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(無題) 削除/引用 No.2139-9 - 2008/10/25 (土) 04:32:25 - おお やってみたところ今回の実験ではbeta-actinの方がぶれが少ないようです。今回はそれで行こうかと思います。 ありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.2139-8 - 2008/10/22 (水) 10:43:34 - おお あれ、リファレンスもらったと思ったんですが、、、消えてます、、、 読もうと思ってpdf開けぱなし何ですが、、、、

(無題) 削除/引用 No.2139-6 - 2008/10/20 (月) 12:09:50 - おお >[Re:5] 通りすがりさんは書きました : > >WBもやる予定です。CBB染色などはインターナルコントロールを示す代わりに > >普段とるようにしているのですが、こういう場合分化前と後で > >かなりパターンが違いませんか? > > そう自分も考えてましたが、実はあまりパターンは変化しないのです(少なくとも神経系の分化のときは)、また特にこだわる場合は15kDa付近のHistoneのband intensityで示すと良いと思いま.. ありがとうございました。そんなにバンドパターンは変わらないのですね。ヒストンはたしかにいいアイデアです。実際動物から取った脳組織のライセートが、ふだんよく使っている細胞HEKなどと可也違った印象がありましたので、、

(無題) 削除/引用 No.2139-5 - 2008/10/20 (月) 11:50:06 - 通りすがり >WBもやる予定です。CBB染色などはインターナルコントロールを示す代わりに >普段とるようにしているのですが、こういう場合分化前と後で >かなりパターンが違いませんか? そう自分も考えてましたが、実はあまりパターンは変化しないのです(少なくとも神経系の分化のときは)、また特にこだわる場合は15kDa付近のHistoneのband intensityで示すと良いと思います、Histoneについてはubiquitousですし分化時にも総量(isoformのpatternの変化は多少あるので抗体で検出しようとすると変化はあります)がほとんど変化しませんので(タンパクの抽出時にDNaseなどを使うかsonicationしないと抽出できませんが)。

(無題) 削除/引用 No.2139-4 - 2008/10/19 (日) 17:45:52 - おお >[Re:3] 通りすがりさんは書きました : > > 以前調べたことがありますがESやECなどの分化系では基本的にinternal controlとよばれるものは、ほぼ全部程度に差はありますが、結構変化してしまうので完璧に満足できるcontrolは皆無でしたね、 ありがとうございました。一度調べられたということで、 そういう意見は非常に参考になります。 常常理想的なインターナルコントロールはないといって 良いだろう(特に違う組織間とか)と思ってましたので、 現状で何を選択するのが無難かと思ってたわけですが、 beta-actinは直ぐに使えると思いますのでやってみます。 > ちなみにRT-PCRからも予想されますがWBでの有効なloading controlも皆無です(tubulinやTBPなども顕著に変化します)、自分はcoomasieでタンパク全量を染色してdataを出してました。 WBもやる予定です。CBB染色などはインターナルコントロールを示す代わりに 普段とるようにしているのですが、こういう場合分化まえと後で かなりパターンが違いませんか?

(無題) 削除/引用 No.2139-3 - 2008/10/19 (日) 10:43:37 - 通りすがり 以前調べたことがありますがESやECなどの分化系では基本的にinternal controlとよばれるものは、ほぼ全部程度に差はありますが、結構変化してしまうので完璧に満足できるcontrolは皆無でしたね、 ちなみにRT-PCRからも予想されますがWBでの有効なloading controlも皆無です(tubulinやTBPなども顕著に変化します)、自分はcoomasieでタンパク全量を染色してdataを出してました。 しかし以前行ってたときはRT-PCRについてはbeta-actinかLaminB1で少なくとも神経系では変化は1.5倍以内に収まっており、自分の実験ではこれらで進めてました。おそらくどの程度の変化までを許容するかにもよるかによります。 また非神経系に分化させた場合、あるいは神経系でもレチノイン以外に何か添加してそれぞれのサブタイプにspecificationさせるようなprotocolだとさらに有効なcontrolは変わりますので注意が必要です。

(無題) 削除/引用 No.2139-2 - 2008/10/19 (日) 07:45:31 - おお ちょっと言葉が足りないみたいなので補足しておきます。 実験系は培養で、レチノイン酸などを使いバクテリアディッシュを使い、神経分化をさせる方法を考えてます。 分化する前の通常の増殖の状態から、時間を追ってみていこうかと思います。 GAPDHでおうと、同量のRNAでRTPCRした結果分化に伴って半分ぐらいにシグナルが落ちています。 そのほかのコントロールを取ろうかとおもい調査を進めるつもりですが、 同時にこちらで知恵が借りれたらと思いました。

神経分化とRTPCRインターナルコントロール 削除/引用 No.2139-1 - 2008/10/19 (日) 07:15:00 - おお ESやECなどで神経分化とその時の遺伝子の発現を見る時、インターナルコントロールはなにを使われてますでしょうか?

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