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(無題) 削除/引用 No.227-3 - 2007/09/25 (火) 12:19:11 - ダイマー atsさん 丁寧な回答、ありがとうございました。 僕が調べたときは、「プラスミドDNAを保持している菌体が培養中に弱まっているときに、プラスミドダイマーを形成しやすい」という情報しか得られなかったので、助かります。 参考URLもありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.227-2 - 2007/09/24 (月) 10:45:47 - ats plasmid dimerの電気泳動像は以下の様です。 http://www.cofc.edu/~delliss/virtuallabbook/PreLabReadings/Ex6.html あまり参考にはなりませんが、こんな論文もありました。 http://mic.sgmjournals.org/cgi/content/full/147/11/3071 Q1.一体なぜダイマーを形成するのか？ すくなくとも通常のクローニングベクターに関しては、おそらく理由はないと思います。 「できちゃった」感じ？ Q2.どのようにして形成されるのか？ DNA濃度が高いligationの時に生じること（人為的）もありますが、培養過程でplasmid分子間のhomologous recombinationで自然に生じるようです。 コピー数が多いpUC系plasmidで培養時間が長いときや生育条件が悪いとき（穿刺培養）のときに起きやすい気がします。昔によく使っていたHB101株やJM105株でよく見たような？？ 最近XL1BlueやDH10B、TOP10を頻用していますがdimerは見かけませんね。 菌株も良くなっているからかな。 実用上、DNA断片の調製用なら問題ありません。制限酵素処理では、monomer由来とdimer由来を区別するのは難しいです。というか実質同じなります。 発現ベクターならmonomerのみとすべきです。 気になるのでしたら、培養時間を15-20時間ほどにしたり、手間ですが菌株（遺伝子型）を変えるとdimer形成を抑えることができます。培養温度を30度に下げても有効かもしれません。

プラスミドダイマー 削除/引用 No.227-1 - 2007/09/21 (金) 13:26:59 - ダイマー 皆さんのお知恵を拝借したいと思います。 プラスミドDNAを回収し、電気泳動に供したところ、 参考資料に良く書かれているように、 スーパーコイル型・オープンサーキュラー型・リニアー型の３本のバンドが検出されました。 さらに、大腸菌ゲノムと思われるバンドが高い位置に１本と、 あとプラスミド由来３本のバンドより高く、大腸菌ゲノムと思われるバンドより低い位置に１本のバンドが検出されました。 インターネットによる情報が主なのですが、 そのわからない１本のバンドは『プラスミドダイマー』ではないかと考えられました。 正直、何回かプラスミドDNAの電気泳動は行なっていますが、『プラスミドダイマー』という言葉を聞いたことがなく、 一体なぜダイマーを形成するのか、 どのようにして形成されるのか、 このことを調べたのですが、有力な情報が得られませんでした･･･ 『プラスミドダイマー』に関して、なにか知っていることがあれば、是非教えてください。 よろしくお願いします。

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