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RNAの純度 トピック削除
No.2227-TOPIC - 2008/11/03 (月) 16:04:09 - RNA
いつも拝見し、参考にさせていただいてます。

今回はタイトルの通りRNAの純度についてのご相談ですが、
RNAを抽出し濃度を測定した際に、どのような基準で良し悪し(PCRやマイクロアレイに使用できるかなど)を判断していますか?
現在TRIzolにてRNA抽出を行なっていますが、濃度測定の際に260/280は問題ない値(1.7-2.0)なのですが、260/230が若干低い値を示します。
いままでは特に気にしていなかったのですが、研究室が変わり、思うような結果が出なくなり、今までと比べて怪しい点は260/230の値くらいなので。
260/230が低い(もしくは高い)場合には、具体的にどのような影響が認められるのでしょうか?
実際にRNAからcDNAを作り、PCRをする場合には、さほど問題ないような気がするのですが???
それとも、この値が怪しい場合にはサンプルは廃棄したほうがいいのでしょうか?
初歩的な質問で申し訳ありませんが宜しくお願いします。
 
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カラムに 削除/引用
No.2227-3 - 2008/11/04 (火) 14:55:31 - ema
捨てる必要は有りません。
RT用はそれくらいの純度で大丈夫です。アレイにかけるならカラムに通してください。
cDNA等に変換したり標識したりするときに酵素を使用していますが、不純物が効率に変動をあたえますので一定になりません。
LPSとかが混ざってたり組織で色素だの色々コンタミしてそうなものはそれぞれ除去方法がありますのでそれに沿ってみてください。
(以前のトピであったはず)

(無題) 削除/引用
No.2227-2 - 2008/11/03 (月) 16:31:51 - おお
数値はともかくアジレントのアレーでは、トリゾールグレイドのRNAは推奨されていません。ラベルの効率などが悪かったりサンプル間でさがつくのだろうと思います。

RNAの純度 削除/引用
No.2227-1 - 2008/11/03 (月) 16:04:09 - RNA
いつも拝見し、参考にさせていただいてます。

今回はタイトルの通りRNAの純度についてのご相談ですが、
RNAを抽出し濃度を測定した際に、どのような基準で良し悪し(PCRやマイクロアレイに使用できるかなど)を判断していますか?
現在TRIzolにてRNA抽出を行なっていますが、濃度測定の際に260/280は問題ない値(1.7-2.0)なのですが、260/230が若干低い値を示します。
いままでは特に気にしていなかったのですが、研究室が変わり、思うような結果が出なくなり、今までと比べて怪しい点は260/230の値くらいなので。
260/230が低い(もしくは高い)場合には、具体的にどのような影響が認められるのでしょうか?
実際にRNAからcDNAを作り、PCRをする場合には、さほど問題ないような気がするのですが???
それとも、この値が怪しい場合にはサンプルは廃棄したほうがいいのでしょうか?
初歩的な質問で申し訳ありませんが宜しくお願いします。

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