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(無題) 削除/引用 No.2209-7 - 2008/11/05 (水) 20:22:46 - in situ 試しにやってみたCORREL関数の結果はどのくらいになったのでしょうか？ 前後の変化量まで考慮に入れるとなると、回帰分析とかになりますが、タンパク質の経時変化とかだと当然直線などの簡単な関数で回帰できるはずも無く、大変面倒な処理が必要になると予想されます。 Sasagawa, S. et al, Nature Cell Biology, 7, 365-73, 2005 上記の論文のようにシミュレーションを用いて、予想されるモデルの正当性を示したという論文もなくはないですが… CORRELの値があまり高くないなら、変に統計で頑張らず、『二つの測定系間で差が出る要因』を追求したほうが賢明な気がします。

やっぱり難しそうですが… 削除/引用 No.2209-6 - 2008/11/05 (水) 19:55:08 - mom-a どちらの方法で定量しても統計初心者さんの説に矛盾しない結果が得られていれば、それで十分なような気がするのですが…。 ＞前後の量の変動（例えば、A分析では2時間から5時間の間にはゆるやかな減少が見られたが、B分析ではその時間は変化が見られなかった）のようなものはこの検定で行っているのか？と疑問が生じました。 実際にこういう結果になっているかどうか、グラフからわかりませんか？理想どおりにAもBも同じタンパクを正確に定量できているなら、こうはならないはずですよね？もしこうなっているなら、検定するより、その原因（Bでは微妙な差が検出できない、Aに使った抗体が認識している部位が分解されてしまうので減少してみえる、etc....）を考えた上でどう判断するか、ということが問題なのではないでしょうか。 ところで、2つの分析法で同じタンパクが検出できているなら、経時変化に違いはないはず⇒ということでとにかく相関を確認したい、として… ＞＞最初からウエスタン用、蛍光染色用、と分けてあったのか（データが1対1対応しない）。 ＞このような感じで分析を行いました。 具体的にどのように実験してどういうデータ処理をして相関を求めたのですか？ 例えば、6時点で測定したとして、最初に12wellに細胞をまいて、1時間おきに1well使ってウエスタン、もう1well使って蛍光染色したのですか？ それとも、全部で18wellにして、triplicateにしたのですか？その場合、平均値をその時点のデータということにして6点で相関係数を求めたということですか？ データは吸光度や蛍光強度ですか？タンパク量に換算した値ですか？初期値に対する％に換算した値ですか？ 散布図を描いたときに、点はどのようにちらばっていますか？相関係数は外れ値の影響を受けやすいので、注意が必要です。 …などといった情報がないと、統計的手法については意見が出にくいのではないかと思います。

アドバイスありがとうございます 削除/引用 No.2209-5 - 2008/11/01 (土) 00:15:13 - 統計初心者 皆さんありがとうございます。 in situ 様に至ってはわかりやすいサイトを紹介していただき、本当にありがとうございます。 説明不足で皆様を混乱させてしまった事をお詫びします。 説明を補足致します。 mom-a 様 ＞なんのために知りたいのか文面ではよくわからないのですが… これは、”AB2つの方法で測定して同じ結果だったから「より正確」だとしたいのか”を調べることを目的としています。 ＞ご質問は、両者の一致の度合いを（例えば相関係数のように）数値化したい、ということでしょうか？ はい、その通りです。 ＞最初からウエスタン用、蛍光染色用、と分けてあったのか（データが1対1対応しない）。 このような感じで分析を行いました。 ＞ウエスタン、蛍光それぞれの測定法で、この実験で得られたデータの範囲であればきちんと定量できているのか。 外れ値はいくつかありますが、定量には問題ないと思います。 UC様　in situ 様 きちんとお知らせすべきでした。 私も当初はexcelにある"correl"を用いて相関係数を 出しました。確かに同じ時間で比較させているので 時間軸も考慮に入っているのではないか・・と考えていました。しかし、前後の量の変動（例えば、A分析では2時間から5時間の間にはゆるやかな減少が見られたが、B分析ではその時間は変化が見られなかった）のようなものはこの検定で行っているのか？と疑問が生じました。 現在改めて統計手法を検討中です。

(無題) 削除/引用 No.2209-4 - 2008/10/30 (木) 17:12:45 - in situ mom-aさんがおっしゃっているように、同一のwellから両方のデータを取り、対応を付けて相関分析するのが一般的だと思います。 とりあえず、今ざっと見たところだと http://www.ipc.shimane-u.ac.jp/food/kobayasi/kougi12_2005.htm あたりが分かりやすいと思います。 EXCELでできますので簡単です。 ただ、その先どうするかが問題で、同一のタンパク質を見ているので相関検定すれば、『相関はある』という結果になるでしょう。 でも、たとえば相関係数が0.6とかだったりすると、『相関はあるけど、比例関係にあるとは言いがたい』というような解釈になるわけで、そういう場合、次の実験にどういう使い方をするのでしょう。 自分も用い方がいまいち想像できません。

Re: 削除/引用 No.2209-3 - 2008/10/30 (木) 17:00:05 - UC こんにちは。 >これら2つの値がどれほど同じような傾向を示すのかを知るために 普通に思いつくのは、PearsonとかSpearmanの相関係数を見てみるというのですが、一応、同じ時間で比較させれば、時間軸も考慮したものになりそうですが、こういうことではなく？

難しそうですね… 削除/引用 No.2209-2 - 2008/10/30 (木) 16:46:37 - mom-a 統計学の専門家にとっては、実験の内容も何がしたいのかもわからないので難しく、生物系の人にとっては単なる検定とか回帰分析では済まなさそうだけどそんなに数学に詳しくないから難しい…。同じようなことをやっている論文でも見つかると良いですが。 >これら2つの値がどれほど同じような傾向を示すのかを知るために、 データを標準化してそれらの相関を時間軸を加味して調べるにはどのような統計方法がよいでしょうか。 なんのために知りたいのか文面ではよくわからないのですが…例えば、AB2つの方法で測定して同じ結果だったから「より正確」だとしたいのか、AとBが同じ結果を示すことを証明して測定方法をAからBに切り替えたいとか、Aで測定しているものとBで測定しているものが同じことが示せれば他の実験データの解釈に有用だとか…？ とりあえず「同じような傾向」程度でしたら、縦軸にタンパク量、横軸に時間でグラフを書いてパターンを比べてみれば良いと思います。ご質問は、両者の一致の度合いを（例えば相関係数のように）数値化したい、ということでしょうか？ そうだとすると、サンプルの取り方などもう少し詳しい情報が必要ではないでしょうか。とはいえ、その情報があったからといって私が正解を示せるわけではないんです。すみません。 まず、どうやってサンプリングしたか。例えば、1つのwellから集めた細胞をウエスタンと蛍光染色に分けたのか（データが1対1対応する）、最初からウエスタン用、蛍光染色用、と分けてあったのか（データが1対1対応しない）。 また、ウエスタン、蛍光それぞれの測定法で、この実験で得られたデータの範囲であればきちんと定量できているのか。 この辺がわからないと、考えようがないのでは…。

時間軸を考慮した2つの解析方法においての相関を調べる方法 削除/引用 No.2209-1 - 2008/10/30 (木) 15:50:25 - 統計初心者 いつも参考にさせてもらっています。 気になることがあるので質問させてください。 タンパク質の発現量を１時間ごとに測定しています。 具体的には、western-blottingと、目的のタンパク質を蛍光でラベル化して その強度を測定するという2種類の方法から調べています。 そこでお聞きしたのですが、 これら2つの値がどれほど同じような傾向を示すのかを知るために、 データを標準化してそれらの相関を時間軸を加味して調べるにはどのような統計方法がよいでしょうか。 誰かご存知の方がいらっしゃたらよろしくお願いします。

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