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(無題) 削除/引用 No.2315-6 - 2008/11/13 (木) 19:01:05 - A あなたの知りたい情報は結晶格子（Unit Cell）と非対象単位(Asymmetric Unit)中に何分子入っているかから大まかに推定できます。たとえばPDB code:2DU2のL-Lactate Oxidaseならば191.1x191.1x194.5（単位はオングストローム）の直方体中に374アミノ酸の分子が４分子入ってますね。この結晶格子はたまたまそれぞれの角度が90度なのでわかりやすいのですがそうでない結晶格子であったとしても全ての角度が90度であるとして計算すれば大まかな推定ができると思います。あなたが大きさを知りたいLactate Oxidaseの結晶構造の結晶格子の大きさと非対象単位中の分子数を確認してください。

(無題) 削除/引用 No.2315-5 - 2008/11/13 (木) 18:07:47 - K 「タンパク質の粒子径」とでも言えばいいのでしょうか。 1cm四方のモノにタンパク質を固定化したいと考えていて、 理論上いくつ乗せられるかを知りたかったのです。 皆様のご回答を参考にして考えみます。 またアドバイスがありましたら宜しくお願い致します。

(無題) 削除/引用 No.2315-4 - 2008/11/13 (木) 17:36:31 - AP 蛇足ですが、リンクを開いたついでにデータをFoldIt(light)にかけてみたら 748 residues (81870 dalton) という値はでましたが。

(無題) 削除/引用 No.2315-3 - 2008/11/13 (木) 17:31:09 - AP 大きさとは何を指しているのでしょう？　単純に推定分子量の意味であればアミノ酸配列のdata（NCBIなどから入手できる）を適当なソフトにかけてやれば計算してくれますね。それとも、分子体積などでしょうか。PDBのデータは、立体構造のモデリングをしたりするためのflat data fileみたいですが（テキストデータを目で見てもあまり役には立たない）。そういう目的でパソコンで扱うにはMolMolとかFolditなどのソフトウェアが必要です。

(無題) 削除/引用 No.2315-2 - 2008/11/13 (木) 16:21:08 - おお これは、スケールの表示できるビューアーとかで、立体構造を表示して大きさを見るのがいいような気がしますが、、、 それか、結晶化の仕事がパブリッシュされているなら、それに書かれているか調べてみるか、、、

タンパク質の大きさを調べる 削除/引用 No.2315-1 - 2008/11/13 (木) 13:58:32 - K プロテインデータバンク(PDB)でタンパク質の大きさを調べたく思いました。 しかし、どの項目を見ればよいのかわかりません･･･。 タンパク質はLactate Oxidaseです。 URLは以下の通りです。 http://www.pdbj.org/pdb_nc/pdb2zfa.ent よろしくお願いします。

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