/11/23 (日) 00:31:13 - アマル

(無題) 削除/引用
No.2337-9 - 2008/11/20 (木) 23:41:49 - アマル
in situで切ろうと思っていたので、確認のすべが無いのです。しかし、乖離させるのが危険だと分かったので回避する方向で進めようと思います。

(無題) 削除/引用
No.2337-8 - 2008/11/18 (火) 12:07:05 - おお
わたしは、100%戻ったという検証するすべがないというか難しいの
ではとおもいます。でもゆっくり冷却したりと言う事でかなり元
に戻るのではと空想しています。

目的にもよりますが、私もトライはしてみても良いかと思いますが、、

(無題) 削除/引用
No.2337-7 - 2008/11/17 (月) 23:24:15 - たれてん
100%は無理でも冷却条件によると思います。たいがいアニールさせない条件には『急冷』が入ります。また、環状DNAですので、ミスマッチがあるよりは、正しく水素結合しているほうが安定だと思います。意外に、制限酵素で切断してバンドが視覚化できるやもしれません。自分なら一度はトライします。

(無題) 削除/引用
No.2337-6 - 2008/11/17 (月) 17:54:11 - アマル
なるほど、95度でインキュベーションしたあとで奇麗に(in silicoでの予想通りに)制限酵素で切るのは難しいということですね。有り難うございました。

(無題) 削除/引用
No.2337-5 - 2008/11/17 (月) 09:24:30 - ~
部分的には戻ると思います。
ただ、100%というのはありえない数字でしょう。

ゆっくり冷却することで、改善するはずですが、
それでもゲノム全体が戻るというのは期待できないでしょう。

何のために100度処理して、何のために制限酵素で切るのかによりますが、
酵素処理か何かで100度処理が必須で、例えば3kb当たりに切り出されてくるものが取れればいいと言うのであれば、
試してみてもいいかもしれません。

ただ、きれいな2本鎖ではないかもしれません。
ミスマッチがあったり、片方のストランドにヘアピン構造が出来たりしているかもしれません。
ライゲーション、トランスフォーメーション後に、どちらのストランドの配列になるかは、やってみないと分からないでしょう。
(ただ、それでも取れてくるのが約3kbの配列というのは変わらないと思いますが)

(無題) 削除/引用
No.2337-4 - 2008/11/16 (日) 23:19:26 - アマル
つまり一度解離してしまったら、もとどうりにするのは難しいということでしょうか?

(無題) 削除/引用
No.2337-3 - 2008/11/16 (日) 21:07:20 - ペシミスト
ゲノムサイズのDNAを熱変性後にアニールするのはまず無理でしょう。

(無題) 削除/引用
No.2337-2 - 2008/11/16 (日) 20:16:56 - art
t

環状ゲノムの解離 削除/引用
No.2337-1 - 2008/11/16 (日) 05:50:39 - アマル
細菌由来の環状ゲノムを制限酵素で切ろうと思っています。
そこで疑問なのですが、もしゲノムを95度10分程度の処理で解離させて、再び室温に戻しそこに制限酵素を加えた場合キチンと切れるのでしょうか?
つまり、一度解離したDNAは再びもとの2本鎖に100%戻るのでしょうか?イメージとしては位置がずれたりして、非相補的な部分が生まれそうですが冷却条件にも依存するのでしょうか?

10件 ( 1 〜 10 )  前 | 次  1/ 1. /1


パスワードを入力してチェックした記事を チェックした記事を