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(無題) 削除/引用 No.2072-5 - 2008/10/10 (金) 10:30:02 - おお http://mrw.interscience.wiley.com/emrw/9780471142720/cp/cpmb/article/mb0201b/current/abstract こんなのみつけました。DEAEだと、0.5Mくらいで落ちてきて、蛋白と交じっていることも結構あるみたいです。 ただQIAGENのレジンは高密度にDEAEを保持していて、DNAと蛋白をうまく分けれるという感じのことを書いています。 かれらのレジンではtRNAとrRNAを分けれていますので数kbsまでのレンジでは長さで分けれることは可能のような気がしますね(2本鎖と1本鎖でどう違うかというのもあるかもしれません)。 ただしDNAはゲノムであろうとプラスミドであろうと同じところに来てますのである程度長いとあまり関係がないというのも 本当のようです。 pHはある程度は影響あるようですね。示された図だと1pHがシフトすると半分の塩濃度で落ちてきていますから(ちょっとグラフ横軸がいわんことは分かるような起がするのですが、説明が見つからなかったので具体的なpHは、、、) イソプロパノールを彼らは入れているようですが、入っている方がくっつきやすいのでしょうね。この辺のことについてどなたかご存じなかたいませんでしょうかね。 溶出に十分な範囲での塩濃度で疎水相互作用はあまり関係ないかもしれませんね。

(無題) 削除/引用 No.2072-4 - 2008/10/08 (水) 21:31:09 - 8410 核酸の長さの影響は10merくらいで飽和してそれ以上ではみんな同じでしょう。 Xmerのリン酸基が同時に担体から解離している確率は、リン酸基が担体から解離している確率（たとえば30%）のX乗で指数関数的に低くなるから、それを解離させるのは高濃度のイオンが必要です。 pHの効果も限定的でしょう。リン酸は強酸だから常に解離してるし、アニオン交換樹脂が弱塩基だとしても、ポリアニオンである核酸が対イオンだとpKa以上にpHを上げたとしても担体もつられてイオン化してるから（ジッパー効果）、解離することは無いし、そんなにpHを上げたら核酸がどうにかなってしまうでしょう。 リン酸基が外側を覆っていて親水的な二本鎖DNAより、一本鎖のRNAの方が疎水性相互作用で担体に吸着する危険は大きいでしょうけど、イオン強度でどうにかなるものではないですね。

(無題) 削除/引用 No.2072-3 - 2008/10/08 (水) 09:04:54 - おお >[Re:2] 8410さんは書きました : > 1M NaClからやっと解離しはじめるので、安心して使うには 1.5M NaClくらいは必要です。 これは長さによりませんか?そうするとこの塩濃度でも溶出できないのはどれくらいの長さかなとか思っちゃいます。 > 担体のカチオン（ポリエチレンイミンとか）と核酸とのジッパーを同時に遮蔽してやる必要があるので、それくらいないと解離しません。 うむ、両方の電荷が中和されるほどイオン強度が高くないといけないということですよね。 イオン強度を上げることによる、疎水性の相互作用はさほど問題にはなりませんでしょうか、、、 pHもはがす時は工夫する手があると思うのですが、その手の方法を使ったりしたものを見たことがありますでしょうか。

1.5M NaClくらいかな 削除/引用 No.2072-2 - 2008/10/08 (水) 08:25:00 - 8410 1M NaClからやっと解離しはじめるので、安心して使うには 1.5M NaClくらいは必要です。 担体のカチオン（ポリエチレンイミンとか）と核酸とのジッパーを同時に遮蔽してやる必要があるので、それくらいないと解離しません。

陰イオン交換による、DNA、RNAの精製 削除/引用 No.2072-1 - 2008/10/07 (火) 01:00:50 - おお ちょっと手抜きしてこちらで知恵を借りたいと思います。 陰イオン交換でDNAやRNAを精製する方法は昔からあるようですが、例えば5kb-10kbのRNAを溶出するのにどの程度の条件が必要かとか 50kbならどうかとか経験値や文献などあれば教えていただきたいと思っています。pHも重要と思えますのでその辺の情報もあればと思っています。 たしかQIAGENのプラスミド精製は2MぐらいのNaClで溶出していたかと思いますが、、、、

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