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(無題) 削除/引用 No.2237-6 - 2008/11/06 (木) 12:00:05 - たれてん レスポンス下さった皆様、貴重な時間を割いていただきありがとうございます。 実験屋的に見積もって実験を進める事にします。

(無題) 削除/引用 No.2237-5 - 2008/11/06 (木) 10:29:22 - カナマイシン 情報屋なら… ・ゲノム配列を読み込ませる ・EcoRIの配列が来たらそこまでの文字数（ヌクレオチド数）をカウントして記録し改行。 ・カウントの値が5,000-6,000の行のがいくつあるか表示 というのをでやるんだと思います。 ほんとに情報屋ならPerlあたりでちょちょいなはずです （昔習ったんだけどぜんぜん覚えてません（涙））。 実験屋なら… みなさまのおっしゃるとおり、泳動してデンシト比較ですかね。 もう少し真剣にやるなら、 ・濃度既知マウスゲノムをEcoRI完全切断後、泳動し、5-6 kbの断片をゲル抽出。 ・同じくらいの長さのてきとうな濃度既知プラスミドもワンカットして泳動し、ゲル抽出。 ・簡易検量線が引けるよう両者のアプライ量を適切に振って再泳動。 ・デンシト比較 くらいかなと思います。

(無題) 削除/引用 No.2237-4 - 2008/11/06 (木) 10:07:59 - AP 情報屋でなく実験屋が考えるなら、あか抜けた方法ではないですが、 tatal のDNA量、ゲノムのサイズ、着目する範囲のDNA量（EtBr染色の比色などで測定）がわかれば、推定できるのでは。 >５〜６kbの断片がいくつあるか？ これが単純に、種類関係なくDNA断片の数であれば、質量換算した着目する範囲のDNA量を平均分子量で割ってモル数を出して、アボガドロ数をかけてやればいいですね。 何種類からなるかということなら、ゲノムDNAのコピー数は、（tatalのDNA質量）/ (総ゲノムDNAの分子量）x (アボガドロ数）で出ますから、着目する範囲のDNAの断片数をゲノムのコピー数で割れば出ると思います。

(無題) 削除/引用 No.2237-3 - 2008/11/06 (木) 09:54:27 - おお 理論的には検討がつくはずですね。でも、、、、、、 非常にラフな検討をつけるなら、完全しょうか後、電気えいどうして5ー6kbp の蛍光強度からそこに何マイクログラムあるか 測定してみると分かるとおもいます。

(無題) 削除/引用 No.2237-2 - 2008/11/06 (木) 09:40:58 - EcoRI ゲノムなんか消化したら、バンドがたくさんでてしまって、 訳の分からないことになりそうですが… 消化して、パルスフィールド電気泳動などをすればいいのでしょうか？

マウスゲノムを特定の制限酵素で切断した際の断片の数を知りたい 削除/引用 No.2237-1 - 2008/11/04 (火) 22:03:16 - たれてん マウスゲノムを特定の制限酵素、例えば、EcoRIで切断した時に、５〜６kbの断片がいくつあるか？なんて事を知りたいのです。どうしたらよいのでしょうか？情報屋さんならちょちょいなのでしょうが、私には荷が重いようです。どなたかご存知でしたらご教示下さい。

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