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(無題) 削除/引用 No.2233-6 - 2008/11/06 (木) 13:22:22 - おお >[Re:4] けろんさんは書きました : > > 例えば「○○細胞では、細胞内に1万種類のmRNAがあって、そのうち3割は10種類くらいのアバンダントな遺伝子のmRNAで占められていて、5割は数100種類くらいの中程度、残りを1万種類くらいの希少な遺伝子で占められている」という感じです。 いまだとやはりSAGEのホールのデーターから見ていくのがいいのかなと思いますね。 あとアレーのデーターも参考になるでしょうけど 言うのと理屈は簡単ですが、、、、、 SAGEでレビューとか探せば見つかるかもという気もしますね。

(無題) 削除/引用 No.2233-5 - 2008/11/06 (木) 12:34:21 - AP ちょっと情報が古いですが、cDNA libraryを作製したりスクリーニングしたりするのに必要なクローン数をestimateするのに関連して、そういう調査をした報告があるのを思い出しました。その関連では、今でも引用されて、新しい文献が加わっている様子もないので、唯一の報告なのかも。 ヒトfibroblastの調査で ・約12000種の転写領域に由来するmRNA（回りくどい言い方ですが、splice variantは区別しない勘定なので）が存在する。 ・14 copies/cell以下のrare mRNAが全mRNAの約30%をしめ、その中に約11000種が含まれる。 つまり、 ・12000種の転写領域のうち、mRNAコピー数が多いのは1000種しかなく、それらのmRNAで全mRNA量の70%が占められている。 ・のこり30%のmRNAは、11000種もの低コピーmRNAで割拠されている。 なので、rare RNAのcDNAを取ろうと思ったら、それが1 copy/cellだとして最低でも、11000/30% = 37000 クローンは必要である、ということなんです。 原典はJ. G. williams (1981)ですが、Journalではなく書籍なので手に入りにくく私も読んだことはありません。Molecular CloningのcDNA cloningの項やcDNA library作製キットの説明書などに転載されています。

すみません、質問が悪かったみたいです。 削除/引用 No.2233-4 - 2008/11/05 (水) 22:10:01 - けろん すみません、質問が悪かったみたいです。 あたりまえですが、遺伝子によって発現量に差がありますよね？ ある遺伝子のmRNAはたくさんあって、ある遺伝子のmRNAはちょっとしかなくて、というように。。。 私が知りたいのは、たくさん発現しているアバンダントな遺伝子のmRNAとちょっとしか発現しないレアな遺伝子のmRNAは何倍くらい差があるのか？ということです。 例えば「○○細胞では、細胞内に1万種類のmRNAがあって、そのうち3割は10種類くらいのアバンダントな遺伝子のmRNAで占められていて、5割は数100種類くらいの中程度、残りを1万種類くらいの希少な遺伝子で占められている」という感じです。 NCBIなんかにあるESTやSAGEのデータを解析するとだいたいわかるのですが、ちゃんと調べている仕事をご存知でしたら教えてください。

(無題) 削除/引用 No.2233-3 - 2008/11/05 (水) 17:32:43 - おお >[Re:1] けろんさんは書きました : > 細胞内の転写産物（mRNA）のコピー数にはどの程度の差があるのか？ > という事について論じている論文等ないでしょうか？ 総mRNA数ですか、それとも特定遺伝子でしょうか、、、、 最近では細胞あたり何コピーあるので発現量は多いとかいう 話もチラホラ聞くのでやっとそういうレベルで議論される ようになったのかという感がありますが、、、、

(無題) 削除/引用 No.2233-2 - 2008/11/04 (火) 21:05:35 - ami えぇぇ･･･ えぇぇぇ･･･

細胞内の転写産物のコピー数について 削除/引用 No.2233-1 - 2008/11/04 (火) 17:07:17 - けろん 細胞内の転写産物（mRNA）のコピー数にはどの程度の差があるのか？ という事について論じている論文等ないでしょうか？

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