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2色の面積の測定 トピック削除
No.2086-TOPIC - 2008/10/08 (水) 13:18:43 - saitama
いつも勉強させてもらっています.
現在,蛍光の免疫染色の画像をとりこみimage Jで光っている面積を測定しようとしています.こういうことがあまり得意ではなく困っております.
1色ずつはできたのですが,2色が同時に光っているピクセルのみの面積を測定したいと考えているのですが,やり方がわかりません.
このようなことはimage Jで可能でしょうか.あるいは何か別の方法が必要なのでしょうか.
御存知の方がいらっしゃいましたら,教えて頂けないでしょうか.
宜しくお願いします.
 
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(無題) 解決済み 削除/引用
No.2086-6 - 2008/10/08 (水) 15:50:37 - saitama
T様
できました.とても助かりました.
またお伺いするかもしれませんが,本当にありがとうございました.

(無題) 削除/引用
No.2086-5 - 2008/10/08 (水) 14:45:38 - T
> Image > Adjust > Threshold でそれぞれの画像を2値化する
> これはmaxとminを指定するだけでいいのでしょうか.バックを最小値として,maxは最大にしてみてます.setするだけでいいでしょうか.2値下できているのでしょうか.

min を適当に動かしてバックグラウンドを除きます。max は必ず最大にしておいてください。適当な値が決まったら apply を押してください。画像がグレースケールから白黒の2色になるはずです。これでシグナルのないピクセルとバックグラウンドのピクセルは全て値が0になり、min より上のシグナルのあるピクセルは全て値が255になります。

この白黒の画像同士の AND を取れば、両方の画像でシグナルのある(黒い)ピクセルだけが合成画像で黒として表示されます。その黒いピクセルの面積を測ればいいのです。

(無題) 削除/引用
No.2086-4 - 2008/10/08 (水) 14:40:30 - saitama
T様
何度もすいません.applyが必要なのですね.
以下の手順で大丈夫でしょうか.
Image > Color > RGB Split で各色を別々の画像に分ける
Image > Adjust > Threshold でそれぞれの画像を2値化する
バックをmin,maxは255としapply,2値下され白黒に.シグナルのあるピクセルの値はすべて255になる
Process > Image Calculator で二つの画像の AND を取る
2色が重なっている(それぞれ255のピクセル)が黒く表示される.
measureで測定する.areaに測定の値が出る.
こんな感じでしょうか.

(無題) 削除/引用
No.2086-3 - 2008/10/08 (水) 14:28:37 - saitama
T様
御回答ありがとうございます.ただ,私の理解が不十分ですのでもう少し教えて頂けませんでしょうか.

Image > Color > RGB Split で各色を別々の画像に分ける
これはできました.今回の場合redとgreenの2色で重なる部分を考えています.
Image > Adjust > Threshold でそれぞれの画像を2値化する
これはmaxとminを指定するだけでいいのでしょうか.バックを最小値として,maxは最大にしてみてます.setするだけでいいでしょうか.2値下できているのでしょうか.
Process > Image Calculator で二つの画像の AND を取る
andをとると画像ができました.この画像はthreshholdのmin,max以外の光の強度のピクセルは省かれているのでしょうか.このままmeasureをしてしまうと重なった部分が測定できていないようです.
御手数をおかけして申し訳ありませんが,もう少し教えて頂ければ幸いです.

(無題) 削除/引用
No.2086-2 - 2008/10/08 (水) 13:47:49 - T
ImageJ では画像同士の演算処理ができます。例えば、

Image > Color > RGB Split で各色を別々の画像に分ける
Image > Adjust > Threshold でそれぞれの画像を2値化する
Process > Image Calculator で二つの画像の AND を取る

これで二つの色がポジティブなピクセルだけが抽出できます。あとはその部分の面積を測るだけです。

2色の面積の測定 削除/引用
No.2086-1 - 2008/10/08 (水) 13:18:43 - saitama
いつも勉強させてもらっています.
現在,蛍光の免疫染色の画像をとりこみimage Jで光っている面積を測定しようとしています.こういうことがあまり得意ではなく困っております.
1色ずつはできたのですが,2色が同時に光っているピクセルのみの面積を測定したいと考えているのですが,やり方がわかりません.
このようなことはimage Jで可能でしょうか.あるいは何か別の方法が必要なのでしょうか.
御存知の方がいらっしゃいましたら,教えて頂けないでしょうか.
宜しくお願いします.

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