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in situ hybridizationシグナル定量法について トピック削除
No.2242-TOPIC - 2008/11/05 (水) 12:59:55 - ISH初心者
現在in situ hybridizationによりマウス脳内でのmRNA検出を行っています。
発色はALP標識の抗DIG抗体とBCIP-NBTによる常法です。
脳内でのmRNA発現量が薬物などにより変化するのかを、検討したいと思っています。
そこで、in situ hybridizationで検出されたシグナルの定量法を知っている方がいましたら、是非教えてください。
良い画像解析ソフトや参考文献などがありましたら是非教えてください。
 
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ありがとうございます 削除/引用
No.2242-4 - 2008/11/06 (木) 19:02:05 - ISH初心者
A様、AP様
ご指導していただき、どうもありがとうございました。
また何かありましたら宜しくお願いいたします。

(無題) 削除/引用
No.2242-3 - 2008/11/06 (木) 18:37:49 - AP
全か無かの比較、あるいは発現部位が変わるなど定性的な分析はともかく、ISHではシグナル強度に関係するパラメータが多すぎて、定量的な比較は難しいです。

たとえば固定条件やProK処理のちょっとした違いでも、シグナル強度は大きく違い、side-by-sideの標本でもぜんぜん違うということも少なくないです。Northernと違って、normalizeするための内部コントロールをとる方法も確立されていないです。特に、APなど酵素で検出する場合は、リニアリティに乏しいし、反応条件でいくらでもシグナル強度が変わるし、、、
苦労してやったところで読者にとってはあまり信用されないというか、参考データくらいにしかならないのではないでしょうか。RIプローブを使ってImaging plateでも使えば少しはましかもしれませんが。

ISHはISHで定性的な分析にとどめ、定量分析は別の方法を考えたほうがいいと思います。

(無題) 削除/引用
No.2242-2 - 2008/11/06 (木) 17:57:24 - A
以前ISHをした際に組織学の研究室に出入りさせてもらいました。その時もこんな話になったのですがその研究室の長年組織で食べている先生に言わせると「もしISHで定量をおこなった実験データがあったとしても信用しない。」とおっしゃっていました。同じ研究室の当時で言うところの助手の先生は定量しようとしていましたがその時はRI-ISHでX線フィルムに焼いてそのデンシティーで定量していました。それでも教授は「それは信じない。」といっていました。その助手の先生曰く「DIGでは定量できない」でした。総発現量にはなりませんがDIGのデータならば目的タンパク質を発現している細胞数を数えてコントロールと比較すればある程度の定量化ができるのではないかという意見を聞いたことはあります。

in situ hybridizationシグナル定量法について 削除/引用
No.2242-1 - 2008/11/05 (水) 12:59:55 - ISH初心者
現在in situ hybridizationによりマウス脳内でのmRNA検出を行っています。
発色はALP標識の抗DIG抗体とBCIP-NBTによる常法です。
脳内でのmRNA発現量が薬物などにより変化するのかを、検討したいと思っています。
そこで、in situ hybridizationで検出されたシグナルの定量法を知っている方がいましたら、是非教えてください。
良い画像解析ソフトや参考文献などがありましたら是非教えてください。

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