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(無題) 削除/引用 No.2206-5 - 2008/10/30 (木) 18:32:16 - ハウスキーピング 皆様、数多くの参考文献ありがとうございます。 思っていた以上に、多くの例が報告されているのですね。ハウスキーピング遺伝子であっても、時と場合によって発現変動するというのが良くわかりました。 本当にありがとうございました。

Re: 削除/引用 No.2206-4 - 2008/10/30 (木) 18:23:34 - UC こんにちは。 >他のハウスキーピング遺伝子で発現量が変化しているといった例が載っている論文ご存じないでしょうか？ ラットでの例みたいですが、ハウスキーピング遺伝子として、おおさんの挙げられた文献にも載ってるRPL4(リボソームプロテインの一種)がapoptosisに先立って発現量が増加するというのがあります。よく使われるribosomal protein familyなので、まま興味あるところです。 Increased expression of rat ribosomal protein L4 mRNA in 5-azacytidine-treated PC12 cells prior to apoptosis. Kajikawa S. et al. Biochem Biophys Res Commun. 1998;252(1):220-4.[PMID: 9813173] Reference geneはいくつか手元にありますが、上述の「Evidence Based Selection of Housekeeping Genes」を参考に、RPL4やRPL27を所持してますし、ACTBやGAPDH、B2Mもあります。個人的な感想で言えば、結局のところ、自分の実験系でぶれない遺伝子が理想ですが、少なくとも自分のところでは、古典的なACTBやGAPDHでも十分にワークします（ヒトの場合）。RPL27は、上位にランキングされているだけあって、非常に安定している印象です。

(無題) 削除/引用 No.2206-3 - 2008/10/30 (木) 14:08:48 - 通りすがり >どなたか、publishされている論文をご存じないでしょうか？ たぶんこれのことでしょう。 Graven, KK; Troxler, RF; Kornfeld, H; Panchenko, MV; Farber, HW. Regulation of endothelial cell glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase expression by hypoxia. J Biol Chem. 1994;269:24446–53.

(無題) 削除/引用 No.2206-2 - 2008/10/30 (木) 03:59:33 - おお Control Genes and Variability: Absence of Ubiquitous Reference Transcripts in Diverse Mammalian Expression Studies Peter D. Lee,1 Robert Sladek,1 Celia M.T. Greenwood,1 and Thomas J. Hudson1,2,3 Genome Res. 2002 12: 292-297 Accurate normalization of real-time quantitative RT-PCR data by geometric averaging of multiple internal control genes Genome Biology 2002, 3(7):research0034.1–0034.11 Evidence Based Selection of Housekeeping Genes Hendrik J. M. de Jonge1., Rudolf S. N. Fehrmann2,3,4., Eveline S. J. M. de Bont1, Robert M. W. Hofstra2, Frans Gerbens2, Willem A. Kamps1, Elisabeth G. E. de Vries4, Ate G. J. van der Zee3, Gerard J. te Meerman2, Arja ter Elst1* PLoS ONE 2(9): e898. doi:10.1371/journal.pone.0000898 ここで教えてもらった文献です。直接的な回答ではありませんが、、、 確かこの中の一つは、いろいろなサンプルから発現が安定している遺伝子をランクづけすると、今まで一般的に使われている遺伝子はかなり下位にランクづけされ、新規に安定な遺伝子をインターナルコントロールとして提案しています。

ハウスキーピング遺伝子の発現量の変化 削除/引用 No.2206-1 - 2008/10/30 (木) 01:12:22 - ハウスキーピング いつも拝見しています。 現在、ハウスキーピング遺伝子の発現量について興味を持っています。 以前のトピック（http://www.kenkyuu.net/cgi-biotech2/biotechforum.cgi?start=1;mode=view;Code=1231）で、アクチンやGAPDHでも細胞の状態によって発現量が変化するという書き込みを見ました。その中で、 ＞＞また、GAPDHの場合、細胞が低酸素に陥るような刺激に対して発現量が著しく増加してしまいます。これはこのGAPDHがHIF-1という転写因子の制御下タンパク質であるためです。HIF-1は低酸素や鉄イオンの減少などにより、これが制御しているタンパク質の発現を増加させます。 というのに非常に興味を持ちました。どなたか、publishされている論文をご存じないでしょうか？また、GAPDHの発現が他の刺激で変化している、または、他のハウスキーピング遺伝子で発現量が変化しているといった例が載っている論文ご存じないでしょうか？ 情報いただければ幸いです。

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