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110kbのインサート入れたいのです。 トピック削除
No.2105-TOPIC - 2008/10/12 (日) 00:03:40 - 残念無念トラトラ
すっごく基本的な質問なのですけど、

110kbのインサートをベクターに入れたいんです。
サイトはEcoRXでインサートは平滑末端なんです。
ふと思ったんですけど、110kbってことは3の倍数じゃないですよね?
このときって、ベクターのAmp耐性遺伝子とかも全部ずれちゃうんですか??
そうするとこのプラスミド自体、抗生物質でセレクションかけれなくなりますか??ベクターはPUC118です。そのMCSにほかの遺伝子を入れて、そこのEcoRXサイトに110kbを入れようかと思ってます。
 
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(無題) 削除/引用
No.2105-4 - 2008/10/12 (日) 01:50:11 - おお
110ベース(ペアー)ジャないでしょうか。110キロベースなら十一万ベースと言う事ですし、ちょっと切りがよすぎるような気がします。

>ベクターのAmp耐性遺伝子とかも全部ずれちゃうんですか??
フレームがズレることを気にしているのだと思いますが、プラスミドのアンプやこうせい物質耐性のマーカー遺伝子は
その上流にプロモーターという遺伝子の発現を促進するDNA配列があり、たしか原核生物の場合は、その下流からmRNAがごうせいされます。mRNAにはリボソームを導入する配列(SD配列)があり、その下流のATGから翻訳がはじまりストップコドンで翻訳が終わります。このATGからストップコドンの間に110bが入ればアンプは正常に合成されませんが、プラスミドのマルチクローニングサイトはそんなところには通常ありません。
pUC系であればLacZの遺伝子が上にマルチクローニングサイトがあります。これはDNAがマルチクローニングサイトに挿入されるとフレームがずれたり、非常にながいペプチドがLacZの活性の邪魔をしたりする事を応用して、青/白での発色(LacZの活性)でインサートが入ったプラスミドを選択するのに使われます。たまに短いフレームのあったインサートで、LacZの活性が維持されていることがあります。

(無題) 削除/引用
No.2105-3 - 2008/10/12 (日) 01:47:30 - 残念無念トラトラ
訂正

110kbじゃなくて110bでした。すみません。

(無題) 削除/引用
No.2105-2 - 2008/10/12 (日) 00:22:20 - うほっ
110kって…orz

110kbのインサート入れたいのです。 削除/引用
No.2105-1 - 2008/10/12 (日) 00:03:40 - 残念無念トラトラ
すっごく基本的な質問なのですけど、

110kbのインサートをベクターに入れたいんです。
サイトはEcoRXでインサートは平滑末端なんです。
ふと思ったんですけど、110kbってことは3の倍数じゃないですよね?
このときって、ベクターのAmp耐性遺伝子とかも全部ずれちゃうんですか??
そうするとこのプラスミド自体、抗生物質でセレクションかけれなくなりますか??ベクターはPUC118です。そのMCSにほかの遺伝子を入れて、そこのEcoRXサイトに110kbを入れようかと思ってます。

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