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(無題) 削除/引用 No.2119-7 - 2008/10/16 (木) 22:00:41 - AP うー、わかりません。 同種でも系統や遺伝子型によって違いそうだし、近縁種だからどうこうと予想するのは根拠薄弱なような気がします。

なるほど。 削除/引用 No.2119-6 - 2008/10/15 (水) 13:45:51 - アリエル なるほど。参考になりました。 最後にもう一つ。細菌はその細菌自身の制限酵素で切れないように、自分のDNAの認識部位をメチル化しているのですよね？そうするとやはり、近縁の種というのは、同様な制限酵素、メチラーゼ系を持っているのでしょうか？つまり、E.coliから取れた制限酵素は、近縁なShigella属等のゲノムは消化できないなどのことは起こりやすいのでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.2119-5 - 2008/10/15 (水) 13:03:43 - AP 制限酵素の種類以上あるのは確かかと。 ある制限酵素をもつ最近は、その制限酵素の認識配列ををメチル化する酵素も持っていますから（EcoRIとEcoRI methylaseのように）。そのほかにDcmやDamのような特定の制限配列をターゲットにしないmethylaseもあるわけで。細菌のミスマッチ修復系は、メチル化されている鎖をオリジナル、未メチル化の鎖をコピーと判断して、オリジナルを優先して修復すると言われています（豆知識な）。

回答有難うございます 削除/引用 No.2119-4 - 2008/10/15 (水) 12:47:19 - アリエル 重ね重ね恐縮ですが、細菌のゲノムがある制限酵素でどうしても切れない場合、考えられるメチレーションの種類というのは何種類くらいあるのでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.2119-3 - 2008/10/15 (水) 11:05:00 - AP >。しかし、CpGメチレーションでブロックされる制限酵素もすべてバクテリア由来のものですよね。そう考えると、多くのバクテリアのゲノムにもCpGメチレーションが起こっているのでしょうか？ 制限酵素認識配列や切断部位が修飾されていれば切れなくなるというのは、言ってみれば当たり前のことで、真核生物の一部で起こるCpGメチレーションにかかる配列が、たまたま認識配列とかぶる制限酵素に影響があるということです。 CpGメチレーションが細菌の制限ー修飾系にかかわるメチル化というということを意味しているわけではないです。

(無題) 削除/引用 No.2119-2 - 2008/10/15 (水) 10:33:47 - ~ 対象となるバクテリアの情報があまり無いのでしたら、 メチル化の影響を受けない酵素で実験系を組んではいかがでしょうか。

CpGメチレーションについて 削除/引用 No.2119-1 - 2008/10/15 (水) 01:58:34 - アリエル バクテリアのゲノムDNAを直接制限酵素で切る実験系を考えています。この場合、CpGメチレーションの影響はどの程度考えれば胃のでしょうか？NEBのウェブサイトには、CpGメチレーションは主に哺乳類のゲノムのときに気にすればよい、と書いてあります。しかし、CpGメチレーションでブロックされる制限酵素もすべてバクテリア由来のものですよね。そう考えると、多くのバクテリアのゲノムにもCpGメチレーションが起こっているのでしょうか？ 関連文献が見つけられずかれこれ数週間悩んでいます。何か情報がありましたら何でも教えてくださると助かります。

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