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同じ条件でのRT-PCRでスメア トピック削除
No.213-TOPIC - 2007/09/19 (水) 14:37:02 - くまねこ
いつも勉強させていただいてます。

RT-PCRで依然はシングルバンドだったにもかかわらず、
同じ条件でPCRしているのに、スメアになり、増えなくなってしまいました。

詳しい症状としては、コームの部分が強く光り、そこから下に伸びるスメアになって白くなってしまいます。

何故このようなことが起こるのか、またその改善方法についてご教授いただけませんでしょうか?
アドバイスいただきたく思います。よろしくお願いします。

以下条件です。
PCRのキット:clontechのAdvantage 2 PCR kit
サイクル数:40サイクル(25〜30でも同じ症状、20だと何もなくなる)
ゲルは1.5%でやっていましたが、0.5%でも同じ症状。マーカーはきちんと流れている。
他の遺伝子や目的遺伝子の他の部分は増える。
Templateの作り直しや、Primerの買い替え、試薬についても変えたが同じ症状。
Primerはその部分を増やしたいので、配列を大幅に変えることができない。
 
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(無題) 削除/引用
No.213-6 - 2007/09/23 (日) 21:14:17 - ats
1M batain (Stock 5M in DDW)を添加してみてはいかがでしょうか。
昔市販されていたperfectmatchの主成分だそうです。mismatch anealを減らす効果があります。
ただし、primerによっては増幅効率が低くなることがあります。

(無題) 削除/引用
No.213-5 - 2007/09/22 (土) 21:06:03 - RR
PCRの熱変性の時間を延ばしたり、98℃くらいまで上げてみてはどうですかね?

(無題) 削除/引用
No.213-4 - 2007/09/22 (土) 19:27:17 - くまねこ
PCRさん、h-izさん返信ありがとうございます。

まだ解決はしていないんですが、実験は続けていて、
テンプレートなしのネガコンでもスメアになる。
それはポリメラーゼを変えても起こることから、
プライマーに原因があると考えられました。

ただ、プライマーを買いなおしても解決しないので、
配列等を少しいじらないといけないかと考えているところです。

(無題) 削除/引用
No.213-3 - 2007/09/19 (水) 15:10:26 - h-iz
私も同様の経験が。
私の場合、プライマーやcDNAの劣化が原因でした。

(無題) 削除/引用
No.213-2 - 2007/09/19 (水) 14:44:46 - PCR
私も以前同じ経験があります。
原因については分かりません。ごめんなさい。

確かアニーリング温度・Volume・Cycle数を変えたりして問題は回避できたと思います。

ポリメラーゼを変えてみるのもいいかも知れません。

参考までに。

同じ条件でのRT-PCRでスメア 削除/引用
No.213-1 - 2007/09/19 (水) 14:37:02 - くまねこ
いつも勉強させていただいてます。

RT-PCRで依然はシングルバンドだったにもかかわらず、
同じ条件でPCRしているのに、スメアになり、増えなくなってしまいました。

詳しい症状としては、コームの部分が強く光り、そこから下に伸びるスメアになって白くなってしまいます。

何故このようなことが起こるのか、またその改善方法についてご教授いただけませんでしょうか?
アドバイスいただきたく思います。よろしくお願いします。

以下条件です。
PCRのキット:clontechのAdvantage 2 PCR kit
サイクル数:40サイクル(25〜30でも同じ症状、20だと何もなくなる)
ゲルは1.5%でやっていましたが、0.5%でも同じ症状。マーカーはきちんと流れている。
他の遺伝子や目的遺伝子の他の部分は増える。
Templateの作り直しや、Primerの買い替え、試薬についても変えたが同じ症状。
Primerはその部分を増やしたいので、配列を大幅に変えることができない。

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