全20件 ( 1 〜 20 )　 前 | 次 　1/ 1. /1

(無題) 削除/引用 No.2294-20 - 2008/12/01 (月) 07:54:06 - おお >[Re:19] APさん 丁寧なコメントありがとうございました。 お礼遅くなりましたが、ころあいをみはからってアゲ ということで

(無題) 削除/引用 No.2294-19 - 2008/11/26 (水) 14:18:56 - AP Trizma base（Tris）とTrizma HCl （Trisの塩酸塩）があります。Na2PiとNaHPiを混ぜていろいろなpHのリン酸バッファーがつくれるように、両者のストック溶液を一定の比率でまぜると任意のpHのTrisバッファーができるという利便性のためのようです。 TAEやTBE, SDS-PAGE gel running bufferなどのレシピはTrisを使いますが、間違えてTrizma HClで作るとpHが低くなります。TAEなんかだと、BPBが黄緑色に変色してしまうほどで、DNAの移動度がおかしくなります（極端に遅くなる）。 こりゃ変だと、NaOHなんかでpHを合わせると、イオン強度が高くなって（中和されて、NaClをぶち込んだのと同じ）、電流が流れすぎて過熱したりフューズが切れたりします。 似たような例で、ホルムアルデヒド変性アガロースゲル電気泳動で使うMOPSバッファーを、free-acidでなくNa塩のMOPSで作ってしまうという失敗もあります。MOPSバッファーはNaOHでpHを合わせて作りますが、MOPS-Naでは既に規定のpHより高くなり、そこで間違いに気がつけばいいですが、HClで合わせてしまうとやはりイオン強度が高くなりすぎておかしなことになります。 同僚のそういう失敗を脇で見ていたおかげで、私自身は罠にはまらずにすんでいます。

(無題) 削除/引用 No.2294-18 - 2008/11/26 (水) 14:17:09 - きと ザンギさま、おおさま なるほどよくわかりました。 泳動バッファーのpHを合わせてしまうとそんなことになるんですね。 お陰様ですっきりいたしました。 どうもありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.2294-17 - 2008/11/26 (水) 13:26:32 - おお >[Re:15] きとさんは書きました : > > TRIZMA baseとトリスの話ではないということでしょうか？？ TRIS-Clの粉末になったやつです。 > > 情けないですが気になって眠れません。 それではごゆっくりとおやすみください。 ん、まだ昼じゃなかったっけ、、、 大陸に上陸したのかな、、、

(無題) 削除/引用 No.2294-16 - 2008/11/26 (水) 12:30:18 - ザンギ TBEもTris-Glycineも本来pH調整は不要ですが、不慣れな人は合わせてしまうんです。 どちらも電気泳動につかう緩衝液なので、不要のイオンがあると大変なことになります。 発熱でゲルが溶けたり、スラブが割れたり、電源ヒューズが飛んだり、結構危険です。 TrizmaはpH調整済みの粉末があるので、それのことではないでしょうか。

(無題) 削除/引用 No.2294-15 - 2008/11/26 (水) 11:32:38 - きと ザンギさま、おおさま あのー、落語の落ちを説明して貰うみたいで非常に恐縮なんですが、 以下を解説して頂けるとありがたいな、と．．． > 余談ですが、TBEのpHを塩酸で調整した人が大変な目に逢ってたのを思い出しました。 私はTBE作るのにpH合わせたことないので分かりませんでした。 あと、どういう大変な結果になったんですか（興味本位）？ > TRIZMAをトリスと間違えてつかって(TRISグリシンバッファー)、 > pHが会わないので、必至でpHをHClかNaOHで > あわせて、さらに実験がうまくいかないっていう > 救い用のない人がいました。 TRIZMA baseとトリスの話ではないということでしょうか？？ 情けないですが気になって眠れません。 よろしくお願いします。

(無題) 削除/引用 No.2294-14 - 2008/11/26 (水) 11:03:45 - おお >[Re:13] EcoRIさんは書きました : > >PBSのレシピをが今までのものか確認しないと > >データーがぶれる可能性もありますね。 > 仰る通りだとおもいます。 > > ですが、リン酸イオンのファイナルの濃度って(例えば、細胞に対して)どれくらい影響するものなのでしょうか？ > 緩衝能が変わるから、ある程度濃い方がいいのでしょうか… > TBSなんかでも、Trisの濃度が25 mM だったり、20 mM だったり、10 mMなんてのも目にしますね。 そうですね、実は書きながら、そのような組成のちがいで 影響が大きい実験ってあるかなぁなんて考えてたんですが あまり思いつかなかったのが本当です。でも一般論として 注意した方がいいにこしたことはないですし、とりあえず 投稿しました。 バッファーの濃度ですが、私は細胞をライシスするときは 高めにしますね。50mMとか、、リソソームとかも壊れて 中身が出てきますし、ひとたびそういうところをへて、 次のステップであれば10mM、場合によっては5mMくらい にしてしまうかもしれません。 あとは前後関係でしょうか、、、前のステップと極端に pHが違うとか。 TBS/PBSという次元でなく 単なるバッファーのチョイスという話になって ますが、、、

(無題) 削除/引用 No.2294-13 - 2008/11/26 (水) 09:34:21 - EcoRI >PBSのレシピをが今までのものか確認しないと >データーがぶれる可能性もありますね。 仰る通りだとおもいます。 ですが、リン酸イオンのファイナルの濃度って(例えば、細胞に対して)どれくらい影響するものなのでしょうか？ 緩衝能が変わるから、ある程度濃い方がいいのでしょうか… mono塩とdi塩からつくると、PO4リッチになりそうです。 (いや、この場合は、Naがリッチになるのか？そうすると、イオン強度が…うーん) TBSなんかでも、Trisの濃度が25 mM だったり、20 mM だったり、10 mMなんてのも目にしますね。

(無題) 削除/引用 No.2294-12 - 2008/11/26 (水) 02:38:41 - おお >[Re:10] ザンギさんは書きました : > リン酸緩衝液の古典的調製法はいろんなpHのを必要な時には便利ですけど、そうでない場合には面倒だったりします。 たしかにそうですね。わたしは一応monoとdiを別々に100mMで持っていますので たいてい対応できます。いずれにせよpHがより厳密でないといけない場合は 両者を混合しながらpHを合わせていかないといけませんので、、 pHを合わせないで良いとまではいいきれませんが、、、 > 余談ですが、TBEのpHを塩酸で調整した人が大変な目に逢ってたのを思い出しました。 TRIZMAをトリスと間違えてつかって(TRISグリシンバッファー)、 pHが会わないので、必至でpHをHClかNaOHで あわせて、さらに実験がうまくいかないっていう 救い用のない人がいました。 バッファーの間違った作り方のとピになってきました、、、

(無題) 削除/引用 No.2294-11 - 2008/11/26 (水) 02:27:58 - おお >[Re:9] EcoRIさんは書きました : > PBSについては、処方がたくさんあると思います。 確かに想像できますね。そうすると、誰かたとえば ほかのラボから来た人とか、ほかのラボに移った時 とか、PBSのレシピをが今までのものか確認しないと データーがぶれる可能性もありますね。 > NaH2PO4とNaClの粉末を溶かして、HClでpHを調整してもPhosphate Bufferです。 新人にはそういうこともおしえますが、PBSに限っては 今まで知っているレシピはmonoとdiの混合で作っていましたので、、 でもモレクロのレシピもmonoとdi両方使ってるんですよね。 monoだけとかdiだけとか、燐酸からpHを合わす ならわかり易いんですけど、、 で燐酸はファイナル12mMになっているようです。

Re: PBSのレシピ。 削除/引用 No.2294-10 - 2008/11/25 (火) 18:17:12 - ザンギ そういう方法が認知されたという意味で新しいですね。 リン酸緩衝液の古典的調製法はいろんなpHのを必要な時には便利ですけど、そうでない場合には面倒だったりします。 余談ですが、TBEのpHを塩酸で調整した人が大変な目に逢ってたのを思い出しました。

(無題) 削除/引用 No.2294-9 - 2008/11/25 (火) 10:36:00 - EcoRI PBSについては、処方がたくさんあると思います。 NaH2PO4とNaClの粉末を溶かして、HClでpHを調整してもPhosphate Bufferです。

(無題) 削除/引用 No.2294-8 - 2008/11/21 (金) 11:46:01 - おお また人気のないとピを立ててしまいました。 えっとそれでは一人相撲ということで、 PBSのレシピ。 モレクロ3rd edではpHを最後にHCl(もしかしたらNaOHだったかも) で合わせると書いています。 わたしは多分、ずっとDPBSの組成でやってきて、pHは燐酸のmonoとdi のバランスでまぜれば合うようになっているものと思ってたのですが、 どうやらそれとレシピが違うのかなというきがします。 モレクロのあらというよりPBSの種類の質問のような気がしますが みなさんの意見をおきかせください。

(無題) 削除/引用 No.2294-7 - 2008/11/15 (土) 10:23:37 - おお >[Re:4] APさんは書きました : > ところで、第3版が出たとき、購入者がアクセスできるMolecular Coningに関するKnowledge baseのようなサイトがあったように記憶しますが、もうなくなってしまったみたいですね。CSH Protocolsという有料購読雑誌に移行してしまったようで。 >[Re:5] Pumpkinさんは書きました : > > メールか手紙で（おそらくメール）で、（購入者にとっての）フリーは止めるよという趣旨が来たと思います。活用していたわけではないのですが、残念だなぁとおもった記憶があります。 > そんなのがあったんですね。ありがとうございます。 >[Re:4] APさんは書きました : > 他のトピをみて思い出しました。 > > ニックの起こりやすさはさておき、ピリミジンダイマー形成は長波長でもかなり起こるので（これは抗チミジンダイマー抗体を使って検証した論文があります。すぐには出てこないけれど）、記述を更新したほうががいいなとずっと思っていました。それを信じて、長波長なら100%大丈夫だと思ってドツボにはまっている残念な同僚をたくさんみてきました。 さすが、説得力があります。わたしは長年UVを使っていて幸か不幸か ほとんどうまくいっていましたので、、、でも最近は改めて、 UVを使わないようにしています。しばらくブランクもあり、 システムも変わってしまっているので前との比較ができない のが残念ですが、、、、

(無題) 削除/引用 No.2294-6 - 2008/11/15 (土) 10:17:37 - おお >[Re:2] 平民さんは書きました : > 面白い企画ですね。 > > 私は気がついたことがないので、まずは言い出しっぺでトピ主さんから挙げていただけないでしょうか。 私が書いて、レスつかなかったらひとり相撲になっちゃうんですよーーー せっかく書いたから"あっ"とか"うっ"とかでもいってくださいよぉ、、、

(無題) 削除/引用 No.2294-5 - 2008/11/14 (金) 10:16:14 - Pumpkin >CSH Protocolsという有料購読雑誌に移行 メールか手紙で（おそらくメール）で、（購入者にとっての）フリーは止めるよという趣旨が来たと思います。活用していたわけではないのですが、残念だなぁとおもった記憶があります。 トピレス違いで済みません。

(無題) 削除/引用 No.2294-4 - 2008/11/13 (木) 19:50:00 - AP 他のトピをみて思い出しました。 DNA断片のゲル抽出についての記述で、短波長のUVはDNAにニックを入れるから長波長にすべきという記述とその根拠となるreferenceが、第一版から変わっていないと思います。今ではニックよりもピリミジンダイマーのほうがRecA-宿主でサブクローニングするときの形質転換効率を低下させるインパクトが大きい（ニックなら大腸菌内で容易に修復される）ということはいろいろなところでいわれていて（試薬関連会社のインストラクションでもしばしば強調されている）、実際そうだと思うのですが、Molecular Coningではスルーされています。 ニックの起こりやすさはさておき、ピリミジンダイマー形成は長波長でもかなり起こるので（これは抗チミジンダイマー抗体を使って検証した論文があります。すぐには出てこないけれど）、記述を更新したほうががいいなとずっと思っていました。それを信じて、長波長なら100%大丈夫だと思ってドツボにはまっている残念な同僚をたくさんみてきました。 ところで、第3版が出たとき、購入者がアクセスできるMolecular Coningに関するKnowledge baseのようなサイトがあったように記憶しますが、もうなくなってしまったみたいですね。CSH Protocolsという有料購読雑誌に移行してしまったようで。

(無題) 削除/引用 No.2294-3 - 2008/11/11 (火) 11:41:13 - おお >[Re:2] 平民さんは書きました : > 面白い企画ですね。 > > 私は気がついたことがないので、まずは言い出しっぺでトピ主さんから挙げていただけないでしょうか。 やっぱりそうですよね、、、 そんなに一杯はないかもしれないのでかいたらそれで終わっちゃうかもとか思ってました。 Vol3、16.15 2xHEPES buffered saline 140mM NaCl 1.5mM Na2HPO4 H2O 50mM HEPES となっています。2xにしては塩化ナトリウムが少ないと思うのですが、、 16.22にHEPES buffered saline 21mM HEPES 0.7mM Na2HPO4 137mM NaCl 5mM KCl 8mM dextrose とあります。プロトコール自身違いますので、若干の組成の違いは いいんですが、、、2xで140mMNaClは変だと思いませんか、、、 引用したオリジナルはどうなってるのかな、、、 時間がある時調べることにします。

(無題) 削除/引用 No.2294-2 - 2008/11/11 (火) 11:11:53 - 平民 面白い企画ですね。 私は気がついたことがないので、まずは言い出しっぺでトピ主さんから挙げていただけないでしょうか。

Molecular cloning 3rdのあらをさがそう。 削除/引用 No.2294-1 - 2008/11/11 (火) 06:02:44 - おお Molecular cloning 3rd ed. を見ていて、あるいは見た人の話をきいてあれ?っと思うことがあります。 みなさんは何かお気づきになりませんでしたでしょうか。 このとぴはあらデーターベースということで、、、 そのほかのよく使用されるプロトコール集でもいいです。

全20件 ( 1 〜 20 )　 前 | 次 　1/ 1. /1

パスワードを入力してチェックした記事を

チェックした記事を

---