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(無題) 削除/引用 No.2065-5 - 2008/10/07 (火) 13:11:52 - たちこま > lambdaファージのcIタンパク質の変異体があります。 > Kdで〜200 nMから＞1 mMまで揃っています。 おぉ、素晴らしい情報をありがとうございます。 やはりすでに似たような用途で開発されたものがあったのですね。 早速文献を取りに行って参ります。 本当を言えばhomodimerよりheterodimerの方がよかったのですが、homoでもおそらく何とかなると思われます。 非常に参考になりました。

(無題) 削除/引用 No.2065-4 - 2008/10/07 (火) 10:27:07 - 中年 homo-dimerで良ければ、この手の実験でモデルタンパク質として使われるものに、lambdaファージのcIタンパク質の変異体があります。Kdで〜200 nMから＞1 mMまで揃っています。 Cohen, S., B. J. Knoll, J. W. Little, and D. W. Mount. 1981. Preferential cleavage of phage lambda repressor monomers by recA protease. Nature (London) 294:182–184. Gimble, F. S., and R. T. Sauer. 1989. lambda repressor mutants that are better substrates for RecA-mediated cleavage. J. Mol. Biol. 206:29–39.

(無題) 削除/引用 No.2065-3 - 2008/10/06 (月) 20:14:56 - たちこま 御礼が遅くなりました。 > あまり大きくないポリペプチドとはどれくらいの長さのものを考えているのでしょうか? おっしゃる通り、ドメインレベル以内が望ましいです。 親和性は弱い方がよいのですが、かといって特異性を犠牲にするわけにもいかないため、やはり何かタンパク−タンパク相互作用に関与しているドメインなどがよいのだろうか、と考えております。 リン酸化依存的に親和性が上昇するようなドメインのリン酸化前の状態であれば、ちょうどよいか弱すぎるか、といったあたりでしょうか。 地道に変異を導入していくというのは、一番確実ではありそうですが、かなり時間がかかりそうですね。 最後のペプチド核酸の利用というアイデアは非常に面白いですね。 おっしゃる通り、理想通りのKdが得られるかどうかは未知数ですが、変更すべきパラメータが明確である分だけ、片っ端から変異を導入していくアプローチに比べると、非常にスマートであるように思います。 貴重なご意見をありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.2065-2 - 2008/10/06 (月) 15:43:34 - おお あまり大きくないポリペプチドとはどれくらいの長さのものを考えているのでしょうか? タンパクのドメインれべるであれば、何か相互作用するたんぱく質をみつけてそのドメインを使う手があるかと思いますが。その場合、相互作用が強いばあいはミュウてーションで調整したりもできるかもと思います。そういう意味ではコンプレックスが結晶化されているとか情報があるほうがいいですね。 化学合成でやるのでしたらコイルドコイルの構造を取るようなものをモデルにできるかもと思います(目的に合う強さの物が得られるかは全く想像がつきませんが)。 それと、人口のアミノ酸でもいいならPNAで相補てきな配列でDNAのようにアニーリングさせるとか(これも目的に合う強さの物が得られるかは全く想像がつきませんが)。

一本鎖ポリペプチドで低親和性に結合するもの 削除/引用 No.2065-1 - 2008/10/06 (月) 15:25:17 - たちこま あまり大きくない一本鎖のポリペプチド同士で、PBS等のバッファー中においてKd=10-6〜10-7程度の低い親和性で結合する組み合わせを探しています。 親和性がこれより大きすぎても小さすぎても実験系に支障が出る恐れがあるのです。 何かよい組み合わせをご存じの方、もしくはそういう情報が載っていそうな出典をご存じの方、情報をお寄せ下さい。 よろしくお願いいたします。

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