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(無題) 削除/引用 No.2263-8 - 2008/11/10 (月) 10:09:00 - T-2 fish様、ara様、UC様、AP様ありがとうございました。 このようなサイトがあったとは知りませんでした。 今後利用させていただきます。

(無題) 削除/引用 No.2263-7 - 2008/11/07 (金) 20:11:38 - AP 一昔前には、いろいろなweb siteがあったのですが、私のブックマークは軒ry並みリンク切れです。TRANFACがdata talbeとsearchをパブリックで提供していたはずですが、今は母体が商用に移行してしまったようです。 TRANFACでGoogleサーチしてみてください。私はチェックしきれませんでしたが、パブリック、あるいはアカデミックのサイトがあるやもしれません。お金があるなら買ってしまえば確実でしょうけれど。 >コンセンサス配列が一覧になっているサイトなどはありますでしょうか？ コンセンサス配列では表現しにくいというかラフすぎるので、重み付けしたマトリックスで表現する方向に行っているせいか、一覧をスプレッドシートのような形で配布するというのはないかもしれません。かといってマトリックスを含むflat dataを手に入れても、なにか閲覧ソフトがないと活用しにくいでしょう。 で、結局、知りたい因子の名前を逐一入れて検索するのが一番で、それなら使えそうなのが、 http://www.cbil.upenn.edu/cgi-bin/tess/tess?RQ=WELCOME Query DatabasesのFactorsとかMatricesで検索してみると良さそうです。 例としてMatricesでFactor名 Sp1で検索した結果 http://www.cbil.upenn.edu/cgi-bin/tess/tess?request=MTX-DBRTRV-Accno&key=M00008

Re: 削除/引用 No.2263-6 - 2008/11/07 (金) 20:02:36 - UC 以前、よく利用していたサイトです。 http://www.cbil.upenn.edu/cgi-bin/tess/tess?RQ=FCT-FRMREQ-Search 試しに、プルダウンメニューでNameを指定して、p53でサーチしたら、コンセンサス配列の情報も載ってました。

(無題) 削除/引用 No.2263-5 - 2008/11/07 (金) 18:26:30 - ara TFSEARCHなどが使用しているデータベースで、 TFMATRIXがあります。 http://www.genome.jp/dbget-bin/show_tfmatrix どれくらい更新されているか私は分からないので、 コンセンサスの配列といいきれるかは難しいですが・・・

すいません。 削除/引用 No.2263-4 - 2008/11/07 (金) 17:58:48 - fish きちんと理解しておりませんでした。 以前、その様なサイトを探した時に、word fileがあって それを落として見てました。 ちょっとどこのサイトだったか覚えておりません。

(無題) 削除/引用 No.2263-3 - 2008/11/07 (金) 14:04:00 - T-2 fish様 ご返答ありがとうございます。 私もMOTIF searchは利用していましたが、 配列から作用する転写因子を抽出するのではなく、 ある転写因子を入力するとそのコンセンサス配列がわかるとか コンセンサス配列が一覧になっているサイトなどはありますでしょうか？

これつかってます。 削除/引用 No.2263-2 - 2008/11/07 (金) 13:36:50 - fish http://motif.genome.jp/ 参考まで。

転写因子のコンセンサス配列 削除/引用 No.2263-1 - 2008/11/07 (金) 10:45:02 - T-2 転写因子について研究しています。 様々な転写因子を扱っているのですが、 それぞれの転写因子のコンセンサス配列のデータベースというのを ご存知ありませんでしょうか？

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