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(無題) 削除/引用 No.2154-2 - 2008/10/21 (火) 18:01:32 - やま 固定の方にもんだいがあるのか、断片化の方に問題があるのか わからないので とりあえずクロスリンクを行っていないDNAのみで 断片化の条件検討だけを行ってみてはいかがでしょうか？ もうやっていたらすみません

ChIP assay（クロマチン免疫沈降）の断片化 削除/引用 No.2154-1 - 2008/10/21 (火) 17:20:08 - だんぺん クロマチン免疫沈降の検討で、現在断片化の検討を行っています。 ソニケーションを超音波洗浄器またはプローブ式で検討いたしましたがいずれの方法においても、長いフラグメントがなくなる前に100bpほどの短いフラグメントが多量になってしまう為、断片化の条件が設定できません。 固定の条件が悪いのか、使用キットがこの細胞には適していないのか、もしくはもっと根本的な問題があるのか原因がわかりませんので、どなたかアドバイスをお願い致します。 断片化キット：Shearing ChIP kit(ニッポンジーン）使用 断片化プロトコール 1.培養細胞をトリプシン処理により回収 2.遠心処理後、細胞をPBSに懸濁(ホルマリン終濃度1%） 3.10倍濃度のホルマリンを添加し、10分間振盪しながら37度でインキュベーション 4.10倍濃度のグリシンを添加し、5分、室温インキュベーション（グリシン終濃度0.125M) 5.遠心処理 6.Shearing ChIP kit(ニッポンジーン）プロトコールにより調製（Buffer A〜D） 7.断片化処理 8.キット添付のProtenase Kを添加し65℃、4時間以上インキュベーション 9.DNA精製 10.電気泳動によりフラグメント長の確認

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