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コンストラクト作成から理解に至るまでの勉強法 トピック削除
No.2107-TOPIC - 2008/10/12 (日) 14:25:52 - コンストラクト初心者
いつも勉強させていただいております。

現在、修士2年でこれまで主にラットを用いて薬剤を処置した時の血中の糖濃度をHPLCなど利用して測定していました。ずっと個体を使った実験でした。

が来年から進学するにあたり、やるかどうかは別にして、プラスミドを使ったり、作ったり、、そういった実験を今のうちに学んでおきたいと考えています。

私どもの研究室では定量屋なので、そういったin vitroの実験に強い人もおらず、直接学べるような人は近くに、そして大学内にもいません。

そこで、いろいろと羊土社から出てる実験手引書やイラストレイテッドなど読んではみたものの、書いてある通りに手を動かすことは出来そうですが、考えて実験はとても進めることは出来ません。

なぜ遺伝子をクローニングするときに制限酵素配列の外にGGを付けておかなければならないのか、なぜ、なぜ、、が今、頭の中をぐるぐる回っております。

そこで質問なのですが、みなさんはどうやって勉強しているのでしょうか?

分子生物に素人な人のなぜに、答えてくれるような本などあるのでしょうか?

イラストレイテッドなど読むと、プロトコールしか書いておらず、こういう遺伝子をクローニングする時には、こういう所に気を付けて、、とか、こういう場合は例外的にこれをもちいて、などを学べるような本など紹介していただくことはできないでしょうか?

どうかお願いいたします。
 
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(無題) 削除/引用
No.2107-15 - 2008/10/13 (月) 17:53:00 - コンストラクト初心者
みなさん、ほんっとうにありがとうございました!!!!

しっかり考えて、しっかり勉強して、しっかり手を動かして博士課程に進学します。

ありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.2107-14 - 2008/10/13 (月) 17:50:01 - AP
皆さんの見解はそれぞれどれも一理あると思います。

私も常時、6,7社のカタログは個人用にデスクに置いてあってことあるごとに参照していますし、Appendixだけ切り取って綴じたものを作っていたりします。ただ、マニュアル本を読んでいて手順自体は理解できるけれど、なぜ、どうしてという疑問がわいてくる、というトピ主さん(非常に意識が高いといえますね。昨今はマニュアル以上のことを知りたい、知る必要がある、ということまで思いが至らない輩が大部分ですから)、には食い足りないのではないかな。修士からさらに進学しようとする人が、英語だからと敬遠するようでは先がないですし。実験書の英語なんてもっとも簡単な部類で、論文を読むよりよっぽど楽です。いいトレーニングにもなると思いますよ(私はこれで英文が読めるようになった、といってもいいくらい。そもそも日本語のまともな実験書はほしいと思ったとしても存在しなかった)。


いずれにせよ確実に言えるのは、実験法というのは座学では身に付かないもので、いくら書物を読んでも、実際に手を動かしてみないと本質は理解できないだろうと言うことです。
実験前に勉強して理解できなかったことも、一度やってから、特に失敗してから勉強し直すと、なるほどと腑に落ちることが多いです。ですから、今の段階では一から十まで理解できなくても焦らずに。この先、実験する場面で何かわからないことにぶつかったとき、どの書物のどこを読めばいいかの見当がつくくらいになれれば上出来でしょう。

(無題) 削除/引用
No.2107-13 - 2008/10/13 (月) 15:19:22 - おお
>[Re:10] 中年さんは書きました :
> 独学だと苦労して何ヶ月も掛かることが、やってるラボで先輩に聞けば5分で済む場合も多いですよ。特に技術的なことは、教科書で一から学ぶのは無駄が多いです。
>
> 行った先のことを今から心配するより、今のラボでマスターすべきことに注力した方が実り多いのではないかと思います。

わたしはあえて逆のことをいっておきます。ご指摘は理解できますし、それを悪いとまではいいません。でも人に教えたり教わったりしているのをみていると、よく歯がゆさを感じます。なぜ、その方法について知りたいのに、原理や実際のやり方についてよく考えてから教えてもらわないのかとか、教える方もこれとこれをまぜてこうしてと料理教室のようになってしまっていたり(これだとやり方だけを書いた日本の簡単なプロトコール集と一緒じゃないかとおもうような)。
そういうふうにして教わったものはやはり行き詰まった時に対処できませんし、教える方もそこで行き詰まったりした事がなければ対処しようがないわけです。ですから、プロトコール集については知識をつけるために頭から読むのは進めませんが、ある実験やプラスミドを作るという操作など、具体的な実験を念頭に入れてでも一操作、バッファー一つ一つからチェックしてほしいと思うわけです。バッファーはpHが大事で絶対的なものでないこともありますが、重要な時もあります。
なんでやっているところにいけばおそわることができるし、そんなくどくどいうのかというと、最近はもうメジャーになってしまいましたが、ウイルスベクターが世の中に出回り出した時のことを考えていただきたいのですが、実際におそわる事ができるのはそんなに多くなかったと思います。でも、文献やウイルスの性質など勉強して自分で立ち上げた人もいるかと思います。
分子生物学的な手法に限らす、実験をしていくとやはり新たに取り入れて行かなければいけないこともいろいろ出てきますし、教わればいいという受け身な態度より、教える人がなくてもやってやるぐらいの姿勢が欲しいと思います。もちろん教わることを否定しませんが、そういう姿勢があれば教わるにしても吸収する度合いが高いと思うわけです。
例えば、教わっている時に今こうしたけど、その前に前処理するプロトコールもあるよねなんて質問できれば、非常に有意義な物になると思えるのです(そういう質問をすると答えられない人のほうがおおく、混ぜたらいいと思っているだけのひとも結構いるとがっかりすることがホントは多いのですが)。
そういうわけで、頭から読んで覚えて行けとはいいませんが、たとえばDNA燐酸化しないといけないかもと思った時に、そういえばこの辺になんか書いてたなぁなんていうくらいでも良いから見てほしいと思います。
実際には具体的な方がいいので、興味ある文献をよんだとき細かくどうやったのか追及したりというのがいい妥当なと思いますし、かんたんな プロトコール(やり方)中心の本は持っているようですから、そこから掘り下げてみてもいいかもしれませんね。

(無題) 削除/引用
No.2107-12 - 2008/10/13 (月) 15:00:32 - student
様々な考え方があるので人それぞれでよいと思います。

私個人としては
独学は実験を行うことだけを考えれば無駄が多くなる場合もありますが、
そのような無駄とも思えるトラブルシューティングをこなしていけば、
将来的には独学で学んだ人というのは、自分の実力に自身を持つことが出来て、応用も利く人間になるのだと思います。

(無題) 削除/引用
No.2107-11 - 2008/10/13 (月) 14:46:01 - u-nn
>独学だと苦労して何ヶ月も掛かることが、やってるラボで先輩に聞けば5分で済む場合も多いですよ。特に技術的なことは、教科書で一から学ぶのは無駄が多いです。

無駄と言い切る自信はどこから来るのでしょうか。
そうやって自分のラボの人を教科書とすることは私は反対です。
教科書(global standard)も知らずに【オレ流】を5分で学ぶことほど恐ろしいものはないですよ。

きっと中年殿も…


>行った先のことを今から心配するより、今のラボでマスターすべきことに注力した方が実り多いのではないかと思います。


先を見据えることはとても大切なことだと思いますよ。

(無題) 削除/引用
No.2107-10 - 2008/10/13 (月) 13:52:34 - 中年
独学だと苦労して何ヶ月も掛かることが、やってるラボで先輩に聞けば5分で済む場合も多いですよ。特に技術的なことは、教科書で一から学ぶのは無駄が多いです。

行った先のことを今から心配するより、今のラボでマスターすべきことに注力した方が実り多いのではないかと思います。

(無題) 削除/引用
No.2107-9 - 2008/10/13 (月) 00:49:32 - カナマイシン
ものぐさからの非常に個人的な意見ですが・・・
・Molecular cloning
・Current Protocols in Molecular Biology
はもちろん名著ですが、初心者がこれを「通読」しようとすると
コストパフォーマンスが低いというか挫折する気がします。なんせ英語だし。

批判しているわけではありません。
「この実験が必要!」(例えばプラスミド取りだったり転写解析だったり)と
必要に迫られた際に、それに該当するチャプターを読み込んで
どういう方法論があるのか調べるには最高の教科書だと思います。

私は普段、実験の合間に、日本語のものにさらっと目を通すようにしています。
具体的なオススメは…
・student様から紹介のあった「制限酵素の基礎知識」
(NEBカタログにおける制限酵素に関する一般的な記述の部分を、
 日本販売代理店である第一化学薬品が日本語にしたもの)は通読して損はないと思います。
 薄いですし、すぐ終わります。
・蛋白発現をするなら、「Novagen pETマニュアル(和文)」も同上です。
・SDS-PAGEやブロッティングに関してはATTO社ホームページからダウンロードできる
 「実験のコツ」シリーズなんかもいいと思います。
・Rocheの「DIGアプリケーションマニュアル(和文)」もブロッティングについて
 詳しいです。
・月イチくらいで出てるカタログ冊子も面白いです。フナコシとか、ストラタジーンとか。

これらのいいところは、
・日本語で書いてある→理解が早い、挫折しない。
・広い意味で試薬会社の宣伝の一環である→無料。
 ホームページなり代理店を通じてなり電話するなりして請求すればすぐ入手できる。
・(月刊のカタログなどに関しては)雑多な分野のものが目に入る。流行がわかる。
といったところです。

「実験手法の最高の教科書はカタログである」とおっしゃる先生もいます
(どこで読んだ話か忘れてしまいましたが…)
そんなわけで、カタログ、おすすめです。長々とスミマセン。

(無題) 削除/引用
No.2107-8 - 2008/10/12 (日) 23:23:53 - おお
いいコメントが出そろっているようなので、あまりそれ以上の事はないのですが、試薬屋さんのカタログのリファレンスなら、最近各社充実してきてます。私が学生のころはストラタジーンのその部分(だけ)をキープしている助手がいましたし、最近プロメガもそれに相当するぐらいの情報量を載っけています。昔大腸菌の菌株について調べようと思った時たまたま日本ジーンのホームページのどこかに分子生物学的方法論でよく出てくる形質(遺伝子のタイプを示したもの)をしめしてある表記の意味など丁寧な解説があったりします。
なぜそう言うのを薦めているかというと、そういうところが実際の実験に関係していて、考慮すべき所であることが多いからです。

あと文献読む時に自問して追及して行くと良いと思います。ノーザンブロットが出てきたとしましょう。概念的に相補になるプローブをハイブリして検出するんだとおもえば、ある程度はデーターを理解できるかもしれません。でじゃぁどうやってプローブ作るの?論文に簡単に書いてるかもしれません。テンプレートは何で酵素は何で、、、しかしそれだけで理解できますか?多分リファレンスやmolecular cloningとかでその酵素を調べたりするかもしれません。DNAがテンプレートならどうでしょう。もしかしたら、これだとセンス鎖と同時にアンチセンス鎖からのトランスクリプトも検出されるかも、、、なんて気がつくかもしれません。こういうのはあなたが実験を組み立てる時に非常に役に立つと思います。論文は結論がしっかり書かれていますのでそれに気をとられて分かったようなきがしたりしますが、その結論が導き出される最初の段階は方法論にありますから、このステップを詰めることはかなり重要です。

たしかにコンストラクトは論文で方法論まで掘り下げれるものはないですが、初心に帰った気持ちで文献からも勉強できると言う事が分かってもらえればとおもいます。

それと大学でしたら、多分分子生物学的手法を日頃から使っているラボがあると思いますので、たまには遊びに行ってはどうでしょうか。

(無題) 削除/引用
No.2107-7 - 2008/10/12 (日) 22:21:54 - AP
プロトコール本を読んでも、基本原理がよくわからないというところに不安を感じているようですので、なんといってもMolecular Cloningが一番いいと思います。他の本だと、手順とちょっとした脚注程度の説明しかないので。特に日本語の本はそういう傾向が強いようで、しかもその説明や根拠が怪しい場合もすくなくありません。その点、Molecular Cloningは具体的なプロトコールに入る前が、しっかりしたreviewになっていて、いちいち根拠となるリファレンスがあがっているので、断片的な知識でなくシステマティックな理解ができると思います。

手技をマスターしているつもりでも、トラぶったときなどにきっちり読み返してみると、知らないでいたことや問題点など、ちゃんと記載があることも多いです。

(無題) 削除/引用
No.2107-5 - 2008/10/12 (日) 21:42:29 - student
とりあえず学生が普通に読み始めるのはイラストレイテッドあたりの初心者ようの羊土社のもので十分だと思います。

あと制限酵素に関してはおおさんのおっしゃっている通り、NEBのカタログのテクニカルリファレンスを真面目にちゃんと読んでおけば、制限酵素の基礎がかなりわかるはずです。
やる気があるなら、業者にもらってNEBのカタログ一冊を自分の机に置いといたほうがよいです。
昔はその部分だけが「制限酵素の基礎知識」という冊子として無料で配れていましたが、今はなくなってしまったのでしょうか。

そうそう、思い出したのが、
「バイオ実験トラブル解決超基本Q&A」なんかはQ&A方式になっているので初心者にはよいかと思います。

(無題) 削除/引用
No.2107-4 - 2008/10/12 (日) 21:37:05 - コンストラクト初心者
おおさん

>molecular biology of the cell 5th ed.のchapter 8あたりに概念的なことが載っていると思いますが、この辺は多分必要がないでしょうね。

いえ、必要ありそうです。ぜひ読んでみます。

Current Protocols in Molecular Biologyは図書館にありますのでぜひ手に取ってみてみます。

>最近は試薬屋(NEBとかのカタログとか、たぶんタカラも)のリファレンスも充実していますので、ある程度理解が進むとそういうので情報を得ることもできるかもしれません。PCRとかにかぎると、カタログやプロダクトマニュアルとFAQや使用例みたいな者を集めるとほぼOKかもしれません。

カタログでも勉強できるんですね!!驚きました。ぜひ調べてみます。


ftさん

ありがとうございます。安心しました。
早く分子生物学を自由に扱えるようになりたいです。
いくつか調べてみます。

みなさんありがとうございました!!

(無題) 削除/引用
No.2107-3 - 2008/10/12 (日) 21:07:47 - ft
それまで蛋白の精製ばかりやってて、クローニングをやることになったものの、全く素人で、焦ってManiatisをよんでもちっとも頭に入らず、不安ばかりだった遠い日のことを思い出しました。ずっと昔のことで、いまのようなやさしいプロトコール本はなくて、行ったラボもご勝手に、というタイプのラボで、誰も教えてくれず、transformationもわからずにプラスミドを普通にcultureしてる大腸菌に加えて蒔いてたりしてたものでした。見かねたポスドクの人が教えてくれましたが、冷や汗続きでした。そんな私が今では分子生物学を教えているんですから、大丈夫ですよ。最初から全体を理解しようというよりも、実験の都度、その理屈をいろんな本を読んで確認して、段々広げていくのが簡単なような気がします。一つの本に決めないで、関連ありそうな本を図書館でも本屋でもネットでも見つけたら、片端から読むのが大事です。

(無題) 削除/引用
No.2107-2 - 2008/10/12 (日) 16:05:01 - おお
修士ということなので基本的概念は理解されていると思います。molecular biology of the cell 5th ed.のchapter 8あたりに概念的なことが載っていると思いますが、この辺は多分必要がないでしょうね。

で方法論的なものはMolecular cloningとCurrent Protocols in Molecular Biologyはめを通しても良いかと思います。前者は買えないでもないねだんですが、後者はちょっと個人でかえる値段ではなかったと記憶しています。ただ、たいてい大学の図書館とか、分子生物学を手法をつかう研究室にあったりする物なのでちょっとずつ見たいところを見ながらコピーするといいかもしれません。最近はOnlineでも扱っているようですし、CDでの販売もあるようですが、、、

Current Protocols in Molecular Biologyは短縮したバージョンもあるようですがそれは私はみたことはありません。

最近は試薬屋(NEBとかのカタログとか、たぶんタカラも)のリファレンスも充実していますので、ある程度理解が進むとそういうので情報を得ることもできるかもしれません。PCRとかにかぎると、カタログやプロダクトマニュアルとFAQや使用例みたいな者を集めるとほぼOKかもしれません。

www.amazon.co.jp/Short-Protocols-Molecular-Biology-Compendium/dp/0471250929/ref=pd_bxgy_fb_img_b
www.amazon.co.jp/Molecular-Cloning-Laboratory-Manual-Vol/dp/0879695773
www.maruzen.co.jp/home/irn/econtents/ebook/wiley/CP/cp_main.html

コンストラクト作成から理解に至るまでの勉強法 削除/引用
No.2107-1 - 2008/10/12 (日) 14:25:52 - コンストラクト初心者
いつも勉強させていただいております。

現在、修士2年でこれまで主にラットを用いて薬剤を処置した時の血中の糖濃度をHPLCなど利用して測定していました。ずっと個体を使った実験でした。

が来年から進学するにあたり、やるかどうかは別にして、プラスミドを使ったり、作ったり、、そういった実験を今のうちに学んでおきたいと考えています。

私どもの研究室では定量屋なので、そういったin vitroの実験に強い人もおらず、直接学べるような人は近くに、そして大学内にもいません。

そこで、いろいろと羊土社から出てる実験手引書やイラストレイテッドなど読んではみたものの、書いてある通りに手を動かすことは出来そうですが、考えて実験はとても進めることは出来ません。

なぜ遺伝子をクローニングするときに制限酵素配列の外にGGを付けておかなければならないのか、なぜ、なぜ、、が今、頭の中をぐるぐる回っております。

そこで質問なのですが、みなさんはどうやって勉強しているのでしょうか?

分子生物に素人な人のなぜに、答えてくれるような本などあるのでしょうか?

イラストレイテッドなど読むと、プロトコールしか書いておらず、こういう遺伝子をクローニングする時には、こういう所に気を付けて、、とか、こういう場合は例外的にこれをもちいて、などを学べるような本など紹介していただくことはできないでしょうか?

どうかお願いいたします。

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