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限外ろ過について トピック削除
No.2292-TOPIC - 2008/11/11 (火) 01:22:23 - 優
タンパク質を分画するのにを限外ろ過を行いSDS-PAGEで確認したところ、分子量1万のフィルターを通したにも関わらず、SDS-PAGEで分子量約4万のところにバンドが見えてしまいました。
ろ過前の粗タンパクにも同じバンドがあるのでコンタミではないと思われるのですが、どのような原因が考えられるのか、またその解決法についてアドバイスをお願いいたします。
なお、限外ろ過に用いたのはVIVASPIN(sartorius)です。
 
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誤認していました 解決済み 削除/引用
No.2292-4 - 2008/11/11 (火) 18:54:09 - 優
通りすがりさん、~さん、返信ありがとうございます。
お二人のご質問やご指摘について調べているうち、自分がそもそも誤認していたことがわかりました。

とりあえず実験の経緯を説明します。
実験の目的は、抽出したタンパク質を大まかに2つの画分に分離することでした。
分画分子量1万のフィルターを通過した画分をSDS-PAGEで確認したところ、今回のような事態になったわけです。
記載ミスでしたが、SDS-PAGEでの確認では4万Da以下のすべてのバンドが見えていました。
自分は分画分子量1万のフィルターを通したpass画分は1万Da以下のものであると思いこんでいたのですが、通りすがりさんのおっしゃる「分画分子量の原理」について調べていると、「フィルターの分画分子量はあくまで目安であり、サンプルによって分画される限界サイズは異なる」ということを知り、自分が誤認していたことがわかりました。
そもそもの意味を正確に理解しておらず、恥ずかしい限りです。

通りすがりさんと~さんには貴重な時間をとらせてしまって申し訳ありませんでした。
しかし、お二人のご指摘がなければ、気づくことはなかったかもしれません。
ありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.2292-3 - 2008/11/11 (火) 15:47:45 - ~
pass画分ですよね。
4.pass画分と分画前の4万kDaの量比
5.4万kDaのタンパク質の許容混入量

解決法としては、ゲルろ過が正攻法だと思いますけど。

うーん 削除/引用
No.2292-2 - 2008/11/11 (火) 15:35:14 - 通りすがり
もう少しきちんと質問をしてもらえると、答えやすいと思いますよ。

1.まず、SDS-PAGEで確認したのはpass画分ですか、それとも濃縮画分ですか。

2.実験の目的は何ですか?精製だとすると、限外ろ過という手法自体、あまりお勧めしませんが。

3.VIVASPIN(sartorius)とのことなので、遠心限外ろ過法と思いますが、この限外ろ過膜の「分子量1万」の原理を調べたことはありますか?

限外ろ過について 削除/引用
No.2292-1 - 2008/11/11 (火) 01:22:23 - 優
タンパク質を分画するのにを限外ろ過を行いSDS-PAGEで確認したところ、分子量1万のフィルターを通したにも関わらず、SDS-PAGEで分子量約4万のところにバンドが見えてしまいました。
ろ過前の粗タンパクにも同じバンドがあるのでコンタミではないと思われるのですが、どのような原因が考えられるのか、またその解決法についてアドバイスをお願いいたします。
なお、限外ろ過に用いたのはVIVASPIN(sartorius)です。

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