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プラスミド抽出 トピック削除
No.2195-TOPIC - 2008/10/28 (火) 22:57:34 - ゆうこ
今まではうまくできていたプラスミド抽出ができなくなって困っています。

ライゲーションしたプラスミドでDH5αを形質転換し、得られたコロニーを2mLのLB+Ampで1晩培養しました。
それを、アルカリSDS法でプラスミド抽出したのですが、プラスミドが取れませんでした。
電気泳動では、ゲノムが薄くでているor全く無いのとRNAが見えるだけでプラスミドのバンドは全くなかったです。
半年前に作ったSolutionだったのでSolusionを新しく作り直してみたのですが、やっぱり取れませんでした。
さらに、Solutionの量を変えたりSolUを入れた後の時間を変えてみたりしたのですが、プラスミドは取れませんでした。

プラスミドの大きさが14Kbくらいなのですが、プラスミドが大きいとミニプレップでは抽出する事ができないのでしょうか?

また、液培への植菌の時にマスタープレートを作ったのですが、翌日コロニーが黄色くなっていました。
Ampを入れた培地で増殖しているのでプラスミドの入った大腸菌だと思うのですが、プラスミドが取れない事と何か関係があるのでしょうか?

原因がわからなくて本当に困っています。
何かアドバイスがありましたら教えて下さい。
よろしくお願いします。
 
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気になるのは 削除/引用
No.2195-3 - 2008/10/29 (水) 03:13:52 - DDD
>ライゲーションしたプラスミドでDH5αを形質転換し、得られたコロニーを2mLのLB+Ampで1晩培養しました。

ライゲーションしたプラスミドの当たり判定はどうなっているのでしょうか?
Ampで選択しているからOKとかいう判断してないですよね?

それとも、ライゲーションしたではなくて、再トランスフォーメーション
を行っているだけなのでしょうか?



おおさんがおっしゃられているようにコンタミの可能性が高いと思いますよ。
Ampで選択してるから、他の菌は生えてくる可能性がないわけではありません。

Solutionも半年なら古くないですよ。

(無題) 削除/引用
No.2195-2 - 2008/10/28 (火) 23:39:11 - おお
>[Re:1] ゆうこさんは書きました :

> プラスミドの大きさが14Kbくらいなのですが、プラスミドが大きいとミニプレップでは抽出する事ができないのでしょうか?

そのサイズならまだ大丈夫だとおもいます。
>
> また、液培への植菌の時にマスタープレートを作ったのですが、翌日コロニーが黄色くなっていました。

イーストのコンタミを拾っているようなきがします。

ライゲーション、トランスフォーメーション当たりがうまくいってないように思います。

プラスミド抽出 削除/引用
No.2195-1 - 2008/10/28 (火) 22:57:34 - ゆうこ
今まではうまくできていたプラスミド抽出ができなくなって困っています。

ライゲーションしたプラスミドでDH5αを形質転換し、得られたコロニーを2mLのLB+Ampで1晩培養しました。
それを、アルカリSDS法でプラスミド抽出したのですが、プラスミドが取れませんでした。
電気泳動では、ゲノムが薄くでているor全く無いのとRNAが見えるだけでプラスミドのバンドは全くなかったです。
半年前に作ったSolutionだったのでSolusionを新しく作り直してみたのですが、やっぱり取れませんでした。
さらに、Solutionの量を変えたりSolUを入れた後の時間を変えてみたりしたのですが、プラスミドは取れませんでした。

プラスミドの大きさが14Kbくらいなのですが、プラスミドが大きいとミニプレップでは抽出する事ができないのでしょうか?

また、液培への植菌の時にマスタープレートを作ったのですが、翌日コロニーが黄色くなっていました。
Ampを入れた培地で増殖しているのでプラスミドの入った大腸菌だと思うのですが、プラスミドが取れない事と何か関係があるのでしょうか?

原因がわからなくて本当に困っています。
何かアドバイスがありましたら教えて下さい。
よろしくお願いします。

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